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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cfd | ||||||
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タイトル | ADEP4 bound to E. faecium ClpP | ||||||
要素 | ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit | ||||||
キーワード | HYDROLASE/ANTIBIOTIC / ClpP / ADEP4 / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecium (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, R.E. / Griffith, E.C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2018 タイトル: In VivoandIn VitroEffects of a ClpP-Activating Antibiotic against Vancomycin-Resistant Enterococci. 著者: Brown Gandt, A. / Griffith, E.C. / Lister, I.M. / Billings, L.L. / Han, A. / Tangallapally, R. / Zhao, Y. / Singh, A.P. / Lee, R.E. / LaFleur, M.D. #1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2011 タイトル: Structural switching of Staphylococcus aureus Clp protease: a key to understanding protease dynamics. 著者: Zhang, J. / Ye, F. / Lan, L. / Jiang, H. / Luo, C. / Yang, C.G. #2: ジャーナル: Chem. Biol. / 年: 2010 タイトル: Acyldepsipeptide antibiotics induce the formation of a structured axial channel in ClpP: A model for the ClpX/ClpA-bound state of ClpP. 著者: Li, D.H. / Chung, Y.S. / Gloyd, M. / Joseph, E. / Ghirlando, R. / Wright, G.D. / Cheng, Y.Q. / Maurizi, M.R. / Guarne, A. / Ortega, J. #3: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2012 タイトル: Insights into structural network responsible for oligomerization and activity of bacterial virulence regulator caseinolytic protease P (ClpP) protein. 著者: Gersch, M. / List, A. / Groll, M. / Sieber, S.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cfd.cif.gz | 501.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6cfd.ent.gz | 413.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cfd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6cfd_validation.pdf.gz | 3.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6cfd_full_validation.pdf.gz | 3.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6cfd_validation.xml.gz | 99.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6cfd_validation.cif.gz | 123 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/6cfd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/6cfd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3staS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23297.496 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 遺伝子: clpP, A5804_002055, A5809_001747, A5810_000386, A5814_002098, A5836_000160, A5841_002116, A5860_002409, AS238_05290, AWT83_05460, B1P95_10385, B4W81_08585, BK413_10305, BK695_10280, BK696_ ...遺伝子: clpP, A5804_002055, A5809_001747, A5810_000386, A5814_002098, A5836_000160, A5841_002116, A5860_002409, AS238_05290, AWT83_05460, B1P95_10385, B4W81_08585, BK413_10305, BK695_10280, BK696_10275, BTA10_07855, BTA13_11970, BU181_02235, BU182_15300, BU184_14080, BU185_04695, BU186_06175, BU187_13865, BU188_14880, BU189_03420, BU190_07525, BU191_15420, BU192_05390, BU194_04805, CDL00_11615, CKY17_04320, CKY19_04880, CQR37_09710, CQR38_04150, CQR40_12365, CQR41_03640, CQR43_09890, CRM75_14685, CRN03_11890, CS913_12780, CS915_12510, CS916_12510, DTPHA_601708, EFM1CSP_03625, HMPREF3199_00581 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A133CH35, UniProt: Q3XX76*PLUS, endopeptidase Clp #2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #3: 化合物 | ChemComp-EZA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.11 % / 解説: A 0.3 mM cube forms within 72 hours. |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 18-35% MPD, 0.02 M calcium chloride PH範囲: 4.5-4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月5日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 114674 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.178 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 688990 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3STA 解像度: 2.57→101.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.2212 / WRfactor Rwork: 0.1945 / FOM work R set: 0.8361 / SU B: 9.596 / SU ML: 0.197 / SU R Cruickshank DPI: 0.3987 / SU Rfree: 0.2326 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 187.6 Å2 / Biso mean: 55.037 Å2 / Biso min: 30.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.57→101.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.575→2.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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