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- PDB-6cfd: ADEP4 bound to E. faecium ClpP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cfd
タイトルADEP4 bound to E. faecium ClpP
要素ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC / ClpP / ADEP4 / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EZA / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Lee, R.E. / Griffith, E.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R44AI122426-02 米国
引用
ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2018
タイトル: In VivoandIn VitroEffects of a ClpP-Activating Antibiotic against Vancomycin-Resistant Enterococci.
著者: Brown Gandt, A. / Griffith, E.C. / Lister, I.M. / Billings, L.L. / Han, A. / Tangallapally, R. / Zhao, Y. / Singh, A.P. / Lee, R.E. / LaFleur, M.D.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural switching of Staphylococcus aureus Clp protease: a key to understanding protease dynamics.
著者: Zhang, J. / Ye, F. / Lan, L. / Jiang, H. / Luo, C. / Yang, C.G.
#2: ジャーナル: Chem. Biol. / 年: 2010
タイトル: Acyldepsipeptide antibiotics induce the formation of a structured axial channel in ClpP: A model for the ClpX/ClpA-bound state of ClpP.
著者: Li, D.H. / Chung, Y.S. / Gloyd, M. / Joseph, E. / Ghirlando, R. / Wright, G.D. / Cheng, Y.Q. / Maurizi, M.R. / Guarne, A. / Ortega, J.
#3: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2012
タイトル: Insights into structural network responsible for oligomerization and activity of bacterial virulence regulator caseinolytic protease P (ClpP) protein.
著者: Gersch, M. / List, A. / Groll, M. / Sieber, S.A.
履歴
登録2018年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)336,29939
ポリマ－326,16514
非ポリマー10,13425
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area55730 Å2
ΔGint-422 kcal/mol
Surface area89120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.395, 202.166, 97.385
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp


分子量: 23297.496 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
遺伝子: clpP, A5804_002055, A5809_001747, A5810_000386, A5814_002098, A5836_000160, A5841_002116, A5860_002409, AS238_05290, AWT83_05460, B1P95_10385, B4W81_08585, BK413_10305, BK695_10280, BK696_ ...遺伝子: clpP, A5804_002055, A5809_001747, A5810_000386, A5814_002098, A5836_000160, A5841_002116, A5860_002409, AS238_05290, AWT83_05460, B1P95_10385, B4W81_08585, BK413_10305, BK695_10280, BK696_10275, BTA10_07855, BTA13_11970, BU181_02235, BU182_15300, BU184_14080, BU185_04695, BU186_06175, BU187_13865, BU188_14880, BU189_03420, BU190_07525, BU191_15420, BU192_05390, BU194_04805, CDL00_11615, CKY17_04320, CKY19_04880, CQR37_09710, CQR38_04150, CQR40_12365, CQR41_03640, CQR43_09890, CRM75_14685, CRN03_11890, CS913_12780, CS915_12510, CS916_12510, DTPHA_601708, EFM1CSP_03625, HMPREF3199_00581
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A133CH35, UniProt: Q3XX76*PLUS, endopeptidase Clp
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-EZA / N-[(6aS,12S,15aS,17R,21R,23aS)-17,21-dimethyl-6,11,15,20,23-pentaoxooctadecahydro-2H,6H,11H,15H-pyrido[2,1-i]dipyrrolo[2,1-c:2',1'-l][1,4,7,10,13]oxatetraazacyclohexadecin-12-yl]-3,5-difluoro-Nalpha-[(2E)-hept-2-enoyl]-L-phenylalaninamide


分子量: 770.862 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H52F2N6O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.11 % / 解説: A 0.3 mM cube forms within 72 hours.
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 18-35% MPD, 0.02 M calcium chloride
PH範囲: 4.5-4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月5日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 114674 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.178 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 688990
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.6450.87857930.7730.4050.970.762100
2.64-2.695.30.78856490.8170.3560.8680.771100
2.69-2.745.50.69557160.8560.310.7630.8100
2.74-2.85.60.6557720.8790.2850.7110.814100
2.8-2.865.70.57756770.8890.2510.6310.824100
2.86-2.935.80.49256860.9260.2120.5370.844100
2.93-35.90.44757380.9310.1910.4870.867100
3-3.0860.41656990.9370.1770.4530.872100
3.08-3.1760.36757450.9520.1570.40.928100
3.17-3.286.10.30557140.9710.130.3320.902100
3.28-3.396.20.2757680.9730.1150.2940.942100
3.39-3.536.30.23256910.9810.0980.2530.972100
3.53-3.696.30.20257130.9830.0860.220.99100
3.69-3.886.30.17457560.9850.0740.191.016100
3.88-4.136.30.14357520.9890.060.1561.003100
4.13-4.456.30.12357220.990.0520.1330.984100
4.45-4.896.40.10857590.9920.0450.1170.916100
4.89-5.66.40.11157250.9910.0470.120.933100
5.6-7.056.40.09957860.9930.0410.1070.84100
7.05-506.20.08658130.9940.0360.0940.73699.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3STA

3sta


解像度: 2.57→101.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.2212 / WRfactor Rwork: 0.1945 / FOM work R set: 0.8361 / SU B: 9.596 / SU ML: 0.197 / SU R Cruickshank DPI: 0.3987 / SU Rfree: 0.2326 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2094 5708 5 %RANDOM
Rwork0.1747 ---
obs0.1764 108922 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 187.6 Å2 / Biso mean: 55.037 Å2 / Biso min: 30.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.14 Å20 Å20.04 Å2
2--4.68 Å20 Å2
3----2.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.57→101.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19214 0 717 139 20070
Biso mean--108.88 46.86 -
残基数----2548
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01920185
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0219039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7952.01427367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.227343986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.93952520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.22825.103829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.972153361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.68515112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2640.23240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0222304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023715
LS精密化 シェル解像度: 2.575→2.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 346 -
Rwork0.297 7057 -
all-7403 -
obs--86.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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