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万見
- PDB-6c7l: Structure of Iron containing alcohol dehydrogenase from Thermococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c7l
タイトルStructure of Iron containing alcohol dehydrogenase from Thermococcus thioreducens in a tetragonal crystal form
要素Alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase / Iron-containing / OGL-20P
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADPH-dependent butanol dehydrogenase / Iron-type alcohol dehydrogenase-like / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus thioreducens (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Jones, J.A. / Larson, S.B. / McPherson, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2019
タイトル: The structure of an iron-containing alcohol dehydrogenase from a hyperthermophilic archaeon in two chemical states.
著者: Larson, S.B. / Jones, J.A. / McPherson, A.
履歴
登録2018年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,06223
ポリマ－41,5701
非ポリマー2,49222
水8,323462
1
A: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,12446
ポリマ－83,1402
非ポリマー4,98444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area13150 Å2
ΔGint-323 kcal/mol
Surface area27850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.304, 69.304, 166.644
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-603-

HOH

21A-642-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase


分子量: 41569.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus thioreducens (古細菌)
遺伝子: AMR53_06445, SAMN05216170_0411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Q2QQL1

-
非ポリマー , 5種, 484分子

#2: 化合物 ChemComp-ATR / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン2′-りん酸5′-二りん酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 % / 解説: tetragonal bipyramids
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.4 M NH4H2PO4, pH 4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月20日 / 詳細: osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.909→29 Å / Num. obs: 30956 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 20.7 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.909→1.93 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.673 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1343 / CC1/2: 0.647 / Rpim(I) all: 0.355 / Rrim(I) all: 0.768 / % possible all: 84.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6C76

6c76


解像度: 1.91→29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 6.414 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: Maximum Likelihood
詳細: HYDROGENS WERE GENERATED IN REFMAC AND ALLOWED TO RIDE THE ATOMS TO WHICH THEY WERE ATTACHED IN IDEAL POSITIONS EXCEPT WHERE VAN DER WAALS CONTACTS ALTERED THEIR POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18939 1997 6.5 %RANDOM
Rwork0.13668 ---
obs0.14011 28792 94.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: Babinet Model with mask
原子変位パラメータBiso mean: 42.895 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.13 Å2-0 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.91→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2926 0 138 462 3526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193378
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1222.0284616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67937778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2585425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22523.475141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.11815628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7791525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02713
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.22612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1720.26562
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.23140
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.23356
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0450.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2780.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1740.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2223.1191570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.223.1161569
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0334.6671976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0344.671977
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4253.8611808
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4243.8651809
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2355.6172617
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2345.6212618
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.38929.0444315
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.38829.0614316
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.909→1.959 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 127 -
Rwork0.286 1774 -
obs--80.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.14020.10070.0040.1576-0.10860.75490.04320.0059-0.0747-0.00680.00870.00660.0861-0.0159-0.05190.072-0.0062-0.05850.02650.0010.0863-6.7881-31.4652-3.0062
20.20640.0331-0.16060.8025-0.20930.5710.06190.0319-0.0441-0.077-0.0494-0.1373-0.0630.026-0.01250.0384-0.01150.00160.08560.00940.07046.5261-11.8891-13.9998
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2A183 - 378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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