PDB-6c0r: Crystal structure of HIV-1 K103N/Y181C mutant reverse transcripta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c0r

タイトル

Crystal structure of HIV-1 K103N/Y181C mutant reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor 25a

要素

Reverse transcriptase p51 subunit
Reverse transcriptase/ribonuclease H

キーワード

REPLICATION / non-nucleoside inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / RNA stem-loop binding ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.049 Å

データ登録者

Yang, Y. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Steitz, T.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural basis for potent and broad inhibition of HIV-1 RT by thiophene[3,2-d]pyrimidine non-nucleoside inhibitors.
著者: Yang, Y. / Kang, D. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Pannecouque, C. / Zhan, P. / Liu, X. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2018年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c0r.cif.gz	447.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c0r.ent.gz	365.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c0jC 6c0kC 6c0lC 6c0nC 6c0oC 6c0pC 6cgfC 6dufC 6dugC 6duhC 4g1qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6c0l-d 6dtw-d 6duh-d 6x4a-d 6dug-d 5vqq-d 4kko-d 6x49-d 6x4d-d 6x47-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: Reverse transcriptase p51 subunit

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.823, 73.055, 109.077
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.47, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / Pr160Gag-Pol 分子量: 63914.129 Da / 分子数: 1 / 変異: K103N, K172A, K173A, Y181C, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質	Reverse transcriptase p51 subunit / Pr160Gag-Pol 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / Pr160Gag-Pol

分子量: 63914.129 Da / 分子数: 1 / 変異: K103N, K172A, K173A, Y181C, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#2: タンパク質

Reverse transcriptase p51 subunit / Pr160Gag-Pol

分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 6種, 681分子

#3: 化合物	ChemComp-K5C / 4-({4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenoxy}thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)amino]piperidin-1-yl}methyl)benzene-1-sulfonamide 分子量: 574.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₀N₆O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine PH範囲: 6.0-6.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.049→50 Å / Num. obs: 76614 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0351 / R_rim(I) all: 0.04138 / Net I/σ(I): 15.59
反射シェル	解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 1.105 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 12054 / CC_1/2: 0.44 / R_rim(I) all: 1.305 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
XDS	June 1, 2017	データ削減
XDS	June 1, 2017	データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 2.049→48.849 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2119	3834	5 %	Random selection
R_work	0.1805	-	-	-
obs	0.1821	76614	96.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.049→48.849 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7921	0	209	639	8769

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	8463
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.576	11463
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.389	5045
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1224
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1433

