PDB-6c6n: Human squalene epoxidase (SQLE, squalene monooxygenase) structure...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c6n

タイトル

Human squalene epoxidase (SQLE, squalene monooxygenase) structure with FAD and Cmpd-4"

要素

Squalene monooxygenase

キーワード

FLAVOPROTEIN/INHIBITOR / Cholesterol Synthesis Pathway / SQLE / ERG1 / FAD-dependent Monooxygenase / Squalene hydroxylase / Squalene-2 / 3-epoxidase / FLAVOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / FLAVOPROTEIN-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

squalene monooxygenase / squalene monooxygenase activity / lipid droplet formation / sterol biosynthetic process / Cholesterol biosynthesis / ergosterol biosynthetic process / cholesterol metabolic process / FAD binding / : / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Padyana, A.K. / Jin, L.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure and inhibition mechanism of the catalytic domain of human squalene epoxidase.
著者: Padyana, A.K. / Gross, S. / Jin, L. / Cianchetta, G. / Narayanaswamy, R. / Wang, F. / Wang, R. / Fang, C. / Lv, X. / Biller, S.A. / Dang, L. / Mahoney, C.E. / Nagaraja, N. / Pirman, D. / Sui, ...

履歴

登録	2018年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c6n.cif.gz	206.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c6n.ent.gz	161.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c6n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6c6n_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c6n_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6c6n_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	6c6n_validation.cif.gz	48 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/6c6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/6c6n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c6pC 6c6rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6c6p-d 0915 1h9b-1 4lds-d 0927 6c6r-d 3nk2-1 4ojm-1 3nho-1 5i4b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Squalene monooxygenase

B: Squalene monooxygenase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.960, 126.960, 166.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Squalene monooxygenase / Squalene epoxidase / SE 分子量: 50895.770 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 118-574 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SQLE, ERG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14534, squalene monooxygenase

-
非ポリマー , 6種, 196分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS 分子量: 614.877 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₅₈N₂O₇S / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EKV / N-[(3-{[dimethyl(2-methylphenyl)silyl]methoxy}phenyl)methyl]-N-ethyl-6-methoxy-6-methylhepta-2,4-diyn-1-amine 分子量: 447.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₇NO₂Si
#6: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 15-18 %(w/v) PEG 4000, 0.02 M hexammine cobalt(III) chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97941 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月17日

放射

モノクロメーター: Cryo-cooled double flat crystal Si (III)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97941 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→109.951 Å / Num. all: 68439 / Num. obs: 68439 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.2 % / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.09 / R_sym value: 0.082 / Net I/av σ(I): 6.7 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 355239

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
2.3-2.42	5.3	0.555	1.4	9925	0.249	0.614	0.555	99.6
2.42-2.57	5.3	0.392	1.9	9436	0.175	0.433	0.392	99.6
2.57-2.75	5.3	0.255	2.9	8842	0.113	0.282	0.255	99
2.75-2.97	5.3	0.162	4.5	8194	0.072	0.179	0.162	98.8
2.97-3.25	5.1	0.109	6.4	7655	0.048	0.12	0.109	99.6
3.25-3.64	5	0.069	9.1	6890	0.032	0.077	0.069	99.2
3.64-4.2	4.9	0.058	10.5	6172	0.027	0.065	0.058	100
4.2-5.14	5.4	0.052	11.4	5238	0.024	0.058	0.052	99.9
5.14-7.27	5.3	0.053	10.8	4098	0.023	0.058	0.053	99.6
7.27-37.165	4.8	0.048	12.6	1989	0.023	0.054	0.048	84.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
MOSFLM		データ削減
AutoSol		位相決定

精密化

解像度: 2.3→37.165 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2201	3349	4.9 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
obs	0.1905	68379	98.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.165 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7052	0	401	179	7632

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7653
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.571	10433
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.398	4575
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1186
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1264

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3329	0.2937	141	0.2415	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3329-2.3677	0.2587	142	0.2235	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3677-2.4047	0.2591	169	0.2102	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4047-2.4441	0.2747	127	0.2202	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4441-2.4862	0.2548	155	0.22	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4862-2.5314	0.2928	131	0.2199	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5314-2.5801	0.2751	137	0.2101	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5801-2.6327	0.2259	134	0.2106	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6327-2.69	0.2873	151	0.2136	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
2.69-2.7525	0.2617	121	0.2181	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7525-2.8213	0.2613	122	0.2226	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8213-2.8976	0.2946	111	0.225	2665	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8976-2.9828	0.2926	135	0.2248	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9828-3.0791	0.2533	111	0.2295	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0791-3.189	0.2562	136	0.2353	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
3.189-3.3167	0.2664	156	0.2267	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3167-3.4675	0.2518	160	0.2153	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4675-3.6502	0.2331	136	0.1888	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6502-3.8786	0.2154	141	0.1836	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8786-4.1777	0.1733	171	0.1613	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1777-4.5975	0.1647	124	0.1528	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5975-5.2611	0.1764	168	0.1443	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2611-6.6224	0.184	136	0.1709	2794	X-RAY DIFFRACTION	99
6.6224-37.17	0.1902	134	0.1617	2579	X-RAY DIFFRACTION	88

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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