PDB-6c3b: O2-, PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase RohP Holoenzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c3b

タイトル

O2-, PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase RohP Holoenzyme

要素

Uncharacterized protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / O2- / PLP-dependent L-arginine hydroxylase

機能・相同性

biosynthetic process / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / pyridoxal phosphate binding / TRIETHYLENE GLYCOL / Aminotransferase class I/classII large domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces cattleya (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Hedges, J.B. / Ryan, K.S.

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Snapshots of the Catalytic Cycle of an O2, Pyridoxal Phosphate-Dependent Hydroxylase.
著者: Hedges, J.B. / Kuatsjah, E. / Du, Y.L. / Eltis, L.D. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2018年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c3b.cif.gz	329.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c3b.ent.gz	264.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c3b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c3b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6c3aC 6c3cC 6c3dC 5dj1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6c3c-d 6c3d-d 2yob-d 5dj1-1 5luc-4 3qgu-d 3kgw-d 6oxm-d 3ei5-d 4i8a-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

96.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.380, 112.410, 102.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.770, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-668- HOH
2	1	B-845- HOH
3	1	B-929- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 47511.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces cattleya (strain ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057) (バクテリア) 株: ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057 遺伝子: SCATT_03970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8WNK6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 828 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium malonate pH 7, 16-20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.51→56.69 Å / Num. obs: 139369 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 14.15 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 9.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 4 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.51-1.54	0.779	6931	0.66	0.44	0.898	99.9
8.27-56.69	0.036		0.996	0.021	0.042	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
Aimless	0.5.23	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DJ1

5dj1

解像度: 1.51→56.686 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.68

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1725	7175	5.15 %
R_work	0.1522	-	-
obs	0.1533	139353	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.77 Å² / B_iso mean: 21.9022 Å² / B_iso min: 7.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.51→56.686 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5855	0	80	828	6763
B_iso mean	-	-	34.22	33.36	-
残基数	-	-	-	-	728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6172
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.873	8382
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	932
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1071
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.732	5019

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.51-1.5272	0.2691	234	0.2522	4465	4699
1.5272-1.5451	0.2435	245	0.2305	4331	4576
1.5451-1.564	0.2323	218	0.2186	4460	4678
1.564-1.5838	0.2361	228	0.2104	4379	4607
1.5838-1.6046	0.2305	241	0.2061	4381	4622
1.6046-1.6266	0.2314	243	0.1896	4371	4614
1.6266-1.6498	0.2128	274	0.1866	4386	4660
1.6498-1.6745	0.201	237	0.1791	4389	4626
1.6745-1.7006	0.2173	253	0.1812	4333	4586
1.7006-1.7285	0.2048	209	0.1717	4474	4683
1.7285-1.7583	0.1943	232	0.1718	4421	4653
1.7583-1.7903	0.1937	242	0.165	4341	4583
1.7903-1.8247	0.1916	244	0.1671	4408	4652
1.8247-1.862	0.1889	251	0.156	4418	4669
1.862-1.9025	0.1882	244	0.1489	4368	4612
1.9025-1.9467	0.1692	249	0.148	4370	4619
1.9467-1.9954	0.1538	237	0.1488	4399	4636
1.9954-2.0494	0.2034	210	0.1476	4420	4630
2.0494-2.1097	0.1707	229	0.1366	4414	4643
2.1097-2.1778	0.162	248	0.1391	4395	4643
2.1778-2.2556	0.1634	236	0.1426	4425	4661
2.2556-2.3459	0.1591	245	0.1472	4422	4667
2.3459-2.4527	0.169	234	0.1527	4411	4645
2.4527-2.582	0.1761	217	0.1504	4414	4631
2.582-2.7438	0.172	253	0.1518	4421	4674
2.7438-2.9556	0.1778	254	0.152	4358	4612
2.9556-3.253	0.1598	244	0.1425	4426	4670
3.253-3.7237	0.158	233	0.1371	4439	4672
3.7237-4.6911	0.1278	234	0.1213	4469	4703
4.6911-56.726	0.1556	257	0.1512	4470	4727