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0491-2.075	0.3598	122	0.3378	2261	X-RAY DIFFRACTION	81
2.075-2.1023	0.353	140	0.3144	2668	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1023-2.1311	0.3137	143	0.3039	2702	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1311-2.1615	0.3264	142	0.2926	2708	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1615-2.1938	0.3337	142	0.2871	2697	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1938-2.2281	0.2933	144	0.2675	2734	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2281-2.2646	0.3056	141	0.2674	2687	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2646-2.3037	0.2563	141	0.2476	2680	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3037-2.3456	0.2785	143	0.2377	2709	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3456-2.3907	0.3086	141	0.2256	2681	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3907-2.4395	0.2663	144	0.2164	2737	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4395-2.4925	0.2568	143	0.2136	2713	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4925-2.5505	0.2732	142	0.1989	2705	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5505-2.6143	0.2442	144	0.1923	2739	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6143-2.6849	0.2647	143	0.2014	2718	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6849-2.7639	0.2621	144	0.1993	2722	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7639-2.8532	0.2461	144	0.199	2733	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8532-2.9551	0.2582	143	0.2006	2727	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9551-3.0734	0.2287	144	0.2002	2728	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0734-3.2133	0.2236	142	0.1873	2705	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2133-3.3826	0.2308	137	0.1799	2596	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3826-3.5945	0.2006	144	0.1691	2736	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5945-3.8719	0.1941	144	0.1596	2745	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8719-4.2614	0.1563	145	0.1456	2756	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2614-4.8775	0.175	143	0.1511	2715	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8775-6.1433	0.222	143	0.176	2712	X-RAY DIFFRACTION	96
6.1433-48.8633	0.1851	146	0.1743	2766	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5742	0.5673	-1.2931	2.7038	0.1014	2.8684	0.5312	-0.2316	0.2791	0.9691	-0.2968	0.6021	0.0246	-0.051	-0.1753	1.4094	-0.1119	0.2278	0.7494	-0.0191	0.5302	46.7401	-14.7847	70.4449
2	0.7011	0.4959	-0.2111	1.07	1.9869	5.0938	0.0683	-0.1372	0.1198	0.4441	-0.0519	0.4496	0.6998	-0.8588	-0.2662	1.1499	-0.0197	0.1318	0.9367	0.129	0.7824	39.8554	-17.3101	59.0432
3	0.4778	0.62	-0.591	1.3835	1.0808	4.012	0.2186	-0.1601	-0.2309	0.5169	0.0103	0.069	0.3639	0.0794	-0.1318	0.8971	0.0345	-0.0706	0.6428	0.0695	0.5222	53.8339	-23.1981	53.3447
4	2.8184	-0.6631	2.2168	3.3357	-1.4441	4.0969	0.3128	-1.3048	-1.3626	0.4948	0.7007	1.3721	0.4609	-1.2778	-0.211	0.7237	-0.1238	0.0183	0.916	0.4152	1.1527	30.5668	-21.1706	26.6832
5	4.0644	-1.8886	1.324	1.3595	-0.659	0.9402	0.0477	-0.023	-0.1546	0.0287	0.1373	0.1353	0.1769	-0.1578	-0.1487	0.444	-0.0552	0.0252	0.4718	-0.0353	0.5046	24.0117	1.3476	7.2331
6	7.7883	0.8955	1.2276	4.4992	0.8166	5.102	-0.2598	-0.3413	-0.1971	0.1137	0.2165	0.3999	-0.258	-0.345	0.0087	0.299	0.0235	0.0747	0.5049	0.0647	0.4954	14.2997	8.9853	6.6566
7	6.1312	-0.4723	1.6181	6.2668	-0.5337	5.4019	-0.1128	-0.1437	0.39	0.5366	-0.0571	-0.1859	-0.3139	0.4594	0.032	0.5119	-0.0601	-0.0467	0.4342	0.0727	0.3056	56.4543	2.0446	36.7796
8	2.8751	3.9413	-3.5875	9.6777	-8.2223	7.1423	0.4293	-0.2248	0.9654	1.6107	-0.2512	0.4731	-1.8444	0.4483	0.1369	1.4798	-0.2678	-0.1004	0.9083	0.0424	1.1667	55.4111	27.0738	33.7229
9	2.4943	-0.1719	0.2423	5.7575	-2.9019	2.2413	-0.0414	-0.1459	0.436	0.6181	-0.1945	-0.7369	-0.3534	0.7107	0.1631	0.8489	-0.1942	-0.1344	0.6707	-0.0032	0.5756	61.8903	13.2446	34.5229
10	6.8762	-0.6924	5.8831	-0.0186	0.3755	5.1124	-0.0183	0.7813	-0.835	0.1752	0.3202	-0.3065	-0.288	1.1492	-0.2551	0.6833	-0.1725	-0.116	1.203	0.2129	1.0149	58.1681	22.3683	13.8196
11	2.6567	-0.6362	1.7933	2.309	-1.338	3.0044	-0.2185	0.1432	0.3094	0.4038	-0.0151	-0.0549	-0.4413	0.0388	0.2641	0.5067	-0.044	0.0716	0.4255	-0.0206	0.459	36.4253	19.558	13.1329

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 96 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 97 through 226 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 227 through 383 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 384 through 473 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 474 through 554 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 104 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 105 through 194 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 195 through 253 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 254 through 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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