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万見
- PDB-6cg6: mouse cadherin-10 EC1-2 adhesive fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cg6
タイトルmouse cadherin-10 EC1-2 adhesive fragment
要素Cadherin-10
キーワードCELL ADHESION / Cadherin EC domain Dimer Extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Adherens junctions interactions / multicellular organism development / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / catenin complex / cell-cell junction assembly / adherens junction organization / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules ...: / : / Adherens junctions interactions / multicellular organism development / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / catenin complex / cell-cell junction assembly / adherens junction organization / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / GABA-ergic synapse / adherens junction / cell morphogenesis / cadherin binding / glutamatergic synapse / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Catenin binding domain superfamily / Cadherins / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. ...Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Catenin binding domain superfamily / Cadherins / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.707 Å
データ登録者Brasch, J. / Harrison, O.J. / Shapiro, L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM062270 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB- 0918535 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Homophilic and Heterophilic Interactions of Type II Cadherins Identify Specificity Groups Underlying Cell-Adhesive Behavior.
著者: Brasch, J. / Katsamba, P.S. / Harrison, O.J. / Ahlsen, G. / Troyanovsky, R.B. / Indra, I. / Kaczynska, A. / Kaeser, B. / Troyanovsky, S. / Honig, B. / Shapiro, L.
履歴
登録2018年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadherin-10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4936
ポリマ－23,1481
非ポリマー3465
水46826
1
A: Cadherin-10
ヘテロ分子

A: Cadherin-10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,98612
ポリマ－46,2952
非ポリマー69110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area3160 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.524, 87.524, 67.758
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Cadherin-10 / T2-cadherin


分子量: 23147.639 Da / 分子数: 1 / 断片: EC1-2 (UNP residues 55-261) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P70408
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.12 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 6% v/v 2-propanol, 0.1 M MES, pH 6.0, 0.2 M calcium acetate, cryoprotectant: 30% v/v ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 7545 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 1.041 / Num. unique obs: 732

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6CGU

6cgu


解像度: 2.707→19.735 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2833 376 4.98 %
Rwork0.2377 --
obs0.2401 7545 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.707→19.735 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1628 0 18 26 1672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021679
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5022277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.81005
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003300
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7067-3.09710.42341220.32342328X-RAY DIFFRACTION100
3.0971-3.89710.32611240.25752357X-RAY DIFFRACTION100
3.8971-19.73570.23361300.20772484X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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