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万見
- PDB-6c64: Crystal Structure of the Mango-II Fluorescent Aptamer Bound to TO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c64
タイトルCrystal Structure of the Mango-II Fluorescent Aptamer Bound to TO3-Biotin
要素
  • RNA (32-MER)
  • RNA (36-MER)
キーワードRNA / Fluorescent / Aptamer / G-quadruplex
機能・相同性Chem-EKM / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.00014879601 Å
データ登録者Trachman, R.J. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures of the Mango-II RNA Aptamer Reveal Heterogeneous Fluorophore Binding and Guide Engineering of Variants with Improved Selectivity and Brightness.
著者: Trachman 3rd., R.J. / Abdolahzadeh, A. / Andreoni, A. / Cojocaru, R. / Knutson, J.R. / Ryckelynck, M. / Unrau, P.J. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2018年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (36-MER)
B: RNA (36-MER)
D: RNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,48613
ポリマ－34,5083
非ポリマー97810
水00
1
A: RNA (36-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3865
ポリマ－11,9361
非ポリマー4504
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (36-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3865
ポリマ－11,9361
非ポリマー4504
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: RNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7143
ポリマ－10,6361
非ポリマー782
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.098, 181.764, 108.289
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-104-

K

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要素

#1: RNA鎖 RNA (36-MER)


分子量: 11936.274 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA was in vitro transcribed / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA (32-MER)


分子量: 10635.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA was in vitro transcribed / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-EKM / 1-methyl-4-[(1E)-3-(3-methyl-1,3-benzothiazol-3-ium-2-yl)prop-1-en-1-yl]quinolin-1-ium


分子量: 332.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20N2S
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 % / 解説: cubic
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 2.45 M Ammonium Formate, 12.5% glycerol, 3% sorbitol
PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→46.52 Å / Num. obs: 7735 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 58.7167495741 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 3→3.19 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1268 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6C63

6c63


解像度: 3.00014879601→46.5151662692 Å / SU ML: 0.359376037971 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34562114754 / 位相誤差: 23.9164508394
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255076205615 776 10.0323206206 %random selection
Rwork0.189856262024 ---
obs0.196349464513 7735 99.7421018698 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 57.3830391657 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.00014879601→46.5151662692 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2281 56 0 2337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005759842449032624
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.199615704624096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0538579029803518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00710507899163108
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.52443447091241
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0001-3.18810.2702425817741280.2394996414261140X-RAY DIFFRACTION99.6855345912
3.1881-3.43420.2861322668411260.1905329436481131X-RAY DIFFRACTION99.5249406176
3.4342-3.77960.2682698036931260.2054915695231130X-RAY DIFFRACTION99.3670886076
3.7796-4.32620.2548744542291280.1991181169021150X-RAY DIFFRACTION100
4.3262-5.44920.236301716241310.1851676126181174X-RAY DIFFRACTION100
5.4492-46.52070.2474428578641370.1697246153261234X-RAY DIFFRACTION99.8543335761

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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