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- PDB-6c6r: Human Squalene Epoxidase (SQLE, Squalene Monooxygenase) structure... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c6r
タイトルHuman Squalene Epoxidase (SQLE, Squalene Monooxygenase) structure with FAD
要素Squalene monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Cholesterol Synthesis Pathway / SQLE / ERG1 / FAD-dependent Monooxygenase / Complex / FLAVOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


squalene monooxygenase / squalene monooxygenase activity / lipid droplet formation / sterol biosynthetic process / Cholesterol biosynthesis / cholesterol metabolic process / FAD binding / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle ...squalene monooxygenase / squalene monooxygenase activity / lipid droplet formation / sterol biosynthetic process / Cholesterol biosynthesis / cholesterol metabolic process / FAD binding / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
Squalene epoxidase / Squalene monooxygenase / Squalene epoxidase / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Squalene monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Padyana, A.K. / Jin, L.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure and inhibition mechanism of the catalytic domain of human squalene epoxidase.
著者: Padyana, A.K. / Gross, S. / Jin, L. / Cianchetta, G. / Narayanaswamy, R. / Wang, F. / Wang, R. / Fang, C. / Lv, X. / Biller, S.A. / Dang, L. / Mahoney, C.E. / Nagaraja, N. / Pirman, D. / Sui, ...著者: Padyana, A.K. / Gross, S. / Jin, L. / Cianchetta, G. / Narayanaswamy, R. / Wang, F. / Wang, R. / Fang, C. / Lv, X. / Biller, S.A. / Dang, L. / Mahoney, C.E. / Nagaraja, N. / Pirman, D. / Sui, Z. / Popovici-Muller, J. / Smolen, G.A.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A chemical biology screen identifies a vulnerability of neuroendocrine cancer cells to SQLE inhibition.
著者: Mahoney, C.E. / Pirman, D. / Chubukov, V. / Sleger, T. / Hayes, S. / Fan, Z.P. / Allen, E.L. / Chen, Y. / Huang, L. / Liu, M. / Zhang, Y. / McDonald, G. / Narayanaswamy, R. / Choe, S. / Chen, ...著者: Mahoney, C.E. / Pirman, D. / Chubukov, V. / Sleger, T. / Hayes, S. / Fan, Z.P. / Allen, E.L. / Chen, Y. / Huang, L. / Liu, M. / Zhang, Y. / McDonald, G. / Narayanaswamy, R. / Choe, S. / Chen, Y. / Gross, S. / Cianchetta, G. / Padyana, A.K. / Murray, S. / Liu, W. / Marks, K.M. / Murtie, J. / Dorsch, M. / Jin, S. / Nagaraja, N. / Biller, S.A. / Roddy, T. / Popovici-Muller, J. / Smolen, G.A.
履歴
登録2018年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Squalene monooxygenase
B: Squalene monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,87913
ポリマ－101,7922
非ポリマー6,08711
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10460 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area35480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.390, 126.390, 166.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Squalene monooxygenase / Squalene epoxidase / SE


分子量: 50895.770 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 118-574 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SQLE, ERG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14534, squalene monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M tri-Sodium citrate pH 5.6, 15 %(w/v) PEG 4000, 0.02 M Hexammine cobalt(III) chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月2日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled double flat crystal Si(III)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→109.457 Å / Num. all: 31176 / Num. obs: 31176 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.133 / Rsym value: 0.124 / Net I/av σ(I): 5.2 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 230183
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
3-3.166.10.6881.144710.2910.750.68899.2
3.16-3.356.30.4231.842030.1780.460.42399.8
3.35-3.596.70.2632.840350.1080.2850.26399.9
3.59-3.877.30.1823.937420.0720.1960.182100
3.87-4.2480.1394.934690.0520.1490.139100
4.24-4.748.30.1165.731500.0430.1230.116100
4.74-5.4880.0966.627850.0360.1020.09699.8
5.48-6.718.50.1046.123830.0370.110.104100
6.71-9.4990.069.418720.0210.0640.06100
9.49-38.9128.50.04411.910660.0160.0470.04498.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→38.912 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 1534 4.93 %RANDOM
Rwork0.1902 ---
obs0.193 31145 99.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→38.912 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7060 0 315 58 7433
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67710318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.844551
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461186
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051259
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0002-3.0970.34121310.27892619X-RAY DIFFRACTION99
3.097-3.20760.3551300.27882673X-RAY DIFFRACTION100
3.2076-3.3360.30181660.25492615X-RAY DIFFRACTION100
3.336-3.48770.31400.23552662X-RAY DIFFRACTION100
3.4877-3.67140.27391480.2112662X-RAY DIFFRACTION100
3.6714-3.90130.2791120.20072699X-RAY DIFFRACTION100
3.9013-4.20220.25181270.17732708X-RAY DIFFRACTION100
4.2022-4.62440.20981830.15922642X-RAY DIFFRACTION100
4.6244-5.29220.21131260.15592725X-RAY DIFFRACTION100
5.2922-6.66210.22461360.18142740X-RAY DIFFRACTION100
6.6621-38.91540.21211350.16422866X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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