+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6c3b | ||||||
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Title | O2-, PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase RohP Holoenzyme | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / O2- / PLP-dependent L-arginine hydroxylase | ||||||
Function / homology | Function and homology information alpha-amino acid metabolic process / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces cattleya (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.51 Å | ||||||
Authors | Hedges, J.B. / Ryan, K.S. | ||||||
Citation | Journal: ACS Chem. Biol. / Year: 2018 Title: Snapshots of the Catalytic Cycle of an O2, Pyridoxal Phosphate-Dependent Hydroxylase. Authors: Hedges, J.B. / Kuatsjah, E. / Du, Y.L. / Eltis, L.D. / Ryan, K.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6c3b.cif.gz | 329.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6c3b.ent.gz | 264.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6c3b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c3b | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6c3aC 6c3cC 6c3dC 5dj1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 47511.805 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces cattleya (strain ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057) (bacteria) Strain: ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057 Gene: SCATT_03970 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: G8WNK6*PLUS #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 0.2 M sodium malonate pH 7, 16-20% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97949 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 28, 2017 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.51→56.69 Å / Num. obs: 139369 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 14.15 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 9.7 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 4 %
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5DJ1 Resolution: 1.51→56.686 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.68
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.77 Å2 / Biso mean: 21.9022 Å2 / Biso min: 7.04 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.51→56.686 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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