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- PDB-6c59: Chimeric Pol kappa RIR Rev1 C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c59
タイトルChimeric Pol kappa RIR Rev1 C-terminal domain
要素Chimeric Pol kappa RIR Rev1 C-terminal domain
キーワードREPLICATION (DNA複製) / translesion synthesis (DNA修復) / DNA damage tolerance
機能・相同性
機能・相同性情報


Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Termination of translesion DNA synthesis / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / deoxycytidyl transferase activity ...Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Termination of translesion DNA synthesis / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / deoxycytidyl transferase activity / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / error-free translesion synthesis / site of DNA damage / error-prone translesion synthesis / response to UV / cellular response to UV / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA複製 / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / molecular adaptor activity / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear body / DNA修復 / DNA damage response / 核質 / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein Rev1, C-terminal domain / DNA repair protein Rev1, C-terminal / Rev1, C-terminal domain superfamily / : / DNA repair protein REV1 C-terminal domain / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / Rad18-like CCHC zinc finger / DNA repair protein Rev1 / DNA polymerase IV ...DNA repair protein Rev1, C-terminal domain / DNA repair protein Rev1, C-terminal / Rev1, C-terminal domain superfamily / : / DNA repair protein REV1 C-terminal domain / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / Rad18-like CCHC zinc finger / DNA repair protein Rev1 / DNA polymerase IV / DNApol eta/Rev1, HhH motif / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / DNA repair protein REV1 / DNA polymerase kappa
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Wojtaszek, J.L. / Zhou, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA191448 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: A Small Molecule Targeting Mutagenic Translesion Synthesis Improves Chemotherapy.
著者: Wojtaszek, J.L. / Chatterjee, N. / Najeeb, J. / Ramos, A. / Lee, M. / Bian, K. / Xue, J.Y. / Fenton, B.A. / Park, H. / Li, D. / Hemann, M.T. / Hong, J. / Walker, G.C. / Zhou, P.
履歴
登録2018年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimeric Pol kappa RIR Rev1 C-terminal domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8272
ポリマ－13,7681
非ポリマー591
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.220, 47.220, 89.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-333-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Chimeric Pol kappa RIR Rev1 C-terminal domain / DINB protein / DINP / Rev1-like terminal deoxycytidyl transferase


分子量: 13767.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Polk, Dinb1, Rev1, Rev1l / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9QUG2, UniProt: Q920Q2, DNAポリメラーゼ, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: HEPES pH 7.2, KCl, CHAPS, TCEP, sodium acetate, PEG 4000, isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→41.773 Å / Num. obs: 7068 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15 % / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.34 / Num. unique obs: 503 / Rrim(I) all: 0.873

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FJO

4fjo


解像度: 2.03→33.39 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2187 332 4.73 %
Rwork0.1845 --
obs0.1862 7025 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→33.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数872 0 4 70 946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007889
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7291196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.346543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005151
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0301-2.55760.24741680.19023242X-RAY DIFFRACTION100
2.5576-33.39410.20611640.18233451X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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