[日本語] English
万見
- PDB-6ccw: Hybrid-2 form Human Telomeric G Quadruplex in Complex with Epiber... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ccw
タイトルHybrid-2 form Human Telomeric G Quadruplex in Complex with Epiberberine
要素DNA (26-MER)
キーワードDNA / G-Quadruplex / Complex / Telomere
機能・相同性Epiberberine / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lin, C. / Yang, D.Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Molecular Recognition of the Hybrid-2 Human Telomeric G-Quadruplex by Epiberberine: Insights into Conversion of Telomeric G-Quadruplex Structures.
著者: Lin, C. / Wu, G. / Wang, K. / Onel, B. / Sakai, S. / Shao, Y. / Yang, D.
履歴
登録2018年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02019年12月18日Group: Atomic model / Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5372
ポリマ－8,2001
非ポリマー3361
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4820 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 30structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8200.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-EWV / Epiberberine / 8,9-dimethoxy-11,12-dihydro-2H-[1,3]dioxolo[4,5-h]isoquinolino[2,1-b]isoquinolin-13-ium / エピベルベリン


分子量: 336.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18NO4

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D 1H-1H NOESY
121anisotropic12D 1H-1H TOCSY
231anisotropic12D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 880 uM DNA (26-MER), 880 uM epiberberine, 90% H2O/10% D2O
Label: NMR-Sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
880 uMDNA (26-MER)natural abundance1
880 uMepiberberinenatural abundance1
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mMCondition-257 1 atm298 K
2100 mMCondition-157 1 atm288 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
Insight IIAccelrys Software Inc.structure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る