PDB-6c75: Structure of Iron containing alcohol dehydrogenase from Thermococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c75

タイトル

Structure of Iron containing alcohol dehydrogenase from Thermococcus thioreducens in a monoclinic crystal form

要素

Alcohol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase / Iron-containing / OGL-20P

機能・相同性

機能・相同性情報

alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus thioreducens (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Larson, S.B. / McPherson, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2019
タイトル: The structure of an iron-containing alcohol dehydrogenase from a hyperthermophilic archaeon in two chemical states.
著者: Larson, S.B. / Jones, J.A. / McPherson, A.

履歴

登録	2018年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c75.cif.gz	591.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c75.ent.gz	489.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c75.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6c75_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c75_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6c75_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	6c75_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/6c75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/6c75	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c76C 6c7lC 1o2dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6c76-d 6c7l-1 1oj7-1 6hk3-d 3dip-d 1vhd-d 4j1r-6 3qn3-2 4j7h-2 5yvs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alcohol dehydrogenase

B: Alcohol dehydrogenase

ヘテロ分子

84.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.125, 99.248, 67.487
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Alcohol dehydrogenase 分子量: 41569.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus thioreducens (古細菌) 遺伝子: AMR53_06445, SAMN05216170_0411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Q2QQL1
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-ATR / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン2′-りん酸5′-二りん酸分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1 M Sodium acetate, 8% PEG 4000, pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月11日 / 詳細: Osmic mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→49.61 Å / Num. obs: 23385 / % possible obs: 79 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 48.6 Å² / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.234 / R_pim(I) all: 0.092 / R_rim(I) all: 0.253 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.749 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 677 / CC_1/2: 0.368 / R_pim(I) all: 0.646 / R_rim(I) all: 0.993 / % possible all: 22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
MOSFLM	7.1.0	データ削減
Aimless	0.5.1	データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1O2D

1o2d

解像度: 2.4→49.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 21.131 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: Maximum Likelihood
詳細: HYDROGENS WERE GENERATED BY REFMAC5 AND KEPT IN POSITION BY RIDING ON THE ATOMS TO WHICH THEY WERE ATTACHED UNLESS MOVED TO RELIEVE VAN DER WAALS CONTACTS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2081	1150	4.9 %	RANDOM
R_work	0.14311	-	-	-
obs	0.14636	22218	78.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: Babinet model with mask

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.6 Å²	-0 Å²	2.47 Å²
2-	-	-0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→49.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5852	0	80	167	6099

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.019	6065
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	6009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.615	2.003	8224
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.496	3	13750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.983	5	754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.97	23.417	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.673	15	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.353	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.04	0.2	918
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	6668
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	11330
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	5910
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	5660
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	186
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.034	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.266	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.231	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.085	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.603	4.973	3022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.603	4.971	3021
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.413	7.451	3774
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.412	7.453	3775
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.706	5.856	3043
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.701	5.852	3035
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.514	8.495	4450
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.508	8.488	4438
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.804	41.058	6828
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.807	41.016	6802
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.403→2.465 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	21	-
R_work	0.298	402	-
obs	-	-	19.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3247	0.0461	0.0038	0.6874	-0.1897	1.0665	-0.1085	0.0128	0.0289	-0.005	0.1243	0.0368	0.0691	0.2177	-0.0158	0.1499	0.0079	-0.0278	0.1416	-0.0072	0.0354	18.3178	68.8589	6.3504
2	0.4791	-0.1639	-0.3862	0.3512	-0.0028	0.6254	-0.1332	0.0896	-0.1229	0.0576	0.0423	0.1433	0.0326	0.0293	0.0909	0.1465	-0.0146	-0.0227	0.1288	-0.0092	0.1018	-2.2278	54.5693	8.9515
3	0.3203	-0.2113	-0.4684	0.7151	0.1444	0.9265	0.0856	-0.1598	0.0504	-0.0431	0.0754	0.0884	-0.0523	0.2674	-0.1609	0.1251	-0.0146	-0.0124	0.1622	-0.0562	0.052	7.3246	85.5518	35.8304
4	0.7174	-0.0357	-0.389	0.9511	-0.1017	0.7614	0.0135	0.0487	0.0825	-0.0201	-0.0498	0.2088	-0.0604	0.0451	0.0363	0.1069	0.0009	-0.0758	0.0691	-0.0062	0.146	-15.1123	88.5995	22.815
5	0.4446	-0.3803	1.4958	7.9696	1.0002	5.7485	0.0138	-0.0934	-0.0052	0.2037	0.0099	-0.0095	0.1833	-0.4019	-0.0237	0.2463	-0.0276	-0.0203	0.1766	-0.0154	0.0067	9.9883	62.0596	0.0923
6	11.7428	-3.3848	-0.2423	0.9767	0.0716	0.0078	-0.0452	-0.2429	0.2446	0.001	0.0567	-0.0735	-0.0148	-0.0166	-0.0114	0.3524	-0.0092	0.0168	0.2854	0.007	0.0644	-6.6625	84.9889	41.4546

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 182
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	183 - 378
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	183 - 378
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	402
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1800

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