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万見
- PDB-6ccy: Crystal structure of Akt1 in complex with a selective inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ccy
タイトルCrystal structure of Akt1 in complex with a selective inhibitor
要素RAC-alpha serine/threonine-protein kinase,PIFtide
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / kinase inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of tRNA methylation / negative regulation of protein maturation / mammalian oogenesis stage / response to insulin-like growth factor stimulus / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / regulation of glycogen biosynthetic process / epithelial cell migration / positive regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / negative regulation of lymphocyte migration / negative regulation of protein localization to lysosome ...regulation of tRNA methylation / negative regulation of protein maturation / mammalian oogenesis stage / response to insulin-like growth factor stimulus / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / regulation of glycogen biosynthetic process / epithelial cell migration / positive regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / negative regulation of lymphocyte migration / negative regulation of protein localization to lysosome / cellular response to decreased oxygen levels / cellular response to rapamycin / maintenance of protein location in mitochondrion / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / negative regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane / Negative regulation of the PI3K/AKT network / regulation of type B pancreatic cell development / maternal placenta development / establishment of protein localization to mitochondrion / activation-induced cell death of T cells / potassium channel activator activity / protein kinase C / AKT phosphorylates targets in the nucleus / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of cilium assembly / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of glucose metabolic process / cellular response to peptide / positive regulation of TORC2 signaling / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / positive regulation of organ growth / interleukin-18-mediated signaling pathway / mammary gland epithelial cell differentiation / positive regulation of sodium ion transport / MTOR signalling / fibroblast migration / response to fluid shear stress / response to growth factor / regulation of cell motility / apical junction assembly / complement receptor mediated signaling pathway / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / cell projection organization / glycogen biosynthetic process / peripheral nervous system myelin maintenance / intermediate filament cytoskeleton / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / positive regulation of protein localization to cell surface / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / phosphorylation / cell migration involved in sprouting angiogenesis / response to growth hormone / RNA polymerase binding / regulation of postsynapse organization / anoikis / AKT phosphorylates targets in the cytosol / TORC2 complex binding / positive regulation of fibroblast migration / regulation of myelination / labyrinthine layer blood vessel development / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / response to UV-A / execution phase of apoptosis / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / response to food / RHOB GTPase cycle / Co-inhibition by CTLA4 / apical junction complex / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / negative regulation of macroautophagy / cellular response to stress / positive regulation of cytokinesis / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / RHOC GTPase cycle / regulation of neuron projection development / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / apoptotic mitochondrial changes / positive regulation of protein metabolic process / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / TOR signaling / behavioral response to pain / cleavage furrow / Regulation of localization of FOXO transcription factors / peptidyl-threonine phosphorylation / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / negative regulation of Notch signaling pathway / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / RHOA GTPase cycle / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Activation of BAD and translocation to mitochondria
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase N, first HR1 domain / Serine/threonine-protein kinase N, C2 domain / Hr1 repeat / Rho effector or protein kinase C-related kinase homology region 1 homologues / HR1 repeat superfamily / Protein kinase B alpha, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Protein kinase, C-terminal ...Serine/threonine-protein kinase N, first HR1 domain / Serine/threonine-protein kinase N, C2 domain / Hr1 repeat / Rho effector or protein kinase C-related kinase homology region 1 homologues / HR1 repeat superfamily / Protein kinase B alpha, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EX4 / RAC-alpha serine/threonine-protein kinase / Serine/threonine-protein kinase N2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Wang, Y. / Stout, S.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2018
タイトル: Discovery of chiral dihydropyridopyrimidinones as potent, selective and orally bioavailable inhibitors of AKT.
著者: Parthasarathy, S. / Henry, K. / Pei, H. / Clayton, J. / Rempala, M. / Johns, D. / De Frutos, O. / Garcia, P. / Mateos, C. / Pleite, S. / Wang, Y. / Stout, S. / Condon, B. / Ashok, S. / Lu, Z. ...著者: Parthasarathy, S. / Henry, K. / Pei, H. / Clayton, J. / Rempala, M. / Johns, D. / De Frutos, O. / Garcia, P. / Mateos, C. / Pleite, S. / Wang, Y. / Stout, S. / Condon, B. / Ashok, S. / Lu, Z. / Ehlhardt, W. / Raub, T. / Lai, M. / Geeganage, S. / Burkholder, T.P.
履歴
登録2018年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAC-alpha serine/threonine-protein kinase,PIFtide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5302
ポリマ－39,9591
非ポリマー5721
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.664, 66.961, 109.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RAC-alpha serine/threonine-protein kinase,PIFtide / Protein kinase B / PKB / Protein kinase B alpha / PKB alpha / Proto-oncogene c-Akt / RAC-PK-alpha


分子量: 39958.504 Da / 分子数: 1 / 変異: N199S, S396P, E397S, T433V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKT1, PKB, RAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P31749, UniProt: Q16513, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-EX4 / (5R)-4-(4-{4-[4-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]-1-[2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]-1H-imidazol-2-yl}piperidin-1-yl)-5-methyl-5,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-7(6H)-one


分子量: 571.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H33F4N7O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16% PEG 3350 and 200mM Ammonium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→19.94 Å / Num. obs: 19614 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 52.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.576 / Rpim(I) all: 0.34 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.18→2.3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
MOSFLM7.0.5データ削減
SCALA3.2.5データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.18→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9282 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9112 / SU R Cruickshank DPI: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.292 / SU Rfree Blow DPI: 0.224 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.225
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1039 5.31 %RANDOM
Rwork0.2352 ---
obs0.2373 19584 99.51 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.8136 Å20 Å20 Å2
2--2.2487 Å20 Å2
3---9.5649 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.18→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2647 0 41 56 2744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012767HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.133735HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d989SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes68HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes420HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2767HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.88
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion335SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3188SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.3 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3327 150 5.32 %
Rwork0.2572 2671 -
all0.2611 2821 -
obs--99.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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