PDB-6cgf: Crystal structure of HIV-1 Y188L mutant reverse transcriptase in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cgf

タイトル

Crystal structure of HIV-1 Y188L mutant reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor K-5a2

要素

Reverse transcriptase/ribonuclease H
p51 RT

キーワード

REPLICATION / non-nucleoside inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Yang, Y. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Steitz, T.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural basis for potent and broad inhibition of HIV-1 RT by thiophene[3,2-d]pyrimidine non-nucleoside inhibitors.
著者: Yang, Y. / Kang, D. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Pannecouque, C. / Zhan, P. / Liu, X. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2018年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cgf.cif.gz	446.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cgf.ent.gz	365.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cgf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cgf_validation.pdf.gz	826 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cgf_full_validation.pdf.gz	868.3 KB	表示
XML形式データ	6cgf_validation.xml.gz	48.6 KB	表示
CIF形式データ	6cgf_validation.cif.gz	70.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/6cgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/6cgf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c0jC 6c0kC 6c0lC 6c0nC 6c0oC 6c0pC 6c0rC 6dufC 6dugC 6duhC 4g1qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6x4c-d 6eli-d 4kfb-d 5vqr-d 3bgr-d 6c0p-d 2zd1-d 4i2p-d 5vqu-d 4g1q-d 5vqv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: p51 RT

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.700, 72.704, 109.048
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.21, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT 分子量: 63939.223 Da / 分子数: 1 / 断片: p66 subunit, residues 600-1154 / 変異: K172A, K173A, Y188L, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H
#2: タンパク質	p51 RT 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 断片: p51 subunit, residues 600-1027 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT

分子量: 63939.223 Da / 分子数: 1 / 断片: p66 subunit, residues 600-1154 / 変異: K172A, K173A, Y188L, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H

#2: タンパク質

p51 RT

分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 断片: p51 subunit, residues 600-1027 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 6種, 752分子

#3: 化合物	ChemComp-K5A / 4-[(4-{[4-(4-cyano-2,6-dimethylphenoxy)thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]benzene-1-sulfonamide / 4-[[4-[[4-(4-シアノ-2,6-ジメチルフェノキシ)チエノ[3,2-d]ピリミジン-2-イル]アミノ]-1-(以下略) 分子量: 548.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₈N₆O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 719 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine PH範囲: 6.0 - 6.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→42.065 Å / Num. obs: 92404 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 54 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.03208 / R_pim(I) all: 0.0203 / R_rim(I) all: 0.03806 / Net I/σ(I): 16.24
反射シェル	解像度: 1.94→2.06 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 1 / Num. unique obs: 14861 / CC_1/2: 0.479 / R_rim(I) all: 1.197 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX	(1.13_2998)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 1.94→42.065 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2323	4621	5 %	Random selection
R_work	0.1936	-	-	-
obs	0.1955	92348	99.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→42.065 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7934	0	167	719	8820

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8426
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.711	11433
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.815	5033
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1221
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1432

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9403-1.9623	0.398	151	0.394	2817	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9623-1.9854	0.3618	154	0.3509	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9854-2.0096	0.3467	152	0.3274	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0096-2.0351	0.3416	156	0.3114	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0351-2.0618	0.3531	153	0.2878	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0618-2.0901	0.3174	154	0.2716	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0901-2.1199	0.2684	154	0.2573	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1199-2.1516	0.2651	153	0.2478	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1516-2.1852	0.2573	154	0.2397	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1852-2.221	0.2899	155	0.2341	2952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.221-2.2593	0.302	153	0.2423	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2593-2.3004	0.3133	155	0.2445	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3004-2.3446	0.2235	154	0.2364	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3446-2.3925	0.2903	153	0.2355	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3925-2.4445	0.2583	153	0.23	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4445-2.5014	0.2428	153	0.22	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5014-2.5639	0.2702	155	0.2145	2948	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5639-2.6332	0.2368	154	0.2071	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6332-2.7107	0.2294	155	0.2097	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7107-2.7982	0.2513	155	0.2093	2945	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7982-2.8982	0.2307	152	0.2092	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8982-3.0142	0.242	154	0.2052	2910	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0142-3.1513	0.2567	153	0.2012	2916	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1513-3.3174	0.2174	153	0.1928	2904	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3174-3.5251	0.2518	153	0.19	2914	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5251-3.7971	0.2205	154	0.1795	2929	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7971-4.179	0.1842	155	0.1592	2939	X-RAY DIFFRACTION	99
4.179-4.7829	0.2076	156	0.1591	2967	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7829-6.0232	0.2412	157	0.1831	2967	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0232-42.0748	0.2117	158	0.1867	3000	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2926	0.7942	-0.2583	0.5771	0.3691	3.0472	0.2333	-0.2563	-0.1724	0.3296	0.0401	0.3066	0.1232	-0.25	-0.2396	0.8393	0.0395	0.0153	0.6273	0.1875	0.6969	44.4478	-20.5236	52.6898
2	3.8902	-1.294	1.9502	0.8548	-0.5405	1.5824	0.1033	-0.3336	-0.6366	0.066	0.2375	0.3075	0.2002	-0.3513	-0.2455	0.3589	-0.0534	0.0401	0.4038	0.0288	0.5	24.5529	-3.3782	11.9503
3	5.4099	-0.4319	1.4209	5.5085	-0.5845	3.6355	0.0281	-0.0212	0.1681	0.4831	-0.1426	-0.1859	-0.2897	0.3644	0.0499	0.5294	-0.0498	-0.0137	0.4705	0.0644	0.3236	56.5653	2.4034	36.5691
4	1.4723	2.0439	-1.4328	5.6201	-5.4146	5.757	-0.1207	-0.1046	1.1218	0.8149	-0.1223	0.5622	-1.2938	0.7349	0.3083	1.2668	-0.2485	-0.1378	0.7744	0.0112	1.1357	55.8313	27.0881	33.3178
5	2.4234	-0.032	0.8157	4.1198	-0.9403	2.5613	-0.2391	0.3826	0.3995	0.1814	-0.0284	-0.8478	-0.4092	1.0342	0.1425	0.7453	-0.3022	-0.1094	0.8127	0.08	0.6187	64.2362	14.9526	30.4057
6	0.2972	0.244	0.0142	2.363	-0.6844	2.1634	-0.1721	0.1329	0.4188	0.1986	-0.1717	-0.1918	0.2184	0.4231	0.3455	0.4415	-0.0235	-0.003	0.5663	0.0449	0.5147	30.7846	25.7059	2.4153
7	3.314	-0.0203	2.61	2.7604	-0.2338	4.4214	-0.5275	0.1713	0.6889	0.3869	0.023	-0.0718	-0.8033	0.0862	0.4711	0.4945	-0.0855	0.0354	0.3799	0.01	0.4377	33.1163	25.3626	8.923
8	3.8755	-0.1291	1.6077	3.2075	-0.3495	2.6387	-0.0434	0.144	0.324	0.2396	-0.1057	-0.0244	-0.3592	0.1124	0.157	0.5057	-0.05	0.071	0.4192	-0.009	0.4321	42.6822	11.243	19.6935

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 296 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 297 through 554 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 4 through 83 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 84 through 104 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 105 through 238 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 239 through 269 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 270 through 363 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 364 through 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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