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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cce | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Mycobacterium smegmatis RNA polymerase transcription initiation complex with inhibitor Kanglemycin A | ||||||
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![]() | transcription/dna/antibiotic / RNA polymerase antibiotic complex inhibitor tuberculosis / TRANSCRIPTION / transcription-antibiotic complex / transcription-dna-antibiotic complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription ...bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lilic, M. / Darst, S.A. / Campbell, E.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Rifamycin congeners kanglemycins are active against rifampicin-resistant bacteria via a distinct mechanism. 著者: Peek, J. / Lilic, M. / Montiel, D. / Milshteyn, A. / Woodworth, I. / Biggins, J.B. / Ternei, M.A. / Calle, P.Y. / Danziger, M. / Warrier, T. / Saito, K. / Braffman, N. / Fay, A. / Glickman, M. ...著者: Peek, J. / Lilic, M. / Montiel, D. / Milshteyn, A. / Woodworth, I. / Biggins, J.B. / Ternei, M.A. / Calle, P.Y. / Danziger, M. / Warrier, T. / Saito, K. / Braffman, N. / Fay, A. / Glickman, M.S. / Darst, S.A. / Campbell, E.A. / Brady, S.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 674.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 521.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1001.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 118 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 156.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 JF
#1: タンパク質 | 分子量: 13078.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: rbpA, MSMEG_3858, MSMEI_3768 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#6: タンパク質 | 分子量: 51573.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: sigA, MSMEG_2758 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#2: タンパク質 | 分子量: 37959.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL8, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 128680.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: P60281, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 146712.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS66, DNA-directed RNA polymerase #5: タンパク質 | | 分子量: 11544.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QWT1, DNA-directed RNA polymerase |
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-DNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 OG
#7: DNA鎖 | 分子量: 17540.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1635.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 6種, 15分子 ![](data/chem/img/KNG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GLU.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GLU.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
#9: 化合物 | ChemComp-KNG / | ||||||||
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#10: 化合物 | ChemComp-SO4 / #11: 化合物 | ChemComp-ZN / | #12: 化合物 | ChemComp-MG / | #13: 化合物 | ChemComp-GLU / | #14: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, 0.2 M LiSO4, 16% (w/v) polyetheylene glycol 3350, 2.5% (v/v) ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91806 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 99721 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.0637 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 8.42 |
反射 シェル | 解像度: 3.05→3.16 Å / Rmerge(I) obs: 2.227 / CC1/2: 0.31 / Rpim(I) all: 1.032 / Rrim(I) all: 2.462 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5TW1 解像度: 3.05→49.549 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.63 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.05→49.549 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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