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- PDB-6chb: Crystal structure of a natively-glycosylated BG505 SOSIP.664 HIV-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6chb
タイトルCrystal structure of a natively-glycosylated BG505 SOSIP.664 HIV-1 Envelope Trimer in complex with the broadly-neutralizing antibodies BG18 and IOMA
要素
  • (Envelope glycoprotein ...) x 2
  • BG18 Heavy Chain
  • BG18 Light Chain
  • IOMA Heavy Chain
  • IOMA Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Env glycoprotein / broadly neutralizing antibodies
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.801 Å
データ登録者Barnes, C.O. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI100148 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1124068 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural characterization of a highly-potent V3-glycan broadly neutralizing antibody bound to natively-glycosylated HIV-1 envelope.
著者: Barnes, C.O. / Gristick, H.B. / Freund, N.T. / Escolano, A. / Lyubimov, A.Y. / Hartweger, H. / West, A.P. / Cohen, A.E. / Nussenzweig, M.C. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2018年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Envelope glycoprotein gp41
G: Envelope glycoprotein gp120
J: BG18 Heavy Chain
K: BG18 Light Chain
D: IOMA Heavy Chain
E: IOMA Light Chain
A: Envelope glycoprotein gp41
F: Envelope glycoprotein gp120
M: IOMA Heavy Chain
N: IOMA Light Chain
I: BG18 Heavy Chain
L: BG18 Light Chain
C: Envelope glycoprotein gp41
H: Envelope glycoprotein gp120
O: IOMA Heavy Chain
P: IOMA Light Chain
Q: BG18 Heavy Chain
R: BG18 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)503,41418
ポリマ－503,41418
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area49670 Å2
ΔGint-298 kcal/mol
Surface area172360 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)176.752, 176.752, 458.039
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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Envelope glycoprotein ... , 2種, 6分子 BACGFH

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp41 / Env polyprotein


分子量: 17162.525 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / プラスミド: pAM/C
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): K1 / 参照: UniProt: Q2N0S7, UniProt: Q2N0S5*PLUS
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein gp120 / Env polyprotein


分子量: 53693.789 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / プラスミド: pAM/C
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): K1 / 参照: UniProt: Q2N0S6

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タンパク質 , 1種, 3分子 JIQ

#3: タンパク質 BG18 Heavy Chain


分子量: 26158.375 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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抗体 , 3種, 9分子 KLRDMOENP

#4: 抗体 BG18 Light Chain


分子量: 23021.447 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 IOMA Heavy Chain


分子量: 25176.416 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 IOMA Light Chain


分子量: 22591.975 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.39 % / Mosaicity: 0.22 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 5% Tacismate pH 8.0, 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.66→39.7 Å / Num. obs: 13894 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 368.33 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.333 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.347 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
6.66-7.0212.54.75218900.3341.3654.95495
21.07-39.79.60.094300.9930.0290.09583.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
Aimless3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T3Z, 5UD9

5t3z

5ud9


解像度: 6.801→39.631 Å / SU ML: 1.68 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.23 / 位相誤差: 51.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4167 639 4.95 %
Rwork0.3179 --
obs0.3232 13121 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.801→39.631 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28753 0 0 0 28753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00329442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71740047
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.51417578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0454477
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065106
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.8005-7.10830.44881490.37272800X-RAY DIFFRACTION100
7.1083-7.48070.36641490.34352800X-RAY DIFFRACTION100
7.4807-7.94590.41481530.30872798X-RAY DIFFRACTION99
7.9459-8.55370.46741440.30182805X-RAY DIFFRACTION100
8.5537-9.40410.36561480.28132817X-RAY DIFFRACTION100
9.4041-10.74110.39461290.28292834X-RAY DIFFRACTION100
10.7411-13.44440.36181290.31062833X-RAY DIFFRACTION99
13.4444-39.63170.46691690.35592768X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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