PDB-6ca1: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE W169Y MUTANT OF ALPHA-GLUCOSIDASE (G...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ca1

タイトル

THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE W169Y MUTANT OF ALPHA-GLUCOSIDASE (GH 31) FROM RUMINOCOCCUS OBEUM ATCC 29174 in complex with miglitol

要素

Glycosyl hydrolase, family 31

キーワード

HYDROLASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / ALPHA-GLUCOSIDASE / miglitol / Midwest Center for Macromolecular Research / MCMR

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Blautia obeum ATCC 29174 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Tan, K. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Macromolecular Research (MCMR)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE W169Y MUTANT OF ALPHA-GLUCOSIDASE (GH 31) FROM RUMINOCOCCUS OBEUM ATCC 29174 in complex with miglitol
著者: Tan, K. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2018年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月21日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ca1.cif.gz	556.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ca1.ent.gz	454.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ca1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ca1_validation.pdf.gz	462.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ca1_full_validation.pdf.gz	466.2 KB	表示
XML形式データ	6ca1_validation.xml.gz	52.9 KB	表示
CIF形式データ	6ca1_validation.cif.gz	77.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6ca1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6ca1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ca3C 3n04S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6c9z-2 6ca3-2 6c9z-1 3ojs-d 7c4n-d 6ca3-1 3m8r-d 3t3f-d 5ytf-d 5ytd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: APC106690

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyl hydrolase, family 31

B: Glycosyl hydrolase, family 31

ヘテロ分子

155 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycosyl hydrolase, family 31

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
77.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycosyl hydrolase, family 31

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.749, 70.058, 88.162
Angle α, β, γ (deg.)	111.32, 107.59, 97.67
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Glycosyl hydrolase, family 31 分子量: 77449.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Blautia obeum ATCC 29174 (バクテリア) 遺伝子: RUMOBE_03919 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic 参照: UniProt: A5ZY13, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-MIG / (2R,3R,4R,5S)-1-(2-hydroxyethyl)-2-(hydroxymethyl)piperidine-3,4,5-triol / Miglitol / ミグリト-ル分子量: 207.224 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₅ / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 806 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris, 25% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→32 Å / Num. obs: 93150 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 20.85 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.075 / R_rim(I) all: 0.106 / Χ²: 1.017 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4384 / CC_1/2: 0.622 / R_pim(I) all: 0.424 / R_rim(I) all: 0.599 / Χ²: 0.783 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3N04

3n04

解像度: 1.95→31.545 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.22

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2014	4668	5.01 %	Random
R_work	0.1516	-	-	-
obs	0.1541	93102	96.32 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→31.545 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10833	0	40	806	11679

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	11170
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.051	15072
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.299	4150
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1520
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1972

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9486-1.9707	0.2957	117	0.2215	2619	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9707-1.9939	0.2516	126	0.2081	2804	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9939-2.0182	0.2586	138	0.2099	2849	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0182-2.0437	0.2615	163	0.1942	2809	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0437-2.0706	0.2576	129	0.1906	2861	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0706-2.099	0.2407	144	0.1873	2876	X-RAY DIFFRACTION	94
2.099-2.129	0.2414	161	0.1894	2859	X-RAY DIFFRACTION	94
2.129-2.1607	0.2571	157	0.1811	2958	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1607-2.1945	0.2635	144	0.1838	2943	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1945-2.2305	0.2619	165	0.18	2922	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2305-2.2689	0.2392	168	0.1703	2973	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2689-2.3101	0.2311	178	0.1687	3033	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3101-2.3546	0.2408	144	0.1737	2935	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3546-2.4026	0.2361	162	0.172	2981	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4026-2.4548	0.2278	151	0.1675	2995	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4548-2.5119	0.2475	162	0.1644	3038	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5119-2.5747	0.2326	161	0.1652	2941	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5747-2.6443	0.2033	173	0.1729	2996	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6443-2.7221	0.2184	165	0.1636	3018	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7221-2.8099	0.2442	160	0.1716	3000	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8099-2.9102	0.2496	171	0.1738	2972	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9102-3.0267	0.2324	154	0.1758	3004	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0267-3.1643	0.2236	149	0.1616	3030	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1643-3.3309	0.2159	173	0.1521	2959	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3309-3.5394	0.1819	145	0.1377	3052	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5394-3.8122	0.1591	145	0.1248	3002	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8122-4.1951	0.1395	175	0.1119	3007	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1951-4.8003	0.1326	166	0.1031	2988	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8003-6.0409	0.1564	157	0.1207	3030	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0409-31.549	0.169	165	0.1368	2980	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.273	0.0664	-0.0994	0.9359	-0.2378	1.2161	0.0232	-0.1182	0.1041	0.1264	0.053	0.2064	-0.0446	-0.0926	-0.0652	0.147	0.0271	0.0448	0.168	0.0213	0.2067	-15.0578	6.97	19.7734
2	1.1679	0.3632	-0.012	0.4561	-0.048	0.5477	-0.0093	-0.0871	-0.2559	0.0123	0.0253	-0.0049	0.0897	-0.0274	-0.0195	0.1572	0.0196	0.0088	0.1432	0.0227	0.188	1.0885	-11.4037	17.3466
3	1.1455	0.4568	-0.1493	1.481	0.0624	1.2212	0.1	-0.4536	-0.1628	0.1919	-0.0788	-0.1129	-0.0727	0.2424	-0.0072	0.2417	-0.0035	-0.0351	0.3992	0.0426	0.1926	19.824	-2.1975	34.0614
4	1.053	-0.0754	-0.0276	0.8203	0.1537	1.1623	-0.0373	0.2505	-0.088	-0.0598	0.0736	-0.0843	0.0451	0.1016	-0.0252	0.1913	-0.0237	-0.0183	0.2716	-0.0405	0.183	16.2033	-5.5001	-19.4327
5	0.4929	0.093	-0.0903	0.6023	-0.0455	0.4353	-0.0411	0.2745	0.0547	-0.1502	0.0648	0.1866	0.0274	-0.1497	-0.028	0.2264	-0.0473	-0.0558	0.3879	0.0673	0.2231	-13.4576	5.696	-26.1146
6	0.7797	0.162	-0.076	0.9176	-0.3237	0.9048	-0.0618	0.2291	-0.0892	-0.1011	0.069	0.0355	0.1372	-0.0493	-0.0117	0.2443	-0.0628	-0.0556	0.3291	-0.0285	0.1786	-13.218	-11.1661	-20.7362
7	1.0121	-0.066	0.0512	1.0573	0.0736	0.6218	-0.0488	0.4205	-0.0575	-0.2297	0.1182	-0.0463	0.2004	0.0281	-0.0231	0.2837	-0.0432	-0.0324	0.366	-0.0616	0.1815	-2.6457	-9.0427	-30.2063
8	0.8024	0.036	0.0777	0.4746	-0.0133	0.9788	-0.0305	0.1516	0.1038	-0.0207	0.0412	0.0614	-0.0768	-0.0188	-0.0194	0.1828	-0.0146	-0.0081	0.1957	0.0442	0.1816	2.5353	16.2871	-10.614
9	1.1681	0.1704	0.2825	0.351	-0.2006	1.0025	-0.0101	0.2604	0.2673	-0.1297	0.0034	0.0435	-0.3769	0.0335	0.0132	0.3217	-0.034	-0.0206	0.3046	0.1258	0.2944	4.8438	31.1437	-23.3687

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 139 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 140 through 608 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 609 through 663 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid -1 through 139 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 140 through 282 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 283 through 349 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 350 through 393 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 394 through 608 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 609 through 663 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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