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- PDB-6c1z: Crystal structure of Apo Caenorhabditis elegans lipid binding pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c1z
タイトルCrystal structure of Apo Caenorhabditis elegans lipid binding protein 8 (LBP-8)
要素Lipid Binding Protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / LBP8 / LBP-8 / FABP / fatty acid binding protein / lipid / lipid binding protein 8 / C. elegans / Caenorhabditis elegans / aging / lysosome / lipid transport / monounsaturated fatty acids / fatty acid
機能・相同性
機能・相同性情報


Recycling of bile acids and salts / Triglyceride catabolism / Heme degradation / Signaling by Retinoic Acid / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Retinoid metabolism and transport / oleic acid binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / lipid transport ...Recycling of bile acids and salts / Triglyceride catabolism / Heme degradation / Signaling by Retinoic Acid / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Retinoid metabolism and transport / oleic acid binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / lipid transport / long-chain fatty acid transport / fatty acid transport / fatty acid binding / lysosome / lipid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid-binding protein homolog 8
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Tillman, M.C. / Ortlund, E.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
W. M. Keck Foundation 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural characterization of life-extending Caenorhabditis elegans Lipid Binding Protein 8.
著者: Tillman, M.C. / Khadka, M. / Duffy, J. / Wang, M.C. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2018年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipid Binding Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3813
ポリマ－16,1881
非ポリマー1922
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.904, 41.857, 70.896
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Lipid Binding Protein


分子量: 16188.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: lbp-8, CELE_T22G5.6, T22G5.6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O02324
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.77 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.81 M ammonium sulfate and 0.25 M potassium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 688051 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.9 % / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 0.902 / Net I/σ(I): 33.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / Num. unique obs: 4481 / CC1/2: 0.833 / Rpim(I) all: 0.274 / Rrim(I) all: 0.666 / Χ2: 0.444 / % possible all: 67.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2621精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WVM

3wvm


解像度: 1.3→31.227 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2101 1642 5.02 %
Rwork0.1903 --
obs0.1914 32689 96.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.19 Å2 / Biso mean: 35.016 Å2 / Biso min: 16.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→31.227 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1142 0 10 92 1244
Biso mean--37.59 37.28 -
残基数----138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8971582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079169
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006197
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.307432
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3-1.33820.3015930.27421938203173
1.3382-1.38140.28441300.27622383251389
1.3814-1.43080.32751320.27192628276098
1.4308-1.48810.28931440.241526492793100
1.4881-1.55580.26761420.20726642806100
1.5558-1.63780.23981450.202326522797100
1.6378-1.74040.24211400.204927152855100
1.7404-1.87480.24411450.200326642809100
1.8748-2.06340.18721430.177526802823100
2.0634-2.36190.22431410.180626932834100
2.3619-2.97540.19291430.197427152858100
2.9754-31.23610.19241440.17622666281096
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.72110.73463.68367.15160.64073.93650.02090.5518-0.2959-0.6064-0.15540.5516-0.6146-0.27670.24420.28420.0602-0.05550.2916-0.00380.270516.16837.0533.394
22.00660.8656-0.36525.7256-2.40276.5980.2427-0.4232-0.14010.7239-0.27190.0348-0.3115-0.1232-0.02640.2113-0.0529-0.04970.22890.00020.200414.10130.09227.445
38.2588-2.1109-1.72675.97083.60554.2030.2192-0.15360.51340.37980.259-0.192-0.32171.0726-0.31780.2277-0.0678-0.04170.21320.0170.224524.0235.93415.955
41.85750.6636-0.33272.46382.0942.30070.014-0.2764-0.05860.3611-0.106-0.028-0.01040.54460.04260.2149-0.0275-0.02740.27950.02020.234125.89430.65116.837
52.8380.543-1.11444.4597-3.42023.27210.1307-0.3607-0.53320.1414-0.357-0.47210.41591.0110.25640.1803-0.0109-0.07160.30760.0630.475123.58420.0614.646
60.23011.3384-1.27537.6755-5.60148.14970.0047-0.0349-0.3631-0.1336-0.08870.09660.198-0.07140.06550.12390.0243-0.05330.1911-0.01390.327716.07122.0710.68
73.05260.1630.39097.7543-4.35494.58560.1386-0.104-0.3217-0.0074-0.23760.19730.0329-0.04490.00050.11590.0019-0.02810.1534-0.00520.205812.50225.91716.874
89.7276.6428-3.09224.8159-2.92036.79920.04540.16090.2296-0.11440.05830.2882-0.6291-0.4662-0.11980.22160.0486-0.0110.1955-0.01480.207411.2634.22219.676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:10 )A2 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 11:40 )A11 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 41:50 )A41 - 50
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 51:69 )A51 - 69
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 70:83 )A70 - 83
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 84:102 )A84 - 102
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 103:127 )A103 - 127
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 128:137 )A128 - 137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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