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- PDB-6cfp: CRYSTAL STRUCTURE OF POLYMERASE ACID PROTEIN (PA) FROM INFLUENZA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cfp
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF POLYMERASE ACID PROTEIN (PA) FROM INFLUENZA A VIRUS, WILSON-SMITH/1933 (H1N1) BOUND TO FRAGMENT HIT BSI-70565 1-{1-[4-FLUOROPHENYL)METHYL]-2-METHYL-1H-IMIDAZOL-4-YL}ETHAN-1-ONE
要素Ubiquitin-like protein SMT3,Polymerase acidic protein
キーワードVIRAL PROTEIN / INFLUENZA / H1N1 / FRAGMENT-BASED DRUG DISCOVERY / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase activity / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of DNA replication proteins ...RNA polymerase activity / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / septin ring / negative regulation of viral transcription / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / negative stranded viral RNA replication / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / negative regulation of viral genome replication / cap snatching / ubiquitin-like protein ligase binding / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / PML body / protein import into nucleus / protein tag activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EZS / Polymerase acidic protein / Ubiquitin-like protein SMT3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF POLYMERASE ACID PROTEIN (PA) FROM INFLUENZA A VIRUS, WILSON-SMITH/1933 (H1N1) BOUND TO FRAGMENT HIT BSI-70565 1-{1-[4-FLUOROPHENYL)METHYL]-2-METHYL-1H-IMIDAZOL-4-YL}ETHAN-1-ONE
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Davies, D.R. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like protein SMT3,Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4553
ポリマ－64,1441
非ポリマー3102
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.820, 68.820, 397.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-995-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like protein SMT3,Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 64144.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: ATCC 204508 / S288c, A/Wilson-Smith/1933 H1N1 / 遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15, PA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q12306, UniProt: P15659, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-EZS / 1-{1-[(4-fluorophenyl)methyl]-2-methyl-1H-imidazol-4-yl}ethan-1-one


分子量: 232.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H13FN2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MOLECULAR DIMENSIONS MORPHEUS SCREEN D10: 10% PEG 8000, 20% ETHYLENE GLYCOL; 20MM OF EACH 1, 6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL, 1,3-PROPANEDIOL; 100MM ...詳細: MOLECULAR DIMENSIONS MORPHEUS SCREEN D10: 10% PEG 8000, 20% ETHYLENE GLYCOL; 20MM OF EACH 1, 6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL, 1,3-PROPANEDIOL; 100MM TRIS/BICINE PH 8.5; INVAA.07057.A.D15. AT 20.0 MG/ML, OVERNIGHT SOAK WITH 7 MM BSI70565, DIRECT CRYO; tray 297881d10, puck WXU6-7
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月1日
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL, CYLINDRICALLY BENT, SI(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 21829 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.38 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 21.87
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 4.72 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IUJ

4iuj


解像度: 2.45→41.13 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 21.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 1946 8.92 %
Rwork0.179 --
obs-21825 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→41.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3132 0 21 104 3257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8124374
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.921958
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.51120.26251350.20051348X-RAY DIFFRACTION100
2.5112-2.57910.29891410.19631369X-RAY DIFFRACTION100
2.5791-2.6550.27481610.19731377X-RAY DIFFRACTION100
2.655-2.74070.25941430.19161357X-RAY DIFFRACTION100
2.7407-2.83860.2791570.20131368X-RAY DIFFRACTION100
2.8386-2.95220.2681210.18871386X-RAY DIFFRACTION100
2.9522-3.08650.26661240.18681406X-RAY DIFFRACTION100
3.0865-3.24920.22821370.19611408X-RAY DIFFRACTION100
3.2492-3.45270.24781270.1821425X-RAY DIFFRACTION100
3.4527-3.71910.22511340.17571415X-RAY DIFFRACTION100
3.7191-4.09310.23721440.17051425X-RAY DIFFRACTION100
4.0931-4.68460.19081330.14121462X-RAY DIFFRACTION100
4.6846-5.89940.19741380.17441495X-RAY DIFFRACTION100
5.8994-41.13560.2221510.19361638X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08190.10850.08593.1596-1.30933.7254-0.11270.0124-0.1499-0.23750.05970.04940.3607-0.23080.04570.42550.09310.09270.27570.03810.2655-17.5367-36.839253.6649
20.6185-0.61141.26126.2477-0.99322.8649-0.4113-0.5113-0.1250.46840.38030.74090.0435-0.66250.02090.43490.12280.07830.4370.09360.349-24.4496-40.233469.2971
31.332-0.1421-0.39052.689-2.65284.7217-0.120.0798-0.0077-0.0921-0.2167-0.50140.240.51330.37490.43640.15640.09130.37310.02740.4024-7.6132-33.640352.5419
41.1148-0.34920.31122.0119-0.67022.5869-0.00850.13740.2155-0.20.061-0.0203-0.3738-0.2223-0.03790.42610.13770.09010.36370.07580.3242-19.4785-22.867249.0074
56.47514.1361-5.35756.2249-2.98185.5013-0.3235-0.29470.0354-0.4759-0.2645-0.8002-0.27981.00080.6090.515-0.03990.05470.58910.24330.61944.3296-17.754839.9739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 266 through 330 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 331 through 363 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 364 through 415 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 416 through 652 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 653 through 713 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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