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- PDB-6cdx: High-resolution crystal structure of fluoropropylated cystine kno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cdx
タイトルHigh-resolution crystal structure of fluoropropylated cystine knot, binding to alpha-5 beta-6 integrin
要素cystine knot (fluoropropylated)
キーワードPROTEIN BINDING / Cysteine / Disulfides / alpha-5 beta-6 integrin binding epitope / Cancer Imaging
機能・相同性Proteinase inhibitor I7, squash / Squash family serine protease inhibitor / Squash family of serine protease inhibitors signature. / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region / Trypsin inhibitor 1
機能・相同性情報
生物種Momordica cochinchinensis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Kimura, R. / Nix, J. / Bongura, C. / Chakraborti, S. / Gambhir, S. / Filipp, F.V.
資金援助 ドイツ, 米国, 3件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and ResearchDJUSA ドイツ
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA154887 米国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)CRN-17-427258 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Evaluation of integrin alpha v beta6cystine knot PET tracers to detect cancer and idiopathic pulmonary fibrosis.
著者: Kimura, R.H. / Wang, L. / Shen, B. / Huo, L. / Tummers, W. / Filipp, F.V. / Guo, H.H. / Haywood, T. / Abou-Elkacem, L. / Baratto, L. / Habte, F. / Devulapally, R. / Witney, T.H. / Cheng, Y. / ...著者: Kimura, R.H. / Wang, L. / Shen, B. / Huo, L. / Tummers, W. / Filipp, F.V. / Guo, H.H. / Haywood, T. / Abou-Elkacem, L. / Baratto, L. / Habte, F. / Devulapally, R. / Witney, T.H. / Cheng, Y. / Tikole, S. / Chakraborti, S. / Nix, J. / Bonagura, C.A. / Hatami, N. / Mooney, J.J. / Desai, T. / Turner, S. / Gaster, R.S. / Otte, A. / Visser, B.C. / Poultsides, G.A. / Norton, J. / Park, W. / Stolowitz, M. / Lau, K. / Yang, E. / Natarajan, A. / Ilovich, O. / Srinivas, S. / Srinivasan, A. / Paulmurugan, R. / Willmann, J. / Chin, F.T. / Cheng, Z. / Iagaru, A. / Li, F. / Gambhir, S.S.
履歴
登録2018年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cystine knot (fluoropropylated)
B: cystine knot (fluoropropylated)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8332
ポリマ－7,8332
非ポリマー00
水93752
1
A: cystine knot (fluoropropylated)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9161
ポリマ－3,9161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cystine knot (fluoropropylated)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9161
ポリマ－3,9161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)16.950, 44.250, 66.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド cystine knot (fluoropropylated) / Trypsin inhibitor 1 / MCoTI-I / Trypsin inhibitor I


分子量: 3916.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Momordica cochinchinensis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P82408
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: Isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年6月26日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagittally focused
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→36.82 Å / Num. obs: 27921 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 29 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 32.3
反射 シェル最高解像度: 1 Å / Num. unique obs: 999

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2N8C & 2N8B

2n8c

2n8b


解像度: 1→36.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 0.457 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2257 1341 5 %RANDOM
Rwork0.2029 ---
obs0.204 25665 96.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 41.53 Å2 / Biso mean: 10.152 Å2 / Biso min: 3.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1→36.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数529 0 0 52 581
Biso mean---16.36 -
残基数----73
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.019534
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.02494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.3661.983716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.70331128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.462570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg18.8352024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.7981586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.6861510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.5310.274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.02620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02134
LS精密化 シェル解像度: 1→1.026 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 77 -
Rwork0.359 1388 -
all-1465 -
obs--73.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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