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- PDB-6c46: Crystal structure of dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase from El... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c46
タイトルCrystal structure of dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase from Elizabethkingia anophelis NUHP1
要素dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
キーワードISOMERASE / SSGCID / Structural Genomics / Elizabethkingia anophelis / dTDP-4-dehydrorhamnose 3 / 5-epimerase / BD94_3275 / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


: / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase from Elizabethkingia anophelis NUHP1
著者: Abendroth, J. / Delker, S.L. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
B: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
C: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
D: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
E: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5247
ポリマ－109,4435
非ポリマー802
水15,961886
1
A: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
B: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8173
ポリマ－43,7772
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area16570 Å2
手法PISA
2
C: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
D: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8173
ポリマ－43,7772
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area16830 Å2
手法PISA
3
E: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase

E: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7772
ポリマ－43,7772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2360 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.340, 62.240, 131.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-391-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -1 through 14 or resid 16...
21(chain B and (resid -1 through 14 or resid 16...
31(chain C and (resid -1 through 14 or resid 16...
41(chain D and ((resid -1 and (name N or name...
51(chain E and (resid -1 through 14 or resid 16...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISILEILE(chain A and (resid -1 through 14 or resid 16...AA-1 - 147 - 22
12PROPROPROPRO(chain A and (resid -1 through 14 or resid 16...AA1624
13VALVALGLUGLU(chain A and (resid -1 through 14 or resid 16...AA18 - 2026 - 28
14ASPASPASPASP(chain A and (resid -1 through 14 or resid 16...AA2129
15HISHISCACA(chain A and (resid -1 through 14 or resid 16...AA - F-1 - 2007
16HISHISCACA(chain A and (resid -1 through 14 or resid 16...AA - F-1 - 2007
17HISHISCACA(chain A and (resid -1 through 14 or resid 16...AA - F-1 - 2007
18HISHISCACA(chain A and (resid -1 through 14 or resid 16...AA - F-1 - 2007
21HISHISILEILE(chain B and (resid -1 through 14 or resid 16...BB-1 - 147 - 22
22PROPROPROPRO(chain B and (resid -1 through 14 or resid 16...BB1624
23VALVALPHEPHE(chain B and (resid -1 through 14 or resid 16...BB18 - 1926 - 27
24GLUGLUASPASP(chain B and (resid -1 through 14 or resid 16...BB20 - 2128 - 29
25HISHISTYRTYR(chain B and (resid -1 through 14 or resid 16...BB-1 - 1817 - 189
26HISHISTYRTYR(chain B and (resid -1 through 14 or resid 16...BB-1 - 1817 - 189
27HISHISTYRTYR(chain B and (resid -1 through 14 or resid 16...BB-1 - 1817 - 189
28HISHISTYRTYR(chain B and (resid -1 through 14 or resid 16...BB-1 - 1817 - 189
31HISHISILEILE(chain C and (resid -1 through 14 or resid 16...CC-1 - 147 - 22
32PROPROPROPRO(chain C and (resid -1 through 14 or resid 16...CC1624
33VALVALPHEPHE(chain C and (resid -1 through 14 or resid 16...CC18 - 1926 - 27
34GLUGLUARGARG(chain C and (resid -1 through 14 or resid 16...CC20 - 2328 - 31
35HISHISTYRTYR(chain C and (resid -1 through 14 or resid 16...CC-1 - 1817 - 189
36HISHISTYRTYR(chain C and (resid -1 through 14 or resid 16...CC-1 - 1817 - 189
37HISHISTYRTYR(chain C and (resid -1 through 14 or resid 16...CC-1 - 1817 - 189
38HISHISTYRTYR(chain C and (resid -1 through 14 or resid 16...CC-1 - 1817 - 189
41HISHISHISHIS(chain D and ((resid -1 and (name N or name...DD-17
42HISHISCACA(chain D and ((resid -1 and (name N or name...DD - G-1 - 2007
43HISHISCACA(chain D and ((resid -1 and (name N or name...DD - G-1 - 2007
44HISHISCACA(chain D and ((resid -1 and (name N or name...DD - G-1 - 2007
45HISHISCACA(chain D and ((resid -1 and (name N or name...DD - G-1 - 2007
51HISHISILEILE(chain E and (resid -1 through 14 or resid 16...EE-1 - 147 - 22
52PROPROPROPRO(chain E and (resid -1 through 14 or resid 16...EE1624
53VALVALPHEPHE(chain E and (resid -1 through 14 or resid 16...EE18 - 1926 - 27
54GLUGLUASPASP(chain E and (resid -1 through 14 or resid 16...EE20 - 2128 - 29
55HISHISTYRTYR(chain E and (resid -1 through 14 or resid 16...EE-1 - 1817 - 189
56HISHISTYRTYR(chain E and (resid -1 through 14 or resid 16...EE-1 - 1817 - 189
57HISHISTYRTYR(chain E and (resid -1 through 14 or resid 16...EE-1 - 1817 - 189
58HISHISTYRTYR(chain E and (resid -1 through 14 or resid 16...EE-1 - 1817 - 189

