PDB-6cdd: Npl4 zinc finger and MPN domains (Chaetomium thermophilum)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cdd

タイトル

Npl4 zinc finger and MPN domains (Chaetomium thermophilum)

要素

Npl4 zinc finger

キーワード

PROTEIN BINDING / AAA ATPase cofactor / zinc finger / MPN

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA transport / ubiquitin binding / protein transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear membrane / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.58233712092 Å

データ登録者

Bodnar, N.O. / Rapoport, T.A.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM052586	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32GM007753	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Structure of the Cdc48 ATPase with its ubiquitin-binding cofactor Ufd1-Npl4.
著者: Nicholas O Bodnar / Kelly H Kim / Zhejian Ji / Thomas E Wales / Vladimir Svetlov / Evgeny Nudler / John R Engen / Thomas Walz / Tom A Rapoport /

要旨: Many polyubiquitinated proteins are extracted from membranes or complexes by the conserved ATPase Cdc48 (in yeast; p97 or VCP in mammals) before proteasomal degradation. Each Cdc48 hexamer contains ...

履歴

登録	2018年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年7月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cdd.cif.gz	645.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cdd.ent.gz	450.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cdd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6cdd_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cdd_full_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示
XML形式データ	6cdd_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	6cdd_validation.cif.gz	46.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/6cdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/6cdd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7476C 7477C 7478C 7479C 6chsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cc7-d 5c7v-d 6asu-d 6c7b-d 1d8c-d 6dko-d 5e9x-d 2gq3-2 5cah-d 6apz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Npl4 zinc finger

B: Npl4 zinc finger

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Npl4 zinc finger

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: microscopy, One copy of this protein forms a heterodimer with another cofactor, Ufd1. This heterodimer in turn associates in a 1:1 manner with the hexameric ATPase Cdc48. There is no ...根拠: microscopy, One copy of this protein forms a heterodimer with another cofactor, Ufd1. This heterodimer in turn associates in a 1:1 manner with the hexameric ATPase Cdc48. There is no described role for an Npl4 dimer.
53.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Npl4 zinc finger

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.858, 72.221, 193.543
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.714, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	1
2	1	2

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	GLU	GLU	(chain 'A' and resid 132 through 596)	A	A	132 - 448	4 - 320
1	2	THR	THR	THR	THR	(chain 'A' and resid 132 through 596)	A	A	458 - 596	330 - 468
2	1	PRO	PRO	GLU	GLU	chain 'B'	B	B	132 - 448	4 - 320
2	2	THR	THR	THR	THR	chain 'B'	B	B	458 - 596	330 - 468

#1: タンパク質	Npl4 zinc finger 分子量: 53615.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0009420 / プラスミド: K27SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S0B4
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.72 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Na/K phosphate pH 7, 9.2% wt/vol poly-gamma-glutamic acid, 0.2 M potassium thiocyanate, 5% propylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.283 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.582→96.11 Å / Num. obs: 96089 / % possible obs: 95.15 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 81.4323024304 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.06434 / R_pim(I) all: 0.04406 / Net I/σ(I): 9.82
反射シェル	解像度: 2.582→2.675 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 2.031 / Num. unique obs: 7754 / CC_1/2: 0.322 / R_pim(I) all: 1.443 / % possible all: 77.79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	精密化
PHENIX	1.12_2829	位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: cryo-EM density

解像度: 2.58233712092→96.107851877 Å / SU ML: 0.459566972743 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33489028264 / 位相誤差: 30.4847135538

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228609406897	4617	4.8855591886 %
R_work	0.19152216146	-	-
obs	0.193296283219	94503	95.1528942678 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 105.883376985 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58233712092→96.107851877 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7283	0	4	228	7515

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00229496813905	7487
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.529373849969	10168
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0418141893585	1098
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00262453528802	1335
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.932750883	4529

