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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c30 | ||||||
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タイトル | Mycobacterium smegmatis RimJ (apo form) | ||||||
要素 | GNAT family acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / GNAT / N-acetyltransferase | ||||||
機能・相同性 | Acetyltransferase (GNAT) domain / N-acetyltransferase activity / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Acyl-CoA N-acyltransferase / GNAT family acetyltransferase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.397 Å | ||||||
データ登録者 | Favrot, L. / Hegde, S.S. / Blanchard, J.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural Characterization of Mycobacterium smegmatis RimJ, an N-acetyltransferase protein 著者: Favrot, L. / Hegde, S.S. / Blanchard, J.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6c30.cif.gz | 113.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6c30.ent.gz | 85.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6c30.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6c30_validation.pdf.gz | 428.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6c30_full_validation.pdf.gz | 430.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6c30_validation.xml.gz | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6c30_validation.cif.gz | 38.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c30 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24023.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 遺伝子: ydaF_1, ERS451418_05295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0D6IYM9, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 24 % w/v polyethylene glycol 1500, 20 % v/v glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.397→50 Å / Num. obs: 748457 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 25.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.867 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 103579 / CC1/2: 0.772 / % possible all: 97.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.397→28.207 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.84
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.397→28.207 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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