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万見
- PDB-6cau: UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase from Acinetobacter baumannii... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cau
タイトルUDP-N-acetylmuramate--alanine ligase from Acinetobacter baumannii AB5075-UW with AMPPNP
要素UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
キーワードLIGASE / MurC / SSGCID / AMPPNP / Acinetobacter baumannii AB5075-UW / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / cell cycle / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain ...UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Horanyi, P.S. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase from Acinetobacter baumannii AB5075-UW with AMPPNP
著者: Horanyi, P.S. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6204
ポリマ－52,0651
非ポリマー5553
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.180, 82.180, 154.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase


分子量: 52064.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: murC, ABBFA_000146 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B7GV74, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.4 uL 20 mg/mL AcbaC.00137.b.B5 PD00479 + 0.4 uL MCSG1 A10 (200 mM magnesium chloride, 100 mM MES/NaOH, pH 6.5, 10% PEG4000, 3 mM AMPPNP, 3 mM UDP, 3 mM magnesium chloride) in XJR trays, ...詳細: 0.4 uL 20 mg/mL AcbaC.00137.b.B5 PD00479 + 0.4 uL MCSG1 A10 (200 mM magnesium chloride, 100 mM MES/NaOH, pH 6.5, 10% PEG4000, 3 mM AMPPNP, 3 mM UDP, 3 mM magnesium chloride) in XJR trays, cryoprotectant: 25% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月8日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 19078 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Net I/σ(I): 31.89
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→46.482 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1964 1908 10 %
Rwork0.1667 --
obs0.1697 19077 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.482 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2267 0 33 101 2401
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072346
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8823196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.221865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.56250.27671330.18951193X-RAY DIFFRACTION100
2.5625-2.63180.28631330.18821202X-RAY DIFFRACTION100
2.6318-2.70920.23211340.18891201X-RAY DIFFRACTION100
2.7092-2.79660.2011320.17861195X-RAY DIFFRACTION100
2.7966-2.89660.22531340.18761195X-RAY DIFFRACTION100
2.8966-3.01250.24841340.19441215X-RAY DIFFRACTION100
3.0125-3.14960.19461340.18241210X-RAY DIFFRACTION100
3.1496-3.31560.22381350.18171207X-RAY DIFFRACTION100
3.3156-3.52330.231360.18781231X-RAY DIFFRACTION100
3.5233-3.79520.20311350.17911210X-RAY DIFFRACTION100
3.7952-4.17690.17191390.13831245X-RAY DIFFRACTION100
4.1769-4.78080.16341360.1341237X-RAY DIFFRACTION100
4.7808-6.02120.16211410.16381266X-RAY DIFFRACTION100
6.0212-46.48950.19421520.16611362X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.52860.946-0.28879.5483-1.20611.70390.10190.15980.2308-0.0051-0.0049-0.3955-0.07340.6902-0.04870.44650.0140.0490.5485-0.03340.39953.3816.2977-50.291
23.4152-0.437-0.09614.3195-0.55023.593-0.10840.24540.4227-0.57830.0224-0.7972-0.44620.51460.06670.485-0.05420.0430.4604-0.00580.49924.487323.3974-50.5826
33.16810.61250.7032.630.44982.59760.1282-0.49380.14690.1888-0.1228-0.0450.05030.0654-0.01350.29830.0119-0.02780.5065-0.03010.37740.688618.096-22.1431
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 34 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 119 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 120 through 328 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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