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- PDB-6cga: Structure of the PR-DUB complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cga
タイトルStructure of the PR-DUB complex
要素
  • Polycomb protein Asx
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso
キーワードHYDROLASE / DUB complex / nucleosome binding protein / hetero-tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


antennal development / apposition of dorsal and ventral imaginal disc-derived wing surfaces / PR-DUB complex / specification of segmental identity, abdomen / sex comb development / syncytial blastoderm mitotic cell cycle / UCH proteinases / cell fate determination / deubiquitinase activator activity / anterior/posterior axis specification ...antennal development / apposition of dorsal and ventral imaginal disc-derived wing surfaces / PR-DUB complex / specification of segmental identity, abdomen / sex comb development / syncytial blastoderm mitotic cell cycle / UCH proteinases / cell fate determination / deubiquitinase activator activity / anterior/posterior axis specification / epigenetic regulation of gene expression / animal organ morphogenesis / heterochromatin formation / regulation of gene expression / ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #860 / Polycomb protein ASX/ASX-like / Protein ASX-like, PHD domain / ASX, DEUBAD domain / Asx homology domain / PHD domain of transcriptional enhancer, Asx / UCH37-like (ULD) domain profile. / Peptidase C12, C-terminal domain / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases / Ubiquitin C-terminal Hydrolase UCH-l3 ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #860 / Polycomb protein ASX/ASX-like / Protein ASX-like, PHD domain / ASX, DEUBAD domain / Asx homology domain / PHD domain of transcriptional enhancer, Asx / UCH37-like (ULD) domain profile. / Peptidase C12, C-terminal domain / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases / Ubiquitin C-terminal Hydrolase UCH-l3 / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / DEUBAD domain / DEUBAD (DEUBiquitinase ADaptor) domain profile. / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase superfamily / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase (UCH) catalytic domain profile. / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso / Polycomb group protein Asx
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Foglizzo, M. / Middleton, A.J. / Day, C.L. / Mace, P.D.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: A bidentate Polycomb Repressive-Deubiquitinase complex is required for efficient activity on nucleosomes.
著者: Foglizzo, M. / Middleton, A.J. / Burgess, A.E. / Crowther, J.M. / Dobson, R.C.J. / Murphy, J.M. / Day, C.L. / Mace, P.D.
履歴
登録2018年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月15日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso
B: Polycomb protein Asx
C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso
D: Polycomb protein Asx


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,6194
ポリマ－112,6194
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, cross-linking, equilibrium centrifugation, gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.170, 65.630, 162.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.350, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 46 through 93 or resid 110...
21(chain C and (resid 46 through 159 or resid 161...
12chain B
22(chain D and (resid 214 through 253 or resid 275 through 309))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111TRPTRPILEILE(chain A and (resid 46 through 93 or resid 110...AA46 - 937 - 54
121PHEPHELYSLYS(chain A and (resid 46 through 93 or resid 110...AA110 - 11271 - 73
131ALAALATHRTHR(chain A and (resid 46 through 93 or resid 110...AA116 - 15977 - 120
141THRTHRSERSER(chain A and (resid 46 through 93 or resid 110...AA161 - 243122 - 204
151TRPTRPARGARG(chain A and (resid 46 through 93 or resid 110...AA246 - 257207 - 218
161ASPASPSERSER(chain A and (resid 46 through 93 or resid 110...AA266 - 398227 - 359
211TRPTRPTHRTHR(chain C and (resid 46 through 159 or resid 161...CC46 - 1597 - 120
221THRTHRARGARG(chain C and (resid 46 through 159 or resid 161...CC161 - 194122 - 155
231ALAALAARGARG(chain C and (resid 46 through 159 or resid 161...CC211 - 257172 - 218
241ASPASPLEULEU(chain C and (resid 46 through 159 or resid 161...CC266 - 303227 - 264
251ARGARGSERSER(chain C and (resid 46 through 159 or resid 161...CC335 - 398296 - 359
112THRTHRLYSLYSchain BBB214 - 3098 - 103
212THRTHRARGARG(chain D and (resid 214 through 253 or resid 275 through 309))DD214 - 2538 - 47
222ARGARGLYSLYS(chain D and (resid 214 through 253 or resid 275 through 309))DD275 - 30969 - 103

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso / BAP1 homolog


分子量: 41081.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: calypso, CG8445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7K5N4, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質 Polycomb protein Asx / Additional sex combs


分子量: 15228.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Asx, CG8787 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V727

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5, 0.05 M potassium iodide, 13% (w/v) PEG 3350 and 10% (v/v) MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→43.672 Å / Num. obs: 18300 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 112.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 3.5→3.83 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4333 / CC1/2: 0.613 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UEM

