PDB-6cc2: Crystal Structure of CDC45 from Entamoeba histolytica

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cc2

タイトル

Crystal Structure of CDC45 from Entamoeba histolytica

要素

Cell division control protein 45 cdc45 putative

キーワード

CELL CYCLE / Cell division control protein

機能・相同性

機能・相同性情報

mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / DNA replication preinitiation complex / double-strand break repair via break-induced replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / single-stranded DNA binding / cell division / chromatin binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Shi, K. / Kurniawan, F. / Kurahashi, K. / Bielinsky, A. / Aihara, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: iScience / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure ofEntamoeba histolyticaCdc45 Suggests a Conformational Switch that May Regulate DNA Replication.
著者: Kurniawan, F. / Shi, K. / Kurahashi, K. / Bielinsky, A.K. / Aihara, H.

履歴

登録	2018年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cc2.cif.gz	315.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cc2.ent.gz	262.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cc2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/6cc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/6cc2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6nci-d 6nch-d 1v4a-d 1m10-d 5xj2-4 5xj2-2 3q1p-d 5zq1-d 5xcs-d 5xj2-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell division control protein 45 cdc45 putative

ヘテロ分子

64.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.120, 73.810, 171.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cell division control protein 45 cdc45 putative 分子量: 63174.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 遺伝子: CL6EHI_049900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A175JFA5, UniProt: C4LUI8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: sodium thiocyanate (pH 6.9), polyethyleneglycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9788 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 57872 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.068 / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.905 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC_1/2: 0.601 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_3063: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.66→37.09 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1909	5435	5.06 %
R_work	0.1571	-	-
obs	0.1588	107361	94.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→37.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4056	0	58	402	4516

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4220
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.748	5677
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.793	2510
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	630
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	708

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.66-1.6789	0.3083	168	0.2975	3232	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6789-1.6986	0.3196	208	0.2866	3312	X-RAY DIFFRACTION	92
1.6986-1.7194	0.284	180	0.271	3316	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7194-1.7411	0.2941	155	0.2592	3419	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7411-1.764	0.2393	185	0.252	3441	X-RAY DIFFRACTION	94
1.764-1.7882	0.2544	180	0.2334	3379	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7882-1.8137	0.2687	180	0.2301	3458	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8137-1.8408	0.2249	166	0.2285	3387	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8408-1.8696	0.2847	178	0.2279	3324	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8696-1.9002	0.2651	199	0.2165	3372	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9002-1.933	0.2229	160	0.2026	3246	X-RAY DIFFRACTION	90
1.933-1.9681	0.2469	167	0.1768	3365	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9681-2.006	0.1772	172	0.1656	3437	X-RAY DIFFRACTION	96
2.006-2.0469	0.1766	185	0.158	3349	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0469-2.0914	0.1771	166	0.1592	3474	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0914-2.1401	0.1928	206	0.1621	3510	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1401-2.1936	0.2022	200	0.1508	3390	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1936-2.2529	0.1682	188	0.1474	3453	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2529-2.3192	0.1812	180	0.1518	3341	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3192-2.394	0.1851	186	0.146	3469	X-RAY DIFFRACTION	97
2.394-2.4796	0.2012	178	0.1474	3469	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4796-2.5788	0.1844	190	0.1463	3485	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5788-2.6962	0.1789	172	0.1426	3465	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6962-2.8383	0.1751	203	0.1482	3414	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8383-3.016	0.1846	185	0.1522	3358	X-RAY DIFFRACTION	94
3.016-3.2488	0.1796	197	0.1513	3461	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2488-3.5755	0.1926	179	0.1389	3441	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5755-4.0923	0.1628	175	0.1258	3425	X-RAY DIFFRACTION	96
4.0923-5.1536	0.1415	190	0.1223	3361	X-RAY DIFFRACTION	94
5.1536-37.0994	0.2168	157	0.1698	3373	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8245	-0.2252	-0.074	2.4613	-0.1956	3.053	-0.0654	-0.0062	-0.3641	-0.0012	-0.0122	0.0661	0.4812	0.0332	0.0359	0.187	-0	0.0436	0.1459	-0.0124	0.2625	35.4157	-21.086	155.5166
2	1.1758	-0.0722	0.2696	2.9101	0.3886	3.5846	0.026	-0.0232	-0.1694	-0.0636	-0.0234	-0.2073	0.2832	0.175	0.0627	0.1101	-0.0142	0.0416	0.2101	-0.0211	0.1867	41.8727	-10.5609	147.2512
3	0.8925	-0.1557	-0.1246	1.6527	-0.3769	1.0367	0.0361	0.1493	0.0746	-0.1155	0.0214	-0.0335	-0.1478	-0.0035	-0.0614	0.1512	-0.0213	0.007	0.2119	-0.0158	0.121	32.161	9.2739	141.4502
4	2.6019	0.3995	-0.7723	2.0911	0.2053	2.3575	-0.073	-0.084	-0.1946	0.1881	-0.0384	0.1234	0.0626	-0.0203	0.109	0.1483	0.0055	0.0226	0.1492	-0.0154	0.1499	26.3024	7.2188	169.9778

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 123 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 124 through 213 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 214 through 417 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 418 through 542 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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