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- PDB-6c86: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Cryptosporidium p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c86
タイトルCrystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Cryptosporidium parvum complexed with L-Lysylsulfamoyl Adenosine
要素Lysine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / Lysine--tRNA ligase / Cryptosporidium parvum / ATP binding / aminoacylation / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-[(L-LYSYLAMINO)SULFONYL]ADENOSINE / Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Cryptosporidium parvum complexed with L-Lysylsulfamoyl Adenosine
著者: Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,46213
ポリマ－122,9182
非ポリマー1,54411
水15,187843
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11690 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area38590 Å2
手法PISA
2
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,92426
ポリマ－245,8364
非ポリマー3,08822
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area26200 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area74720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.030, 142.870, 73.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase


分子量: 61459.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (strain Iowa II) (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd4_2370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5CR27, lysine-tRNA ligase

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非ポリマー , 6種, 854分子

#2: 化合物 ChemComp-KAA / 5'-O-[(L-LYSYLAMINO)SULFONYL]ADENOSINE / 5'-O-[N-(L-LYSYL)SULFAMOYL]ADENOSINE / 5′-O-(L-リシルスルファモイル)アデノシン


分子量: 474.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N8O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 843 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: CrpaA.00612.a.A3.PW37710 @35 mg/ml, protein was incubated with 3 mM L-Lysylsulfamoyl Adenosine, then mixed 1:1 with IndexG5opt(g3): 23.41% (w/v) PEG-3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris: ...詳細: CrpaA.00612.a.A3.PW37710 @35 mg/ml, protein was incubated with 3 mM L-Lysylsulfamoyl Adenosine, then mixed 1:1 with IndexG5opt(g3): 23.41% (w/v) PEG-3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris:HCl/NaOH, pH = 7.7: cryoprotected with 20% ethylene glycol. Puck: yoz9-1, tray: 297540g3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月12日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→46.86 Å / Num. obs: 67507 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.519 % / Biso Wilson estimate: 31.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 12.64 / Num. measured all: 440089
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.15-2.216.3050.573.2949650.8630.622100
2.21-2.276.6270.4893.9647820.920.531100
2.27-2.336.5330.424.4846600.9230.457100
2.33-2.46.5320.3635.1145430.9420.395100
2.4-2.486.7950.3195.9243890.9620.346100
2.48-2.576.6660.2626.9142920.9740.285100
2.57-2.676.3980.2257.7241060.9780.245100
2.67-2.786.7570.1939.0639770.9850.20999.9
2.78-2.96.4670.15810.5738240.9890.173100
2.9-3.046.7060.12912.936770.9920.14100
3.04-3.216.7310.10415.4134880.9950.113100
3.21-3.46.3660.08718.0732850.9950.095100
3.4-3.636.6020.07221.731280.9970.07999.9
3.63-3.936.2660.06423.829060.9970.06999.9
3.93-4.36.6430.05626.3126970.9980.061100
4.3-4.816.260.05227.3724310.9980.057100
4.81-5.556.3890.05426.5221770.9980.059100
5.55-6.86.2880.05425.218550.9980.059100
6.8-9.626.1320.04629.1614590.9980.0599.7
9.62-46.865.90.03732.338660.9990.0498.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ELO

5elo


解像度: 2.15→46.86 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2039 1977 2.93 %
Rwork0.1549 --
obs0.1563 67498 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 139.28 Å2 / Biso mean: 35.8385 Å2 / Biso min: 16.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→46.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7958 0 97 850 8905
Biso mean--41.96 40.83 -
残基数----998
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.15-2.20380.25641400.194646364776
2.2038-2.26330.23021540.180545804734
2.2633-2.32990.25141460.176246024748
2.3299-2.40510.23641530.174846314784
2.4051-2.49110.24181290.168546344763
2.4911-2.59080.21841430.164346434786
2.5908-2.70870.23421660.163546254791
2.7087-2.85150.22741460.169446204766
2.8515-3.03010.21321180.165546964814
3.0301-3.26410.21971430.166146634806
3.2641-3.59240.20841300.154147024832
3.5924-4.1120.19151370.138347344871
4.112-5.17960.1511330.121147854918
5.1796-46.87110.17591390.158549705109
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.332-1.1214-0.84822.37330.18522.2218-0.1056-0.2846-0.24380.11830.0280.18840.03240.03430.0610.2455-0.0459-0.00890.25380.0280.2222-42.526513.8373-12.9683
20.91780.0492-0.23590.75820.1140.66820.0077-0.0592-0.09130.0332-0.0126-0.1340.01350.0890.00310.21510.0029-0.00880.1850.0050.1942-5.986221.8311-43.9307
31.26860.7989-0.68692.5575-1.12312.6005-0.05110.24070.0276-0.16190.09320.0629-0.2094-0.1952-0.02040.30320.0215-0.01140.34950.010.1733-13.242532.632-74.5213
40.6160.115-0.05150.5168-0.180.487-0.03090.0897-0.1521-0.0450.03970.01260.0857-0.1279-0.01230.2013-0.01340.00280.2588-0.01430.2545-37.33212.7406-43.9208
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 45 through 209 )A45 - 209
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 210 through 545 )A210 - 545
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 45 through 209 )B45 - 209
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 210 through 545 )B210 - 545

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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