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5823-2.6117	0.511459568419	68	0.446843203394	1916	X-RAY DIFFRACTION	61.3861386139
2.6117-2.6424	0.476045167914	163	0.441253058928	2748	X-RAY DIFFRACTION	87.0774753216
2.6424-2.6746	0.419551309651	163	0.41643947037	2693	X-RAY DIFFRACTION	84.3224092117
2.6746-2.7085	0.379703198899	128	0.391966899684	2758	X-RAY DIFFRACTION	90.3852176636
2.7085-2.7441	0.39461422636	133	0.375989071324	3103	X-RAY DIFFRACTION	96.9152440851
2.7441-2.7817	0.393792083324	136	0.351265105566	3068	X-RAY DIFFRACTION	96.7683479311
2.7817-2.8215	0.353549377181	176	0.333600763318	3149	X-RAY DIFFRACTION	99.0762812872
2.8215-2.8636	0.35591366346	174	0.305708306586	3015	X-RAY DIFFRACTION	97.8220858896
2.8636-2.9083	0.33513676651	160	0.302984823911	3091	X-RAY DIFFRACTION	97.921686747
2.9083-2.956	0.30439435954	159	0.268828558355	3074	X-RAY DIFFRACTION	98.2376177454
2.956-3.007	0.312528193083	147	0.262835245996	3148	X-RAY DIFFRACTION	97.5429248076
3.007-3.0617	0.292136315246	165	0.244861940763	3049	X-RAY DIFFRACTION	98.5285101165
3.0617-3.1206	0.310321442334	189	0.253355025439	3127	X-RAY DIFFRACTION	98.4268328881
3.1206-3.1843	0.335389399016	162	0.259740668183	3014	X-RAY DIFFRACTION	97.5729646697
3.1843-3.2535	0.311247370759	159	0.263964764321	3035	X-RAY DIFFRACTION	95.8583433373
3.2535-3.3292	0.276576599793	130	0.238500376233	3049	X-RAY DIFFRACTION	96.2167070218
3.3292-3.4125	0.269841000914	173	0.228510971051	3090	X-RAY DIFFRACTION	98.3423749247
3.4125-3.5047	0.297744845334	151	0.212354525629	3071	X-RAY DIFFRACTION	98.441796517
3.5047-3.6079	0.26380405199	153	0.198347542777	3129	X-RAY DIFFRACTION	97.6495090747
3.6079-3.7243	0.275353334243	135	0.191888612675	3134	X-RAY DIFFRACTION	98.2566877066
3.7243-3.8574	0.250451588797	152	0.174474789045	3063	X-RAY DIFFRACTION	97.6609963548
3.8574-4.0119	0.201809678622	151	0.173394154844	3064	X-RAY DIFFRACTION	96.8081903041
4.0119-4.1945	0.190231900272	107	0.156087977794	3067	X-RAY DIFFRACTION	95.8333333333
4.1945-4.4156	0.182783806136	114	0.129927593987	3018	X-RAY DIFFRACTION	94.9954504095
4.4156-4.6923	0.152001661787	178	0.129895674503	3065	X-RAY DIFFRACTION	98.2727272727
4.6923-5.0545	0.144818515043	205	0.139893543707	3031	X-RAY DIFFRACTION	98.3287754482
5.0545-5.5632	0.199542120135	179	0.157335773946	3083	X-RAY DIFFRACTION	97.7524722805
5.5632-6.368	0.221157408682	184	0.181394871503	2916	X-RAY DIFFRACTION	94.0819423369
6.368-8.0224	0.196289469261	180	0.177741354446	3088	X-RAY DIFFRACTION	97.8443113772
8.0224-96.1744	0.205164823767	143	0.175827294838	3030	X-RAY DIFFRACTION	95.7742227588

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.273116200599	0.301809102331	0.419986273832	0.641842536126	0.355994732735	0.683618162004	0.00405357013443	0.66600756788	0.351249278091	0.194146442814	-0.0010652916731	0.110523325319	0.0367077641445	-0.268922550407	6.52589023665E-5	0.725968039152	0.110727657226	0.146472934724	1.16140668213	0.190138476401	0.983060143693	-5.24210769876	41.7728029319	13.9209616118
2	1.60965698426	0.225057393993	-0.350828005301	1.64643927441	0.629270996737	1.27400689894	0.174334976897	0.062394083007	0.0880624020955	0.351929907873	0.00272712199382	-0.160290483745	0.0239543980187	-0.0140659192878	8.41949274842E-6	0.597548396546	0.000948530786947	0.0423644145477	0.775642053576	-0.00198043607158	0.768907253507	16.5993556436	32.3849533124	25.6075846022
3	0.66709214139	0.182289804797	0.130159405129	0.588032274089	0.524046558601	0.553900122641	-0.11716953859	0.370425584825	-0.403882157378	-0.0452626652228	0.10482059145	-0.194114667359	0.449384954359	-0.0811234565564	-1.83681564813E-5	0.694617526434	0.0341126099976	0.0775060967672	1.17843402629	-0.21259299371	1.09699074944	24.0190888375	10.8363668323	0.556390941258
4	0.138068547182	-0.194391142567	-0.0405638772891	0.325415043868	0.0331073911618	0.0228440406123	-0.0762833498514	0.329134772605	-0.391770481097	-0.112289475475	0.210568304894	0.265549883869	0.454888858144	0.0528809784774	4.22646158759E-5	1.22297991559	-0.111333297089	-0.117330977612	1.05182921684	-0.145514200991	1.04605395415	12.268857777	-18.8692671196	46.8402752123
5	0.618650980499	-0.148014404791	-0.224850147834	0.270587358166	0.153185578382	1.41473292912	-0.0963618927566	0.190186423302	0.0174403080553	-0.0270908389558	0.0191085891765	0.0203335059357	-0.195112145282	0.0476939935647	-6.47543236199E-6	1.02107862624	-0.0671326174498	-0.0858946134729	0.749594701461	0.0238193557791	0.796137946164	18.5951126313	2.44668547971	63.0310072731
6	0.41719853027	-0.211033064803	-0.121868049673	0.411826197756	-0.370041479066	0.645591091492	-0.173361776904	-0.0166575376252	-0.0755327599486	0.298591388256	0.112667727659	0.080940980404	0.0490829182456	-0.0279484174527	-2.28543723936E-8	1.2857613948	-0.0483076091695	-0.0414603371576	0.803893438864	-0.0166756725344	0.945340421653	19.7288746834	-15.1856443817	91.861939438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 129 through 178 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 179 through 497 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 498 through 596 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 132 through 178 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 179 through 497 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 498 through 596 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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