4uem


解像度: 3.5→43.672 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 33.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 730 4.74 %
Rwork0.2442 --
obs0.2465 15404 83.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 295.88 Å2 / Biso mean: 132.2666 Å2 / Biso min: 36.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→43.672 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5875 0 0 0 5875
残基数----728
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026001
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5578101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039902
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.2084218
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2492X-RAY DIFFRACTION11.348TORSIONAL
12C2492X-RAY DIFFRACTION11.348TORSIONAL
21B656X-RAY DIFFRACTION11.348TORSIONAL
22D656X-RAY DIFFRACTION11.348TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5003-3.77040.2969740.26281415148941
3.7704-4.14950.34521450.26192748289379
4.1495-4.74940.3141740.23493477365199
4.7494-5.98120.2871640.27113502366699
5.9812-43.6750.27151730.22863532370597
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.32381.5988-0.02986.34830.08926.23540.204-0.6537-0.22620.36710.24530.16830.32530.2396-0.36940.510.0029-0.21120.50930.10340.43162.9342-48.854418.3261
21.1502-0.2071-0.77970.057-0.04090.5171-0.3621-0.3640.6940.78960.747-0.386-0.280.1039-0.20310.67350.0357-0.04380.6472-0.17050.84047.2743-28.625431.8936
37.8848-3.94085.1054.5659-5.97787.9007-0.48340.0577-0.5225-1.43070.3515-0.74061.871-1.29950.08110.9487-0.41020.2651.3279-0.07350.840740.3377-32.675427.1401
47.02-0.44661.34458.1693-2.33514.9112-0.57960.34940.11270.42870.4279-0.10560.2348-0.89150.06360.4418-0.26510.19910.8038-0.28160.910531.2773-27.987223.2111
59.28273.05161.24944.98483.30974.68310.9288-0.11231.1992-0.05590.1839-0.1973-3.62743.5062-1.24322.63040.43410.43931.9755-0.35041.360441.6954-42.20499.6584
69.4909-0.8652-0.21546.38041.63776.89760.0182-0.14450.50991.1187-0.85330.28080.94060.18410.81471.11570.1057-0.02240.53840.02230.9953-3.5342-40.587569.8783
72.5516-1.03812.76281.32380.53646.3182-0.7945-0.47342.16390.8258-0.43140.7282-0.7605-1.08870.95721.81870.23650.01521.0797-0.17111.8743-10.006-28.030777.7611
87.65142.0842-0.02837.25820.45443.1954-0.3526-0.90210.72850.52220.6353-0.6065-1.4750.0933-0.18431.4797-0.0878-0.16980.8003-0.18520.68890.4868-38.921773.4428
90.70450.00370.32760.3705-0.92011.757-0.13590.5128-0.17370.4222-0.1624-0.1807-0.3860.04640.32830.9460.19920.0170.6239-0.02540.986-17.7564-44.455153.8424
105.60271.6752-1.2494.7753-0.71523.2725-0.0513-1.6335-1.13790.1287-0.109-1.3420.381.85531.13180.76580.35330.39782.14880.79841.3435-16.4047-77.515869.6329
117.86670.16644.69463.2376-3.11956.001-0.65572.338-0.4263-1.9178-0.0671-1.1570.26831.06520.4681.8102-0.60711.05711.2727-0.36161.5389-29.472-72.747860.1002
120.4024-0.2946-0.23530.22140.25190.79070.0903-0.0745-0.09130.1218-0.17760.3287-0.0634-1.14880.14431.1371-0.09651.3091.4337-0.33092.065-34.3358-67.253168.2767
135.27462.04831.19343.08090.35870.28540.34360.521.9614-0.39220.5165-0.448-1.7421-0.5853-0.22141.09430.0671-0.03790.79430.02622.0468-30.0651-59.375362.8139
147.4123-0.2827-2.59163.3788-1.62255.6397-0.2697-0.9229-0.04630.0309-0.0369-0.82240.17980.7520.760.7006-0.12791.03551.08280.51382.1589-14.0711-68.354171.1959
151.91290.5376-0.23250.4855-0.26140.8139-0.5996-1.0443-0.0332-0.38730.6670.39270.1984-0.59660.1670.94920.0316-0.03142.99820.64240.8367-15.7008-70.848191.2553
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 44 through 253 )A44 - 253
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 254 through 398 )A254 - 398
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 214 through 233 )B214 - 233
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 234 through 298 )B234 - 298
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 299 through 309 )B299 - 309
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 46 through 140 )C46 - 140
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 141 through 165 )C141 - 165
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 166 through 253 )C166 - 253
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 254 through 399 )C254 - 399
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 214 through 229 )D214 - 229
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 230 through 237 )D230 - 237
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 238 through 247 )D238 - 247
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 248 through 277 )D248 - 277
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 278 through 303 )D278 - 303
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 304 through 309 )D304 - 309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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