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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c8j | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | RNA-activated 2-AIpG monomer complex, 15 min soaking | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() ![]() 機能・相同性 | Chem-EQ4 / | ![]() ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Zhang, W. / Szostak, J.W. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Crystallographic observation of nonenzymatic RNA primer extension. 著者: Zhang, W. / Walton, T. / Li, L. / Szostak, J.W. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4512.804 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-EQ4 / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.040 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride, 0.080 M Sodium chloride, 0.020 M Magnesium chloride hexahydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 16980 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 1.151 / Net I/σ(I): 12.41 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 3.76 / Num. unique obs: 1761 / CC1/2: 0.918 / Rpim(I) all: 0.189 / Rrim(I) all: 0.586 / Χ2: 0.874 / % possible all: 95.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5dhc 解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.235 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.724 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.5→50 Å
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拘束条件 |
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