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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cc8 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure MBD3 MBD domain in complex with methylated CpG DNA | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / regulation of cell fate specification / regulation of stem cell differentiation / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / RNA Polymerase I Transcription Initiation / embryonic organ development / heterochromatin / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 ...ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / regulation of cell fate specification / regulation of stem cell differentiation / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / RNA Polymerase I Transcription Initiation / embryonic organ development / heterochromatin / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / response to nutrient levels / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Regulation of PTEN gene transcription / HDACs deacetylate histones / response to estradiol / in utero embryonic development / Potential therapeutics for SARS / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu, K. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | |||||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2019 タイトル: Structural analyses reveal that MBD3 is a methylated CG binder. 著者: Liu, K. / Lei, M. / Wu, Z. / Gan, B. / Cheng, H. / Li, Y. / Min, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cc8.cif.gz | 124.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6cc8.ent.gz | 93.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cc8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6cc8_validation.pdf.gz | 446.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6cc8_full_validation.pdf.gz | 449.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6cc8_validation.xml.gz | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6cc8_validation.cif.gz | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/6cc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/6cc8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8473.716 Da / 分子数: 2 / 断片: MBD domain (UNP residues 1-71) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBD3 / プラスミド: pET28-GSTLIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: O95983 #2: DNA鎖 | 分子量: 3677.419 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: dodecanucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-UNX / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, 5% ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月20日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97923 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→35.73 Å / Num. obs: 25160 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.761 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 6C2K 6c2k 解像度: 1.95→35.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 9.689 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.156 詳細: MODEL WAS ORIGINALLY REFINED AGAINST DATA COLLECTED ON AN ISOMORPHOUS CRYSTAL. THAT STRUCTURE WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT USING PHASER AND MOLREP TO POSITION FIRST AND SECOND COPY OF ...詳細: MODEL WAS ORIGINALLY REFINED AGAINST DATA COLLECTED ON AN ISOMORPHOUS CRYSTAL. THAT STRUCTURE WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT USING PHASER AND MOLREP TO POSITION FIRST AND SECOND COPY OF THE COMPLEX, RESPECTIVELY. REFMAC WAS USED DURING INTERMEDIATE REFINEMENT. COOT WAS USED FOR INTERACTIVE MODEL BUILDING. MODEL GEOMETRY WAS ASSESSED ON THE MOLPROBITY SERVER.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.99 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→35.73 Å
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拘束条件 |
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