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- PDB-6c8z: Last common ancestor of ADP-dependent phosphofructokinases from M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c8z
タイトルLast common ancestor of ADP-dependent phosphofructokinases from Methanosarcinales
要素ADP-dependent phosphofructokinase
キーワードTRANSFERASE / ancestral protein reconstruction / ADP-dependent sugar kinases family / glucokinase / phosphofructokinase / enzyme evolution
機能・相同性Adenosine kinase, small domain - #20 / Adenosine kinase, small domain / Ribokinase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NICKEL (II) ION
機能・相同性情報
生物種Methanosarcinales (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Castro-Fernandez, V. / Gonzalez-Ordenes, F. / Munoz, S. / Fuentes, N. / Leonardo, D. / Fuentealba, M. / Herrera-Morande, A. / Maturana, P. / Villalobos, P. / Garratt, R.
資金援助 チリ, 3件
組織認可番号国
FONDECYT1150460 チリ
Fondecyt Postdoctorado3160332 チリ
FondequipEQM 120208 チリ
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2018
タイトル: ADP-Dependent Kinases From the Archaeal OrderMethanosarcinalesAdapt to Salt by a Non-canonical Evolutionarily Conserved Strategy.
著者: Gonzalez-Ordenes, F. / Cea, P.A. / Fuentes-Ugarte, N. / Munoz, S.M. / Zamora, R.A. / Leonardo, D. / Garratt, R.C. / Castro-Fernandez, V. / Guixe, V.
履歴
登録2018年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-dependent phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3966
ポリマ－57,7691
非ポリマー6285
水724
1
A: ADP-dependent phosphofructokinase
ヘテロ分子

A: ADP-dependent phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,79312
ポリマ－115,5372
非ポリマー1,25510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3810 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area40530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.081, 75.986, 82.442
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 ADP-dependent phosphofructokinase / AncMS


分子量: 57768.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcinales (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: ADP-specific phosphofructokinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: CdCl2 0.02M, MgCl2 0.02M, NiCl2 (II) 0.02M, PEG MME 2000 24% P/V, Sodium Acetate 0.1M pH 4,5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45869 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月6日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator - Water-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→37.99 Å / Num. obs: 11662 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 73.933442823 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1307 / Rpim(I) all: 0.05537 / Net I/σ(I): 10.06
反射 シェル解像度: 2.86→2.96 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.094 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / Num. unique obs: 1156 / CC1/2: 0.656 / Rpim(I) all: 0.4625 / % possible all: 99.74

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSNov 11, 2017データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K27

5k27


解像度: 2.86→37.99 Å / SU ML: 0.455921400014 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34690588892 / 位相誤差: 26.6531581598
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238653439611 595 5.10773456949 %
Rwork0.198226870819 --
obs0.200253674607 11649 99.7516698065 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 68.8370813029 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→37.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3864 0 31 4 3899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009523497093763978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.239945952715374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.55789750278612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00657044004846686
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.98846952831496
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.859-3.14670.3403019330991500.2775443977492738X-RAY DIFFRACTION99.8962296783
3.1467-3.60180.2856838157551600.2316292485382741X-RAY DIFFRACTION99.9655410062
3.6018-4.53690.2372963181481460.1836170291572768X-RAY DIFFRACTION99.7262149213
4.5369-41.07330.1997936795481390.1793151467792807X-RAY DIFFRACTION99.4598244429

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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