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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c9c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of LpxC from Pseudomonas aeruginosa in complex with racemic ligand PT803 | ||||||
要素 | UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase | ||||||
キーワード | hydrolase/hydrolase inhibitor / inhibitor / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / LpxC / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase activity / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal structure of LpxC from Pseudomonas aeruginosa in complex with ligand PT803 著者: Delker, S.L. / Mayclin, S.J. / Phan, J.N. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6c9c.cif.gz | 137.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6c9c.ent.gz | 103.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6c9c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/6c9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/6c9c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5vwmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33562.125 Da / 分子数: 1 断片: PsaeA.00166.a.DG15,PsaeA.00166.a.DG15,PsaeA.00166.a.DG15,PsaeA.00166.a.DG15 変異: M33V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: lpxC, PA14_57260 / プラスミド: PsaeA.00166.a.DG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q02H34, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase |
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-非ポリマー , 5種, 179分子
#2: 化合物 | ChemComp-EU1 / ( | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-F64 / ( | ||
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.21 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: tray296747a A10: 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 30% (w/v) Propanol, 30% (w/v) PEG 3350 +1mM ZnCl2, 1mM BSI108453 (PT803) : Cryo = 20%EG : PsaeA.00166.a.DG15.PD00471 at 5 mg/ml, puck qcu4-1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月7日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→35.638 Å / Num. obs: 18652 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.114 % / Biso Wilson estimate: 21.34 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.964 / Net I/σ(I): 11.72 / Num. measured all: 76737 / Scaling rejects: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5VWM 解像度: 2→35.638 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→35.638 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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