PDB-6caz: Crystal structure of a peptide deformylase from Legionella pneumophila

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6caz

タイトル

Crystal structure of a peptide deformylase from Legionella pneumophila

要素

Peptide deformylase

キーワード

HYDROLASE / NIAID / structural genomics / metalloenzyme / Legionnaires' disease / Legionellosis / Gram-negative bacteria / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide deformylase / peptide deformylase activity / translation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a peptide deformylase from Legionella pneumophila
著者: Edwards, T.E. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2018年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6caz.cif.gz	93.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6caz.ent.gz	68.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6caz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6caz_validation.pdf.gz	431.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6caz_full_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示
XML形式データ	6caz_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	6caz_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6caz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6caz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w3tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wyo-d 6jev-1 6jew-2 3p2k-2 6aw6-d 1bs7-3 6jer-2 6jew-1 4hyn-2 4wxk-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-LepnA.00882.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptide deformylase

ヘテロ分子

20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.210, 50.900, 105.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptide deformylase / PDF / Polypeptide deformylase 分子量: 20288.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: def, lpg2595 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZSC4, peptide deformylase
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 16.5 mg/mL LepnA.00882.a.B1.P38390 against Morpheus screen condition F1 10% PEG 10,000, 20% PEG 550 MME, 0.02 M each monosaccharide (D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N- ...詳細: 16.5 mg/mL LepnA.00882.a.B1.P38390 against Morpheus screen condition F1 10% PEG 10,000, 20% PEG 550 MME, 0.02 M each monosaccharide (D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine), 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, crystal tracking ID 297178f1, ugh2-12

結晶

マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.32 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16.5 mg/mL LepnA.00882.a.B1.P38390 against Morpheus screen condition F1 10% PEG 10,000, 20% PEG 550 MME, 0.02 M each monosaccharide (D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N- ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→45.829 Å / Num. obs: 33486 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.049 % / B_iso Wilson estimate: 15.39 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.036 / R_rim(I) all: 0.037 / Χ²: 1.021 / Net I/σ(I): 33.45

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.5-1.54	6.825	0.392	4.74	2368	0.877	0.424	96.3
1.54-1.58	7.155	0.295	6.1	2333	0.94	0.318	97.2
1.58-1.63	7.438	0.232	7.63	2284	0.97	0.249	98.7
1.63-1.68	7.812	0.192	9.24	2227	0.984	0.205	98.3
1.68-1.73	8.133	0.159	11.37	2204	0.987	0.169	100
1.73-1.79	8.511	0.132	13.81	2101	0.991	0.14	99.7
1.79-1.86	8.895	0.108	16.46	2059	0.995	0.114	100
1.86-1.94	9.294	0.089	20.9	1981	0.996	0.095	100
1.94-2.02	9.626	0.07	27.77	1920	0.998	0.074	100
2.02-2.12	10	0.056	35.39	1845	0.999	0.059	100
2.12-2.24	10.34	0.049	40.18	1721	0.999	0.052	99.9
2.24-2.37	10.6	0.043	47.36	1648	0.999	0.045	99.9
2.37-2.54	11.226	0.038	53.37	1554	0.999	0.04	99.9
2.54-2.74	11.591	0.035	58.4	1461	1	0.037	100
2.74-3	12.197	0.031	65.94	1338	1	0.033	99.8
3-3.35	13.127	0.029	74.06	1227	1	0.03	99.8
3.35-3.87	15.353	0.027	88.21	1092	1	0.028	99.9
3.87-4.74	19.573	0.027	102.89	934	1	0.028	99.8
4.74-6.71	19.882	0.026	103.61	740	1	0.027	100
6.71-45.829	17.753	0.026	99.87	449	0.999	0.027	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(1.13_2998)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2w3t

2w3t

解像度: 1.5→45.829 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1929	1655	4.94 %
R_work	0.166	-	-
obs	0.1673	33481	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.72 Å² / B_iso mean: 24.1449 Å² / B_iso min: 8.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→45.829 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1322	0	14	276	1612
B_iso mean	-	-	16.24	36.14	-
残基数	-	-	-	-	169

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4999-1.5441	0.2181	140	0.2203	2523	2663	97
1.5441-1.5939	0.216	119	0.1839	2577	2696	97
1.5939-1.6509	0.1709	138	0.1733	2588	2726	99
1.6509-1.717	0.203	131	0.1694	2607	2738	99
1.717-1.7951	0.2101	149	0.1667	2598	2747	100
1.7951-1.8897	0.1976	129	0.1692	2674	2803	100
1.8897-2.0081	0.202	145	0.1701	2654	2799	100
2.0081-2.1632	0.1692	146	0.1634	2649	2795	100
2.1632-2.3809	0.1881	146	0.1611	2662	2808	100
2.3809-2.7254	0.1943	134	0.1695	2703	2837	100
2.7254-3.4335	0.2038	142	0.1719	2720	2862	100
3.4335-45.8508	0.185	136	0.1531	2871	3007	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0172	-0.1815	0.1261	3.2296	-0.3067	6.5138	0.1733	0.0253	0.5599	0.2628	0.1338	0.6607	-0.4015	-0.46	-0.3418	0.1498	0.0385	0.0519	0.1435	0.01	0.1919	-4.1835	14.0932	18.4155
2	1.072	0.5728	-0.7947	2.9945	-0.985	2.7132	0.0539	-0.0127	0.0278	0.1918	0.1733	0.2251	-0.0624	-0.2854	-0.1701	0.103	0.0214	-0.0093	0.1252	0.0285	0.1121	-3.3535	3.3772	20.7349
3	3.2247	1.0823	-0.617	1.3625	-1.8777	5.3781	-0.0921	0.1094	-0.3525	-0.4771	0.0127	0.6941	0.478	-0.8614	-0.3134	0.2796	-0.1769	-0.1627	0.4368	0.1102	0.3718	-14.481	-3.8368	10.2403
4	0.8011	0.1224	-0.1136	0.7787	-0.9623	2.5253	-0.0229	0.0324	-0.1112	-0.2846	0.0541	-0.052	0.6326	0.0118	-0.0051	0.2311	0.0075	-0.0073	0.1092	-0.0038	0.1189	1.1182	-1.9531	8.2443
5	1.5328	0.3909	-0.3358	1.1366	-1.0231	2.0918	0.0021	0.0815	-0.1626	-0.3149	0.0471	-0.0204	0.4284	0.0052	-0.0332	0.1834	0.0157	-0.0127	0.0893	0.002	0.1175	2.4131	0.1264	8.7735
6	7.1488	-3.5448	-4.9132	5.1079	2.9451	5.5398	0.3019	0.16	0.5588	-0.1144	-0.1405	-0.0731	-0.501	-0.2174	-0.1767	0.2025	0.0245	0.0023	0.1338	0.0195	0.1335	-0.3242	22.663	6.3805

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 11 )	A	2 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 12 through 61 )	A	12 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 62 through 70 )	A	62 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 71 through 117 )	A	71 - 117
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 118 through 148 )	A	118 - 148
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 149 through 170 )	A	149 - 170

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