-
要素

#1: タンパク質
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3 / 5-epimerase


分子量: 21888.670 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
遺伝子: BD94_3275 / プラスミド: ElanA.18372.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A077ENB9, dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 886 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22.4 mg/mL ElanA.18372.a.B1 with Molecular Dimensions Morpheus screen A2 (10% w/v PEG20000, 20% v/v PEG550 MME, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 100 mM MES/imidazole, pH 6.5) ...詳細: 22.4 mg/mL ElanA.18372.a.B1 with Molecular Dimensions Morpheus screen A2 (10% w/v PEG20000, 20% v/v PEG550 MME, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 100 mM MES/imidazole, pH 6.5), cryoprotection: direct, tray 296494 A2, puck esb5-10.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40.032 Å / Num. obs: 77001 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 12.893 % / Biso Wilson estimate: 23.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.038 / Net I/σ(I): 23.01
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.95-27.930.5363.8752480.9030.57389.8
2-2.069.080.4285.3152670.940.45492.5
2.06-2.129.7950.3357.1352480.9570.35395.1
2.12-2.1810.7380.288.9752140.9760.29496.7
2.18-2.2511.3690.24810.3250290.9820.2696.9
2.25-2.3312.1490.22711.6749120.9880.23797.4
2.33-2.4213.5390.20913.2647350.9920.21797.6
2.42-2.5215.0530.18915.2946120.9950.19697.9
2.52-2.6315.0570.15617.8844220.9960.16298.1
2.63-2.7615.0620.13420.0241880.9970.13998.4
2.76-2.9115.0340.11223.4340710.9980.11698.5
2.91-3.0815.0470.08929.138300.9990.09298.9
3.08-3.314.9530.06837.9336300.9990.07199
3.3-3.5614.8040.0643.8833570.9990.06299.2
3.56-3.914.5640.04853.6331270.9990.04999.3
3.9-4.3614.5910.04357.83283410.04499.5
4.36-5.0314.5670.03860.24253010.03999.7
5.03-6.1714.9110.04750.6421250.9990.04899.8
6.17-8.7214.6940.04253.4516760.9990.04499.6
8.72-40.03213.7540.03264.3394610.03398.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1DZR

1dzr


解像度: 1.95→40.032 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.17
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 1937 2.52 %0
Rwork0.1603 ---
obs0.1613 76974 97.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.22 Å2 / Biso mean: 30.9219 Å2 / Biso min: 4.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→40.032 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7250 0 2 900 8152
Biso mean--19.69 38.5 -
残基数----914
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3801X-RAY DIFFRACTION6.565TORSIONAL
12B3801X-RAY DIFFRACTION6.565TORSIONAL
13C3801X-RAY DIFFRACTION6.565TORSIONAL
14D3801X-RAY DIFFRACTION6.565TORSIONAL
15E3801X-RAY DIFFRACTION6.565TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-1.99880.22891420.20064907504990
1.9988-2.05280.25691330.18495085521892
2.0528-2.11320.20951330.17565194532795
2.1132-2.18140.18981390.16665322546197
2.1814-2.25940.24451400.16865311545197
2.2594-2.34990.2231230.16715358548197
2.3499-2.45680.22321500.17025390554098
2.4568-2.58630.21911470.17115389553698
2.5863-2.74830.21131280.17225421554998
2.7483-2.96040.19691520.16845444559699
2.9604-3.25820.21241420.16525454559699
3.2582-3.72940.19541180.14785521563999
3.7294-4.69750.1711440.131655645708100
4.6975-40.04030.19291460.163456775823100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3067-0.02280.0331.5973-0.04772.1998-0.0565-0.29960.19970.27490.0644-0.0529-0.22170.0098-0.01060.19050.03820.00660.2184-0.01830.132214.6581.012647.6053
23.1466-0.6256-0.31391.9883-0.04872.24290.15110.4289-0.436-0.229-0.09110.22820.0892-0.0119-0.06470.1660.0379-0.00920.3269-0.05690.254-16.6217-9.383749.2469
31.6224-0.01380.03271.0673-0.36351.4128-0.0608-0.03740.1814-0.02210.0507-0.0048-0.1528-0.0420.01010.12750.00860.01450.108-0.00310.133140.5164-0.659211.4382
41.954-0.00410.05251.5488-0.12431.82580.0574-0.1297-0.02850.1286-0.0823-0.12540.02010.05590.030.1237-0.01280.01780.11250.01430.135465.2017-14.257315.6067
52.4351-0.12520.48191.69420.00942.31710.1229-0.0999-0.30360.08340.0720.03130.29010.0102-0.13630.14930.0043-0.01670.13740.02070.165722.9147-20.635631.0398
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'D' and resid -1 through 181)D-1 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'E' and resid -1 through 181)E-1 - 181
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and resid -1 through 181)A-1 - 181
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'B' and resid -1 through 181)B-1 - 181
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'C' and resid -1 through 181)C-1 - 181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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