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- PDB-6cfo: HUMAN PYRUVATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT COMPLEX WITH COVALENT T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cfo
タイトルHUMAN PYRUVATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT COMPLEX WITH COVALENT TDP ADDUCT ACETYL PHOSPHINATE
要素
  • Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial
  • Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / THIAMIN PYROPHOSPHATE / ACETYL PHOSPHINATE / INHIBITOR / PYRUVATE DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate dehydrogenase (NAD+) activity / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) activity / PDH complex synthesizes acetyl-CoA from PYR / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / Signaling by Retinoic Acid / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation ...pyruvate dehydrogenase (NAD+) activity / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) activity / PDH complex synthesizes acetyl-CoA from PYR / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / Signaling by Retinoic Acid / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / glucose metabolic process / mitochondrial matrix / nucleolus / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, alpha subunit, subgroup y / Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta / : / Transketolase, C-terminal domain / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain ...Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, alpha subunit, subgroup y / Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta / : / Transketolase, C-terminal domain / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A5X / Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial / Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者ARJUNAN, P. / WHITLEY, M.J. / FUREY, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK080748 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Pyruvate dehydrogenase complex deficiency is linked to regulatory loop disorder in the alpha V138M variant of human pyruvate dehydrogenase.
著者: Whitley, M.J. / Arjunan, P. / Nemeria, N.S. / Korotchkina, L.G. / Park, Y.H. / Patel, M.S. / Jordan, F. / Furey, W.
履歴
登録2018年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial
B: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial
C: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial
D: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,2388
ポリマ－156,1234
非ポリマー1,1154
水6,756375
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: known in literature
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20230 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area41870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.270, 120.730, 129.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial / PDHE1-A type I


分子量: 40714.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDHA1, PHE1A / プラスミド: PQE-9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41
参照: UniProt: P08559, pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)
#2: タンパク質 Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial / PDHE1-B


分子量: 37346.836 Da / 分子数: 2 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDHB, PHE1B / プラスミド: PQE-9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41
参照: UniProt: P11177, pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)
#3: 化合物 ChemComp-A5X / 3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-2-{(1S)-1-hydroxy-1-[(R)-hydroxy(oxo)-lambda~5~-phosphanyl]ethyl}-5-(2-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-3-ium


分子量: 533.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H24N4O10P3S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, SODIUM THIOCYANATE, MAGNESIUM CHLORIDE, THIAMIN PYROPHOSPHATE, ACETYL PHOSPHINATE,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月14日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47.575 Å / Num. obs: 44058 / % possible obs: 98.33 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.966 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 14.89
反射 シェル解像度: 2.7→2.86 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 5.28 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NI4

1ni4


解像度: 2.7→47.575 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 26.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2353 2205 5 %
Rwork0.1856 --
obs0.1881 44058 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.575 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10698 0 66 375 11139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92214860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3714142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611602
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041944
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.75870.3211430.2542600X-RAY DIFFRACTION99
2.7587-2.82280.33481580.24372579X-RAY DIFFRACTION100
2.8228-2.89340.31791510.24912597X-RAY DIFFRACTION99
2.8934-2.97160.31981320.23792606X-RAY DIFFRACTION99
2.9716-3.05910.31691460.23192616X-RAY DIFFRACTION100
3.0591-3.15780.26691400.23042588X-RAY DIFFRACTION99
3.1578-3.27060.28161160.22812620X-RAY DIFFRACTION99
3.2706-3.40150.27781190.2312626X-RAY DIFFRACTION98
3.4015-3.55630.31141530.2322567X-RAY DIFFRACTION98
3.5563-3.74370.34121300.26542543X-RAY DIFFRACTION96
3.7437-3.97820.25121220.21062565X-RAY DIFFRACTION96
3.9782-4.28510.20931330.15182569X-RAY DIFFRACTION96
4.2851-4.7160.15811370.12652567X-RAY DIFFRACTION97
4.716-5.39760.16911300.12712676X-RAY DIFFRACTION98
5.3976-6.79730.18341520.1492712X-RAY DIFFRACTION100
6.7973-47.58260.18511430.15782822X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.637-0.08480.14760.68090.19181.22420.00390.1541-0.0701-0.1072-0.02330.0245-0.0481-0.01160.01510.3520.0028-0.00370.399-0.02370.3732-0.3223-8.1953-69.6001
21.21550.10730.22380.92750.371.80060.00480.0845-0.060.0986-0.0149-0.01940.06610.18190.01080.34140.01740.01740.28340.02240.38286.4445-8.3684-35.7531
31.150.2193-0.3291.6523-0.33511.53110.0312-0.1957-0.05550.35280.00160.1337-0.11490.023-0.02320.39050.00430.02320.35130.01020.3182-11.06070.7084-19.2297
41.45670.3102-0.18010.6391-0.00110.7828-0.0236-0.08220.00680.0749-0.0052-0.1407-0.06310.20220.0290.4763-0.0219-0.01830.38790.04920.442922.021621.7811-40.5021
51.50060.49820.2061.04510.16321.1574-0.05540.1490.122-0.01360.0093-0.0065-0.1151-0.00070.0480.3682-0.00590.01290.29460.02630.3378-10.292519.4334-52.219
60.8037-0.1739-0.50760.94880.1120.80950.04820.0751-0.03250.1146-0.03360.1880.0094-0.2167-0.00340.3889-0.00480.02390.45030.03750.46-28.11837.1738-38.2596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 361)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 0 through 194)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 195 through 329)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 0 through 361)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 0 through 194)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 195 through 329)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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