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- PDB-6c12: SDHA-SDHE complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c12
タイトルSDHA-SDHE complex
要素
  • FAD assembly factor SdhE
  • Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit
キーワードOxidoreductase/Chaperon / Succinate dehydrogenase / Assembly factor / Oxidoreductase-Chaperon complex
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex II assembly / : / : / succinate metabolic process / succinate dehydrogenase activity / succinate dehydrogenase / succinate dehydrogenase (quinone) activity / aerobic electron transport chain / anaerobic respiration / tricarboxylic acid cycle ...respiratory chain complex II assembly / : / : / succinate metabolic process / succinate dehydrogenase activity / succinate dehydrogenase / succinate dehydrogenase (quinone) activity / aerobic electron transport chain / anaerobic respiration / tricarboxylic acid cycle / aerobic respiration / electron transport chain / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Flavinator of succinate dehydrogenase / Flavinator of succinate dehydrogenase / Flavinator of succinate dehydrogenase superfamily / Flavinator of succinate dehydrogenase / Succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA / Fumarate reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal ...Flavinator of succinate dehydrogenase / Flavinator of succinate dehydrogenase / Flavinator of succinate dehydrogenase superfamily / Flavinator of succinate dehydrogenase / Succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA / Fumarate reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit / Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit / FAD assembly factor SdhE / FAD assembly factor SdhE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Maher, M.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of bacterial succinate:quinone oxidoreductase flavoprotein SdhA in complex with its assembly factor SdhE.
著者: Maher, M.J. / Herath, A.S. / Udagedara, S.R. / Dougan, D.A. / Truscott, K.N.
履歴
登録2018年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年11月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.42019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit
D: FAD assembly factor SdhE
A: Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit
C: FAD assembly factor SdhE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,7248
ポリマ－153,1074
非ポリマー1,6174
水6,431357
1
B: Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit
D: FAD assembly factor SdhE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3624
ポリマ－76,5532
非ポリマー8092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23130 Å2
手法PISA
2
A: Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit
C: FAD assembly factor SdhE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3624
ポリマ－76,5532
非ポリマー8092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.980, 100.030, 232.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit


分子量: 64502.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: sdhA, b0723, JW0713 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AC41, UniProt: P0AC43*PLUS, succinate dehydrogenase
#2: タンパク質 FAD assembly factor SdhE / Antitoxin CptB


分子量: 12050.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: sdhE, cptB, ygfY, b2897, JW2865 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P64559, UniProt: P64561*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.77 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgCl2.6H20, 30% (w/v) PEG 3350 and 40 mM NaF

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 63285 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WDQ and 1X6I

2wdq

1x6i


解像度: 2.15→48.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 9.238 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2582 2561 5.1 %RANDOM
Rwork0.1989 ---
obs0.2019 47878 73.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.42 Å2 / Biso mean: 25.594 Å2 / Biso min: 9.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.03 Å20 Å20 Å2
2---1.37 Å20 Å2
3----8.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→48.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9652 0 108 357 10117
Biso mean--17.85 27.54 -
残基数----1244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0199962
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3921.96713485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.975321521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.47751238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.64223.745478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.251151674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7851587
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02111368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022309
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 47 -
Rwork0.26 965 -
all-1012 -
obs--20.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69480.1999-0.01351.0059-0.10311.2686-0.01350.00830.00890.00570.05270.16110.0526-0.1074-0.03920.0081-0.01540.00940.05140.02440.1076-19.7023-2.98757.2876
20.47690.05740.01350.67140.08850.94660.0039-0.0062-0.08890.0086-0.0086-0.00020.08370.03960.00460.02330.00280.00350.0325-0.00050.0937-10.5269-4.2509-0.5739
31.13070.10930.15963.33940.40232.90140.10820.01060.0910.0861-0.086-0.0622-0.13570.0697-0.02230.0408-0.03470.01690.06340.01460.0576-3.438915.729337.2694
42.8576-0.8411-0.47651.00230.40852.3446-0.11940.072-0.0069-0.01410.04880.09120.041-0.14790.07060.0607-0.0107-0.02680.06550.00880.0567-26.783812.8794-21.8635
52.02830.0618-0.27021.9759-0.45612.12140.0416-0.10190.237-0.0137-0.01080.03120.0057-0.2038-0.03070.00170.00340.00460.0837-0.01130.1215-35.616712.77374.8376
62.54040.93220.84943.14040.03612.93880.02910.02990.03840.0753-0.0225-0.0632-0.15160.1237-0.00660.0367-0.03090.02140.0308-0.01550.0833-4.881822.822864.4646
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 241
2X-RAY DIFFRACTION1A352 - 583
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 241
4X-RAY DIFFRACTION2B352 - 583
5X-RAY DIFFRACTION3A242 - 351
6X-RAY DIFFRACTION4B242 - 351
7X-RAY DIFFRACTION5D15 - 87
8X-RAY DIFFRACTION6C14 - 86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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