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万見
- PDB-6cam: Glucan Binding Protein C of Streptococcus mutans Mediates both Su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cam
タイトルGlucan Binding Protein C of Streptococcus mutans Mediates both Sucrose-Independent and Sucrose-Dependent Adherence
要素Glucan-binding protein C
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Glucan binding protein / Salivary agglutinin / Beta-supersandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Glucan-binding protein C / Glucan-binding protein C, GbpC
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Schormann, N. / Mieher, J.L. / Deivanayagam, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)NIAID R21A1105038 米国
引用ジャーナル: Infect. Immun. / 年: 2018
タイトル: Glucan Binding Protein C of Streptococcus mutans Mediates both Sucrose-Independent and Sucrose-Dependent Adherence.
著者: Mieher, J.L. / Larson, M.R. / Schormann, N. / Purushotham, S. / Wu, R. / Rajashankar, K.R. / Wu, H. / Deivanayagam, C.
履歴
登録2018年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucan-binding protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6534
ポリマ－39,2531
非ポリマー4003
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.020, 47.940, 40.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Glucan-binding protein C


分子量: 39252.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
遺伝子: gbpC / プラスミド: PET-23D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5R1S1, UniProt: Q8DTF1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.31 % / 解説: plate-like
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月29日
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→46.72 Å / Num. obs: 39634 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2097 / CC1/2: 0.625 / Rpim(I) all: 0.529 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDS20170720データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UQZ

5uqz


解像度: 1.75→46.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 5.734 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23474 1972 5 %RANDOM
Rwork0.20696 ---
obs0.20834 37660 98.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0.02 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→46.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2744 0 25 181 2950
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022840
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6421.9443852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97635774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5815352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.88726.552145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.46615463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.424154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02532
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9171.6561408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9151.6551407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5922.4791760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5922.4811761
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1681.8361429
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1681.8361429
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9012.6972092
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.04220.6613413
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.94520.5023381
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 156 -
Rwork0.331 2704 -
obs--97.05 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 240.654 Å / Origin y: -25.045 Å / Origin z: 8.244 Å
111213212223313233
T0.0184 Å2-0.0103 Å20.0074 Å2-0.0353 Å20.019 Å2--0.0269 Å2
L0.2053 °2-0.1246 °2-0.0028 °2-0.0931 °20.0078 °2--0.0862 °2
S-0.0131 Å °0.0003 Å °0.0101 Å °0.0019 Å °0.0122 Å °0.0029 Å °0.0256 Å °-0.0337 Å °0.0009 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A125 - 174
2X-RAY DIFFRACTION1A175 - 363
3X-RAY DIFFRACTION1A364 - 429
4X-RAY DIFFRACTION1A430 - 475

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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