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Yorodumi- PDB-6c0z: Crystal structure of Efga from Methylobacterium extorquens in com... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6c0z | ||||||
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Title | Crystal structure of Efga from Methylobacterium extorquens in complex with formaldehyde | ||||||
Components | Efga | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Enhanced formaldehyde growth | ||||||
Function / homology | Function and homology information Haem-degrading domain / Corrinoid adenosyltransferase PduO/GlcC-like / Corrinoid adenosyltransferase PduO/GlcC-like superfamily / Haem degrading protein HbpS-like / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Methylobacterium extorquens DSM 13060 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.83 Å | ||||||
Authors | Shamoo, Y. / Davlieva, M. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Efga form Methylobacterium extorquens in complex with formaldehyde Authors: Shamoo, Y. / Davlieva, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6c0z.cif.gz | 199.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6c0z.ent.gz | 161.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6c0z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6c0z_validation.pdf.gz | 479.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6c0z_full_validation.pdf.gz | 482.7 KB | Display | |
Data in XML | 6c0z_validation.xml.gz | 25.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6c0z_validation.cif.gz | 37 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0z | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2a2lS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16962.027 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methylobacterium extorquens DSM 13060 (bacteria) Gene: MetexDRAFT_1898 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: H1KGY6 #2: Chemical | ChemComp-FMT / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 283.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M KNO3, 2.2 M AmSO4, 16.6 mM Formaldehyde |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.97934 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.83→50 Å / Num. obs: 48026 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 20.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 1.441 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 557370 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2A2L Resolution: 1.83→42.315 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 72.04 Å2 / Biso mean: 26.4895 Å2 / Biso min: 12.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.83→42.315 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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