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- PDB-6c0z: Crystal structure of Efga from Methylobacterium extorquens in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c0z
タイトルCrystal structure of Efga from Methylobacterium extorquens in complex with formaldehyde
要素Efga
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Enhanced formaldehyde growth
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Haem-degrading domain / Corrinoid adenosyltransferase PduO/GlcC-like / Corrinoid adenosyltransferase PduO/GlcC-like superfamily / Haem degrading protein HbpS-like / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
oxydimethanol / FORMIC ACID / Glycolate utilization protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methylobacterium extorquens DSM 13060 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Shamoo, Y. / Davlieva, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Efga form Methylobacterium extorquens in complex with formaldehyde
著者: Shamoo, Y. / Davlieva, M.
履歴
登録2018年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Efga
A: Efga
C: Efga
D: Efga
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1288
ポリマ－67,8484
非ポリマー2804
水7,855436
1
B: Efga
C: Efga
ヘテロ分子

A: Efga
D: Efga
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1288
ポリマ－67,8484
非ポリマー2804
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area20370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.059, 72.063, 104.555
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質
Efga


分子量: 16962.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacterium extorquens DSM 13060 (バクテリア)
遺伝子: MetexDRAFT_1898 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H1KGY6
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-21H / oxydimethanol


分子量: 78.067 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.52 %
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M KNO3, 2.2 M AmSO4, 16.6 mM Formaldehyde

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 48026 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 20.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 1.441 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 557370
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.83-1.8611.40.54522930.849196.3
1.86-1.911.90.48224340.885199.3
1.9-1.93120.3923430.944199.9
1.93-1.9711.90.37223850.98199.3
1.97-2.0111.80.30924011.064199.1
2.01-2.0611.80.26823891.122198.5
2.06-2.1111.80.24423701.207198.6
2.11-2.1711.70.22823561.231198.5
2.17-2.2311.60.18923901.342198.1
2.23-2.3111.60.17323511.373197.7
2.31-2.3911.50.15323501.564197.4
2.39-2.4811.40.14723701.606196.7
2.48-2.611.30.13923651.611197.5
2.6-2.7311.20.12323501.679197
2.73-2.911.10.11123861.726197.2
2.9-3.13110.10124351.81199
3.13-3.4411.30.10324542.048199.9
3.44-3.9411.70.09424732.032199.7
3.94-4.9712.10.08824861.845199.4
4.97-5011.80.09426451.871199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A2L

2a2l


解像度: 1.83→42.315 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 1992 4.16 %
Rwork0.2224 45932 -
obs0.2242 47924 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.04 Å2 / Biso mean: 26.4895 Å2 / Biso min: 12.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→42.315 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3884 0 38 436 4358
Biso mean--37.22 32.71 -
残基数----548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9195310
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006700
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9412327
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.83-1.87430.26861300.22873108323894
1.8743-1.9250.26711430.20593273341699
1.925-1.98170.23951420.19863255339799
1.9817-2.04560.27481430.19453278342199
2.0456-2.11870.25221440.20583250339498
2.1187-2.20360.2671420.20673243338598
2.2036-2.30390.23291370.20533231336898
2.3039-2.42530.21731430.20083237338097
2.4253-2.57720.27921410.21773236337797
2.5772-2.77620.281410.22443236337797
2.7762-3.05550.2521420.22293292343498
3.0555-3.49750.2791450.230633593504100
3.4975-4.40570.28571470.212733913538100
4.4057-42.3260.27051520.26313543369599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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