PDB-6c1e: NavAb NormoPP mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c1e

タイトル

NavAb NormoPP mutant

要素

Ion transport protein

キーワード

METAL TRANSPORT / Mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arcobacter butzleri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.86 Å

データ登録者

Catterall, W.A. / Zheng, N. / Jiang, D. / Gamal El-Din, T.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structural basis for gating pore current in periodic paralysis.
著者: Jiang, D. / Gamal El-Din, T.M. / Ing, C. / Lu, P. / Pomes, R. / Zheng, N. / Catterall, W.A.

履歴

登録	2018年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年6月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c1e.cif.gz	219.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c1e.ent.gz	174.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6c1e_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c1e_full_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示
XML形式データ	6c1e_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	6c1e_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/6c1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/6c1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c1kC 6c1mC 6c1pC 3rvyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ms2-d 4mw3-d 4mvu-d 6c1k-1 4mtf-d 6keb-d 5kmd-d 5kmf-d 4mw8-d 4mvm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (4) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ion transport protein

B: Ion transport protein

ヘテロ分子

79 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ion transport protein

B: Ion transport protein

ヘテロ分子

A: Ion transport protein

B: Ion transport protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.775, 126.997, 192.287
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Ion transport protein 分子量: 33004.949 Da / 分子数: 2 / 変異: C235I, H123R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (strain RM4018) (バクテリア) 株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 化合物	ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジミリストイルホスファチジルコリン分子量: 678.940 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₇₃NO₈P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-BNC / 5-BETA-24-NOR-CHOLANE-3(ALPHA),7(ALPHA),12(ALPHA)-TRIOL 分子量: 364.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₄₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-UHH / (3ALPHA,5ALPHA,7ALPHA,8ALPHA,12ALPHA,14BETA,17ALPHA)-3,7,12-TRIHYDROXYCHOL-1-EN-24-AMIDE 分子量: 405.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₉NO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.02 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: ammonium sulphate, Na-citrate / PH範囲: 4.8-5.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99994 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99994 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.86→42.5 Å / Num. obs: 35059 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.86→3 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RVY

3rvy

解像度: 2.86→42.5 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.29

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2399	1763	5.03 %
R_work	0.2125	-	-
obs	0.2139	35059	96.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.86→42.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3606	0	512	0	4118

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4208
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.31	5646
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.639	1584
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	636
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	618

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8575-2.9348	0.3254	73	0.2967	1478	X-RAY DIFFRACTION	57
2.9348-3.0211	0.3734	140	0.284	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0211-3.1186	0.313	139	0.2883	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1186-3.23	0.3068	128	0.2735	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.3593	0.2855	157	0.2469	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3593-3.5121	0.2574	131	0.2343	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5121-3.6972	0.2383	123	0.1991	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6972-3.9287	0.2453	153	0.1935	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9287-4.2318	0.212	156	0.1717	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2318-4.6571	0.1679	141	0.171	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6571-5.3299	0.1974	143	0.1757	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3299-6.7109	0.2736	133	0.2573	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7109-42.5042	0.2556	146	0.2189	2792	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0223	0.3848	-0.8344	3.9377	2.1621	5.6429	0.192	0.0015	0.5784	-0.2307	-0.5881	0.9578	-1.7261	-0.855	0.4505	0.7738	0.1593	0.1668	1.0736	-0.1615	1.2294	34.6776	154.8421	27.704
2	2.7869	0.1809	0.1575	1.3293	-0.4085	2.9926	-0.1622	-0.5273	-0.3911	0.6645	-0.5873	1.1682	0.173	-0.1057	0.3262	1.4105	0.4847	0.4605	1.0711	-0.5681	1.591	40.4768	162.2905	29.3457
3	3.0118	-0.6333	0.9124	4.4317	0.0622	4.0106	0.0156	0.5965	0.4693	0.2298	-0.4709	1.1173	-0.1332	0.4431	0.0735	0.9058	0.0484	0.1775	1.4742	-0.2669	1.3534	48.9474	160.0117	23.4768
4	5.5625	-0.5566	1.2252	2.567	0.295	2.36	-0.0564	-0.9193	0.285	-0.2974	0.0194	0.1827	-0.4165	-0.3804	0.0354	0.9758	0.163	0.1629	0.8196	-0.217	0.95	48.9555	148.9789	30.305
5	2.8569	0.0443	1.3441	3.4442	0.94	2.1835	-0.1618	-0.1875	0.4414	-0.0629	0.2145	-0.1562	-0.1471	0.0414	-0.0465	0.4065	-0.0379	-0.0334	0.4195	-0.0702	0.5073	75.2225	136.2044	18.9972
6	5.3572	-3.3739	-4.5648	3.9316	0.8454	6.3907	0.4257	0.0388	0.2114	-0.749	0.3211	1.157	-0.3341	0.6108	-0.1941	1.7021	-0.1524	0.3708	1.3445	0.1755	1.2827	24.3237	98.5386	43.4101
7	3.7339	-0.2226	-0.4567	2.9303	-0.7571	2.3432	-0.5784	0.7569	-0.9691	-1.5178	0.4733	0.3213	1.6723	-1.6136	-0.2869	1.2585	-0.2202	0.1878	0.5853	0.0922	1.151	39.8113	98.1672	21.6642
8	1.7939	-1.7677	-1.1449	2.5642	2.8803	7.4788	-0.8227	0.266	-0.986	0.0987	-0.3414	-0.452	0.24	-0.0333	0.4454	1.1627	-0.5875	0.6316	1.3817	0.3449	1.7267	29.0511	100.43	24.9237
9	4.3449	0.686	-0.1697	3.5122	-0.5908	1.8982	-0.0742	-1.3695	-0.8504	0.1023	-0.12	0.275	-0.8546	-0.4664	-0.3052	1.1946	-0.1403	0.2688	1.0357	0.2992	1.0791	28.9893	112.6823	28.8257
10	1.3761	0.3284	-0.1999	3.7646	0.6467	2.2031	0.1499	-0.3219	-0.1718	0.6068	-0.273	0.0998	0.2095	-0.4028	0.0825	0.3949	-0.0329	0.0812	0.7805	0.0658	0.7036	44.3212	125.4063	27.1894
11	2.5388	1.5156	-3.6645	4.7128	1.228	9.7966	0.219	1.9354	0.1144	-1.4004	0.0862	0.9671	-0.0392	-0.1585	-0.5587	0.6491	0.2153	-0.1285	0.8162	0.052	0.7013	49.9051	140.8584	5.2032
12	2.6449	-0.102	-0.3884	3.5502	1.1288	2.2178	0.0418	-0.2388	0.2223	0.791	0.0344	0.3971	0.0319	-0.0191	-0.0008	0.5794	-0.0044	0.0611	0.4359	-0.0183	0.5066	57.5328	137.6133	19.665

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1001 through 1041 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1042 through 1074 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1075 through 1096 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1097 through 1127 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1128 through 1221 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2001 through 2011 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2012 through 2041 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2042 through 2065 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 2066 through 2096 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 2097 through 2152 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 2153 through 2162 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 2163 through 2221 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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