PDB-6c3r: Cricket paralysis virus RNAi suppressor protein CrPV-1A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c3r

タイトル

Cricket paralysis virus RNAi suppressor protein CrPV-1A

要素

Cricket paralysis virus 1A protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / RNAi inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of endoribonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / endoribonuclease inhibitor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / protein ubiquitination / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricket paralysis virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Nayak, A. / Kim, D.Y. / Andino, R. / Gross, J.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI36178, AI40085	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	P01 AI091575	米国
Department of Defense (DOD, United States)	DARPA Prophecy	米国

引用

ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2018
タイトル: A Viral Protein Restricts Drosophila RNAi Immunity by Regulating Argonaute Activity and Stability.
著者: Nayak, A. / Kim, D.Y. / Trnka, M.J. / Kerr, C.H. / Lidsky, P.V. / Stanley, D.J. / Rivera, B.M. / Li, K.H. / Burlingame, A.L. / Jan, E. / Frydman, J. / Gross, J.D. / Andino, R.

履歴

登録	2018年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c3r.cif.gz	97.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c3r.ent.gz	79 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c3r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6c3r_validation.pdf.gz	431.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c3r_full_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示
XML形式データ	6c3r_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	6c3r_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c3r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6tme-1 3t7u-2 6nwm-d 4p91-d 6xwg-d 6fmh-3 6nwo-1 5o0k-1 3t7u-1 5ihw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Cricket paralysis virus 1A protein

B: Cricket paralysis virus 1A protein

33.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.854, 52.117, 111.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cricket paralysis virus 1A protein 分子量: 16791.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cricket paralysis virus (ウイルス) 遺伝子: ORF1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9IJX4, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, RNA-directed RNA polymerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Cricket paralysis virus 1A protein

分子量: 16791.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cricket paralysis virus (ウイルス)
遺伝子: ORF1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9IJX4, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, RNA-directed RNA polymerase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.13 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: PEG 3350 Lithium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97943 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年12月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97943 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 9872 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 1.475 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.64	4.8	0.917	479	1.288	1	100
2.64-2.69	4.8	0.778	470	1.34	1	100
2.69-2.74	4.7	0.706	494	1.361	1	100
2.74-2.8	4.7	0.619	471	1.477	1	100
2.8-2.86	4.8	0.569	481	1.484	1	100
2.86-2.93	4.7	0.426	495	1.475	1	100
2.93-3	4.7	0.328	469	1.501	1	100
3-3.08	4.7	0.279	506	1.441	1	100
3.08-3.17	4.8	0.234	470	1.486	1	100
3.17-3.28	4.8	0.186	489	1.44	1	100
3.28-3.39	4.7	0.135	472	1.47	1	100
3.39-3.53	4.7	0.101	512	1.342	1	100
3.53-3.69	4.7	0.086	490	1.432	1	100
3.69-3.88	4.7	0.063	477	1.346	1	100
3.88-4.12	4.7	0.056	506	1.334	1	100
4.12-4.44	4.7	0.045	490	1.539	1	100
4.44-4.89	4.6	0.041	508	1.718	1	100
4.89-5.59	4.5	0.046	509	2.008	1	100
5.59-7.03	4.3	0.043	515	1.649	1	100
7.03-30	4.2	0.025	569	1.39	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0107	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 30.619 / SU ML: 0.292 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.376
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2798	467	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2189	-	-	-
obs	0.2218	9252	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 144.83 Å² / B_iso mean: 57.688 Å² / B_iso min: 22.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.86 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2362	0	0	25	2387
B_iso mean	-	-	-	39.43	-
残基数	-	-	-	-	282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.319	1.934	3278
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.913	3	5024
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.587	5	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.631	24.143	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.051	15	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.727	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2780
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	636

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	35	-
R_work	0.292	638	-
all	-	673	-
obs	-	-	99.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 52.7523 Å / Origin y: -9.3304 Å / Origin z: 59.4187 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0242 Å²	-0.0179 Å²	0.0194 Å²	-	0.131 Å²	-0.0158 Å²	-	-	0.0622 Å²
L	0.3425 °²	-0.3023 °²	0.3744 °²	-	1.317 °²	-1.273 °²	-	-	1.5073 °²
S	0.0193 Å °	0.1062 Å °	-0.0317 Å °	0.0967 Å °	-0.0394 Å °	0.0832 Å °	-0.0768 Å °	0.1336 Å °	0.0201 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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