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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c8n | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | RNA-activated 2-AIpG monomer complex, 2h soaking | |||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA / activated monomer | 機能・相同性 | Chem-EQ1 / Chem-EQ4 / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | データ登録者 | Zhang, W. / Szostak, J.W. | 資金援助 | 米国, 1件 |
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 | タイトル: Crystallographic observation of nonenzymatic RNA primer extension. 著者: Zhang, W. / Walton, T. / Li, L. / Szostak, J.W. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6c8n.cif.gz | 37.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6c8n.ent.gz | 26.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6c8n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6c8n_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6c8n_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6c8n_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6c8n_validation.cif.gz | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c8n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4858.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.01 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.040 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride, 0.080 M Sodium chloride, 0.020 M Magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 8006 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.966 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.776 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 402 / CC1/2: 0.868 / Rpim(I) all: 0.236 / Rrim(I) all: 0.617 / Χ2: 0.783 / % possible all: 47.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5dhc 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 6.213 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.205 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.258 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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