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- PDB-6cc8: Crystal structure MBD3 MBD domain in complex with methylated CpG DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cc8
タイトルCrystal structure MBD3 MBD domain in complex with methylated CpG DNA
要素
  • Methyl-CpG-binding domain protein 3
  • methylated CpG DNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / regulation of cell fate specification / regulation of stem cell differentiation / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / RNA Polymerase I Transcription Initiation / embryonic organ development / heterochromatin / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 ...ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / regulation of cell fate specification / regulation of stem cell differentiation / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / RNA Polymerase I Transcription Initiation / embryonic organ development / heterochromatin / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Regulation of PTEN gene transcription / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / response to nutrient levels / response to estradiol / in utero embryonic development / Potential therapeutics for SARS / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. ...Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding domain protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Liu, K. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Structural analyses reveal that MBD3 is a methylated CG binder.
著者: Liu, K. / Lei, M. / Wu, Z. / Gan, B. / Cheng, H. / Li, Y. / Min, J.
履歴
登録2018年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年5月22日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id
改定 2.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding domain protein 3
B: Methyl-CpG-binding domain protein 3
C: methylated CpG DNA
D: methylated CpG DNA
E: methylated CpG DNA
F: methylated CpG DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,89518
ポリマ－31,6576
非ポリマー1,23712
水1,15364
1
A: Methyl-CpG-binding domain protein 3
C: methylated CpG DNA
D: methylated CpG DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3448
ポリマ－15,8293
非ポリマー5165
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area7610 Å2
手法PISA
2
B: Methyl-CpG-binding domain protein 3
E: methylated CpG DNA
F: methylated CpG DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,55010
ポリマ－15,8293
非ポリマー7227
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area7710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.550, 36.640, 130.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding domain protein 3 / Methyl-CpG-binding protein MBD3


分子量: 8473.716 Da / 分子数: 2 / 断片: MBD domain (UNP residues 1-71) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBD3 / プラスミド: pET28-GSTLIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: O95983
#2: DNA鎖
methylated CpG DNA


分子量: 3677.419 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: dodecanucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 103.120 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, 5% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→35.73 Å / Num. obs: 25160 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.761 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 6C2K

6c2k
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.95→35.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 9.689 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.156
詳細: MODEL WAS ORIGINALLY REFINED AGAINST DATA COLLECTED ON AN ISOMORPHOUS CRYSTAL. THAT STRUCTURE WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT USING PHASER AND MOLREP TO POSITION FIRST AND SECOND COPY OF ...詳細: MODEL WAS ORIGINALLY REFINED AGAINST DATA COLLECTED ON AN ISOMORPHOUS CRYSTAL. THAT STRUCTURE WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT USING PHASER AND MOLREP TO POSITION FIRST AND SECOND COPY OF THE COMPLEX, RESPECTIVELY. REFMAC WAS USED DURING INTERMEDIATE REFINEMENT. COOT WAS USED FOR INTERACTIVE MODEL BUILDING. MODEL GEOMETRY WAS ASSESSED ON THE MOLPROBITY SERVER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1436 5.7 %THIN RESOLUTION SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.224 ---
obs0.226 23724 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å20.06 Å2
2--0.8 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→35.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1126 976 12 64 2178
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0162258
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021614
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6521.6173247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2633743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.65144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.40519.41251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.06215197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.331517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7832.368570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7832.364569
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7693.527710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 104 -
Rwork0.312 1775 -
obs--99.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.47440.302-0.73923.5152-2.00894.48110.0083-0.1273-0.17770.13440.05270.0710.2197-0.3109-0.0610.21420.01070.01350.17820.00020.021-23.4294-4.708554.8601
22.7592-0.60270.63833.1747-1.76754.37920.04610.12260.2067-0.18060.06950.0699-0.231-0.1989-0.11550.192-0.02240.02850.143400.0274-20.30976.796710.3602
33.9286-3.6834-0.29934.5481-0.32191.61460.0020.04960.3829-0.1249-0.0613-0.1461-0.00810.00140.05930.19220.05490.04350.22580.00910.1501-18.88258.227646.485
46.2491-1.51071.46512.44220.36521.72770.01550.29510.3455-0.0277-0.1512-0.1632-0.01890.00870.13570.17410.06920.0970.21590.01790.1161-18.81077.369545.1612
53.86993.25120.40734.1274-0.59992.0485-0.0562-0.0091-0.43050.002-0.0204-0.1255-0.00890.02760.07660.1166-0.0667-0.0040.1827-0.0130.1574-15.9889-6.141218.9401
66.12522.1094-1.27383.2210.03941.75770.1021-0.3004-0.28970.0558-0.1164-0.08680.05640.06170.01440.1267-0.06-0.06370.1970.00690.13-15.8663-5.308820.2656
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 71
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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