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1526	0.3114	-0.232	0.5876	-0.1485	0.928	0.0381	0.2895	-0.1201	-0.2443	-0.1568	-0.0206	0.0355	-0.0076	0.1081	0.2338	0.1133	0.0246	0.2248	0.0039	0.1315	-4.7224	49.316	8.5628
2	0.9209	-0.044	-0.1266	0.5996	-0.2181	0.7606	0.0405	0.032	-0.0282	-0.0642	-0.0284	-0.0144	-0.0037	-0.0013	-0.0045	0.0956	0.0469	-0.0097	0.0806	-0.0041	0.1073	-14.4167	51.3878	31.0594
3	1.5387	-0.9151	0.9757	0.6503	-0.5244	0.6495	0.0286	-0.1761	-0.0109	0.0416	0.1583	0.2366	-0.0867	-0.43	-0.1108	0.095	0.0622	-0.0005	0.22	0.0359	0.1864	-31.5336	53.5866	38.3674
4	1.4173	-1.271	-0.4491	3.0189	0.4768	1.4617	0.0018	0.0247	0.0005	-0.066	-0.0053	0.1511	-0.1658	-0.155	0.0215	0.0917	0.0446	-0.0126	0.112	-0.0034	0.1309	-28.5317	58.4284	30.117
5	1.1883	-0.2316	0.3851	1.6457	-1.0171	1.3227	0.0931	0.1545	0.0656	-0.1643	-0.0373	0.1208	-0.1082	-0.1282	-0.0609	0.1413	0.0741	-0.0147	0.1244	0.0073	0.1289	-21.814	58.3168	26.1124
6	0.9875	-0.6042	-0.2149	1.1393	0.0629	1.1769	0.0414	0.0795	0.0717	-0.0511	-0.0671	-0.0077	-0.0469	0.0081	0.0295	0.1027	0.0266	-0.0011	0.0753	0.0074	0.1042	-10.1735	55.2552	30.1766
7	8.033	-2.5729	4.8051	2.947	-2.6808	3.4995	0.026	0.2099	0.2655	-0.1698	-0.095	-0.0533	-0.1408	-0.0352	0.0725	0.1945	0.0842	0.0369	0.18	0.027	0.0892	-6.0383	57.8843	12.5708
8	3.104	0.9264	0.5484	1.8176	0.0644	2.1708	0.106	0.5211	-0.2156	-0.3677	-0.0667	0.1941	0.175	-0.4268	-0.0371	0.2532	0.0801	-0.0933	0.3033	-0.0491	0.2018	-29.3119	48.2038	8.8822
9	0.7007	0.3305	0.1941	0.7529	0.5367	0.9141	0.0163	0.1567	-0.494	-0.1597	-0.029	0.1061	0.8169	-0.3809	0.0967	0.4151	-0.0472	-0.0741	0.2493	-0.113	0.4044	-30.7931	33.8109	17.4139
10	3.2405	1.6434	0.5051	3.0121	1.5385	4.3938	0.049	0.4899	-0.3422	-0.4373	-0.0727	0.2645	0.4107	-0.1831	0.0481	0.3264	0.083	-0.1055	0.2804	-0.1151	0.312	-27.4492	38.265	9.5122
11	2.3272	0.2897	2.1732	0.4747	0.4794	3.0088	0.0595	0.2236	0.0741	-0.1469	-0.1238	-0.1223	-0.034	0.1558	0.0752	0.2308	0.1043	0.0439	0.2125	0.0689	0.1554	9.1502	46.9147	13.7196
12	0.7146	-0.0898	-0.1758	0.6271	-0.2923	1.254	0.0562	0.1528	-0.0602	-0.1765	-0.0603	0.0257	0.09	-0.0348	0.0067	0.1396	0.0525	-0.0322	0.1071	-0.0176	0.1198	-0.7561	30.8032	23.9282
13	2.716	-0.8764	-0.388	1.8499	0.4237	1.2789	0.0091	-0.0964	0.0493	0.04	0.0093	-0.0718	0.046	0.0884	-0.0108	0.0815	0.0206	-0.0143	0.097	0.0058	0.0751	7.5431	31.7702	45.6505
14	0.9215	-0.0308	-0.4521	3.8645	-0.0336	0.9185	0.0284	0.0042	-0.1248	-0.1219	-0.0622	-0.0751	0.1354	0.1125	0.0335	0.1074	0.0526	-0.0185	0.0986	0.0044	0.1064	14.3758	24.3042	37.7404
15	1.1618	-0.1184	-0.12	1.9867	-0.3419	1.1015	0.0695	0.0925	-0.0716	-0.1025	-0.0973	-0.1773	0.0205	0.1817	0.033	0.1069	0.0582	-0.007	0.1243	0.0027	0.1098	12.2377	28.1176	31.0472
16	1.3771	-0.43	-0.4506	5.8207	0.5869	1.4701	0.0674	0.0567	-0.0885	-0.0976	-0.1155	0.0245	0.0773	0.0356	0.0517	0.118	0.0544	-0.0278	0.0874	-0.017	0.1067	4.0736	22.7568	31.6611
17	1.0981	0.1036	-0.2774	0.5197	-0.1646	0.8538	0.0581	0.184	-0.0555	-0.1629	-0.0894	-0.0232	0.0603	0.0356	0.0291	0.151	0.0696	-0.0087	0.1332	-0.003	0.1026	1.9958	35.5814	21.4372
18	1.978	0.9739	1.1944	1.3199	0.8121	2.3438	0.0427	0.1502	0.1469	-0.1799	-0.0453	-0.2631	-0.0881	0.4052	-0.0384	0.1207	0.0483	0.0577	0.2241	0.0412	0.2282	27.0802	42.9243	30.5213
19	1.298	0.4104	-0.3978	1.9166	-0.2889	1.8153	0.1651	-0.0509	0.286	0.0188	-0.0738	-0.1142	-0.2534	0.1962	-0.0801	0.1053	-0.0078	0.0176	0.1193	0.0065	0.1624	19.3523	50.2264	41.9656
20	7.7701	2.1866	0.5377	6.8748	0.7051	8.2504	0.1736	-0.0834	0.7759	-0.2924	0.1574	-0.4005	-0.5077	0.4842	-0.2517	0.1666	-0.0339	0.1024	0.2199	0.0232	0.3799	28.3201	56.2725	32.171

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 59 )	A	28 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 143 )	A	60 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 163 )	A	144 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 164 through 190 )	A	164 - 190
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 191 through 215 )	A	191 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 216 through 269 )	A	216 - 269
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 270 through 288 )	A	270 - 288
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 289 through 321 )	A	289 - 321
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 322 through 358 )	A	322 - 358
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 359 through 388 )	A	359 - 388
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 27 through 59 )	B	27 - 59
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 60 through 108 )	B	60 - 108
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 109 through 163 )	B	109 - 163
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 164 through 190 )	B	164 - 190
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 191 through 215 )	B	191 - 215
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 216 through 232 )	B	216 - 232
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 233 through 288 )	B	233 - 288
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 289 through 321 )	B	289 - 321
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 322 through 373 )	B	322 - 373
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 374 through 390 )	B	374 - 390

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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