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万見
- PDB-6c8u: Solution structure of Musashi2 RRM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c8u
タイトルSolution structure of Musashi2 RRM1
要素RNA-binding protein Musashi homolog 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA recognition motif
機能・相同性
機能・相同性情報


stem cell development / poly(U) RNA binding / RHOBTB2 GTPase cycle / central nervous system development / regulation of translation / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / RNA binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Musashi homologue, RNA recognition motif 2 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein Musashi homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Xing, M. / Lan, L. / Douglas, J.T. / Gao, P. / Hanzlik, R.P. / Xu, L.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA178831 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA191785 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110761 米国
Department of Defense Breast Cancer Research Program Breakthrough Level IIBC151845 米国
Kansas Bioscience Authority Rising Star Award (to LX) 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Crystal and solution structures of human oncoprotein Musashi-2 N-terminal RNA recognition motif 1.
著者: Lan, L. / Xing, M. / Kashipathy, M. / Douglas, J. / Gao, P. / Battaile, K. / Hanzlik, R. / Lovell, S. / Xu, L.
履歴
登録2018年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: RNA-binding protein Musashi homolog 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1551
ポリマ－13,1551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10820 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RNA-binding protein Musashi homolog 2 / Musashi-2


分子量: 13154.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RRM 1 domain (UNP residues 21-111) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96DH6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
1111isotropic22D 1H-15N HSQC
122isotropic13D CBCA(CO)NH
132isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1122isotropic13D (H)CCH-COSY
142isotropic13D HN(CA)CB
152isotropic13D HNCA
162isotropic13D HNCO
172isotropic13D HN(CO)CA
182isotropic13D HN(CA)CO
192isotropic13D 1H-15N NOESY
1102isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-90% 15N] MSI2-RRM1, 95% H2O/5% D2O15N_sample95% H2O/5% D2O
solution20.7 mM [U-95% 13C; U-90% 15N] MSI2-RRM1, 95% H2O/5% D2O13C_15N sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMMSI2-RRM1[U-90% 15N]1
0.7 mMMSI2-RRM1[U-95% 13C; U-90% 15N]2
試料状態イオン強度: 150 mM NaCl mM / Label: CONDITION_1 / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CcpNMRCCPNchemical shift assignment
CcpNMRCCPNpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
TopSpin2.1pl6Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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