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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cdz | ||||||||||||
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タイトル | E. coli thymidylate synthase mutant I264Am | ||||||||||||
要素 | Thymidylate synthase | ||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / メチル化 / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Finer-moore, J.S. / Lee, T.T. / Stroud, R.M. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018 タイトル: A Single Mutation Traps a Half-Sites Reactive Enzyme in Midstream, Explaining Asymmetry in Hydride Transfer. 著者: Finer-Moore, J.S. / Lee, T.T. / Stroud, R.M. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Effects of subunit occupancy on partitioning of an intermediate in thymidylate synthase mutants. 著者: Variath, P. / Liu, Y. / Lee, T.T. / Stroud, R.M. / Santi, D.V. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cdz.cif.gz | 215.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6cdz.ent.gz | 173 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cdz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/6cdz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/6cdz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1kceS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30446.510 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-263 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: thyA, b2827, JW2795 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A884, thymidylate synthase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-UMP / | #4: 化合物 | ChemComp-UMC / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.83 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM HEPES, 200 mM NH4Ac, 5mM DTT, 32% PEG 4000 (W/V) PH範囲: 8.0-8.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月11日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 16256 / % possible obs: 84.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 720 / % possible all: 76.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB 1KCE 解像度: 2.4→17 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.13
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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