PDB-6c0n: Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c0n

タイトル

Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor 25a

要素

Reverse transcriptase p51 subunit
Reverse transcriptase/ribonuclease H

キーワード

REPLICATION / non-nucleoside inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Yang, Y. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Steitz, T.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural basis for potent and broad inhibition of HIV-1 RT by thiophene[3,2-d]pyrimidine non-nucleoside inhibitors.
著者: Yang, Y. / Kang, D. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Pannecouque, C. / Zhan, P. / Liu, X. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2018年1月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c0n.cif.gz	446.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c0n.ent.gz	364 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c0n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6c0n_validation.pdf.gz	833.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c0n_full_validation.pdf.gz	859.7 KB	表示
XML形式データ	6c0n_validation.xml.gz	47 KB	表示
CIF形式データ	6c0n_validation.cif.gz	68.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c0jC 6c0kC 6c0lC 6c0oC 6c0pC 6c0rC 6cgfC 6dufC 6dugC 6duhC 4g1qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6c0o-d 4ig3-d 6x4c-d 4kfb-d 5cyq-d 6c0p-d 4ifv-d 5vqr-d 2hny-d 7kwu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: Reverse transcriptase p51 subunit

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.668, 73.268, 109.234
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / Pr160Gag-Pol 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質	Reverse transcriptase p51 subunit / Pr160Gag-Pol 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / Pr160Gag-Pol

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#2: タンパク質

Reverse transcriptase p51 subunit / Pr160Gag-Pol

分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 6種, 725分子

#3: 化合物	ChemComp-K5C / 4-({4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenoxy}thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)amino]piperidin-1-yl}methyl)benzene-1-sulfonamide / 4-[[4-[[4-[4-[(E)-2-シアノエテニル]-2,6-ジメチルフェノキシ]チエノ[3,2-d]ピリミジン-(以下略) 分子量: 574.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₀N₆O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine PH範囲: 6.0-6.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 84246 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.03978 / R_rim(I) all: 0.04712 / Net I/σ(I): 14.46
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 1.416 / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 13460 / CC_1/2: 0.335 / R_rim(I) all: 1.676 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
XDS	June 1, 2017	データ削減
XDS	June 1, 2017	データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 2.001→48.78 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.23

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2222	4210	5 %	Random selection
R_work	0.1809	-	-	-
obs	0.183	84246	98.53 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→48.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7928	0	173	692	8793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8440
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.775	11452
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.38	5040
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1224
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1432

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0012-2.0239	0.4459	118	0.4034	2286	X-RAY DIFFRACTION	82
2.0239-2.0477	0.3513	137	0.345	2621	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0477-2.0727	0.3311	141	0.3159	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0727-2.0989	0.3248	140	0.2976	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0989-2.1265	0.3313	141	0.2815	2691	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1265-2.1557	0.2926	140	0.2746	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1557-2.1865	0.3112	139	0.2693	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1865-2.2191	0.2704	141	0.2548	2676	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2191-2.2538	0.2908	139	0.2567	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2538-2.2907	0.2795	142	0.2585	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2907-2.3302	0.3164	141	0.2448	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3302-2.3726	0.2948	140	0.2267	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3726-2.4182	0.2761	142	0.2198	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4182-2.4676	0.2743	139	0.2095	2656	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4676-2.5212	0.2542	142	0.1983	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5212-2.5799	0.2344	142	0.1967	2684	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5799-2.6444	0.2383	141	0.1904	2683	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6444-2.7159	0.2566	142	0.1873	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7159-2.7958	0.2459	142	0.1839	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7958-2.886	0.2405	140	0.1908	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.886-2.9892	0.236	143	0.1895	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9892-3.1088	0.2152	140	0.1897	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1088-3.2503	0.2377	141	0.1786	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2503-3.4216	0.2448	140	0.1759	2661	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4216-3.6359	0.2256	141	0.1649	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6359-3.9166	0.1914	143	0.1579	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9166-4.3105	0.2077	142	0.1435	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3105-4.9337	0.1523	143	0.15	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9337-6.2139	0.2188	142	0.1779	2705	X-RAY DIFFRACTION	98
6.2139-48.7942	0.2081	146	0.1737	2761	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8831	0.5051	-1.3635	1.6373	0.055	3.1949	0.3444	-0.2069	0.0288	0.7546	-0.1765	0.3369	0.1103	-0.0068	-0.2317	0.9749	-0.0538	0.1464	0.651	0.0191	0.4504	46.8603	-14.7635	70.4379
2	0.8658	0.0891	-0.583	0.4677	1.7126	5.9373	0.1027	-0.0482	0.1231	0.2389	0.1531	0.4377	0.6482	-0.8834	-0.2289	0.8345	-0.0393	0.0615	0.7936	0.0908	0.5786	39.9836	-17.3584	59.0607
3	0.7997	0.1155	-1.143	0.8119	0.8756	5.0849	0.2121	-0.0876	-0.2184	0.2986	0.0895	0.0352	0.4569	-0.0537	-0.2755	0.6218	0.0234	-0.111	0.5077	0.0657	0.4682	54.1126	-23.2049	52.9716
4	2.8849	0.6151	0.9471	3.017	-0.6309	3.1703	0.4343	-0.7623	-0.8649	0.4775	0.1895	0.8214	0.3017	-0.8212	-0.3439	0.554	-0.1136	-0.0166	0.6113	0.2133	0.7777	30.5333	-21.1875	26.6604
5	4.3047	-2.0987	1.7266	1.8048	-0.9214	1.0806	0.0843	0.0162	-0.1018	-0.0285	0.0699	0.0905	0.1784	-0.1018	-0.1219	0.3842	-0.0411	0.0283	0.4015	-0.0394	0.3953	23.9207	1.3574	7.2476
6	5.7865	1.0366	1.1986	3.5995	0.468	4.6764	-0.211	-0.3689	0.0074	0.1172	0.1491	0.3838	-0.2516	-0.3734	0.0455	0.2247	0.0346	0.0505	0.436	0.037	0.3884	14.2587	9.0311	6.7039
7	5.8106	-1.24	0.8635	6.3493	0.2988	4.8005	-0.115	-0.0002	0.2674	0.4388	-0.0401	-0.0993	-0.2374	0.3267	0.0119	0.3734	-0.0701	-0.0126	0.3459	0.0425	0.2452	56.5228	2.0591	36.6962
8	1.462	1.5831	-1.6271	7.6265	-5.7267	4.4432	-0.1462	-0.225	0.9697	1.5267	-0.2276	0.2504	-2.2233	1.234	0.587	1.2488	-0.2978	-0.146	0.8001	0.0593	0.8839	55.4167	27.0512	33.65
9	2.3197	-0.3057	0.4417	4.993	-2.0404	2.8569	-0.0876	0.0708	0.5827	0.4964	-0.0364	-0.6083	-0.5703	0.727	-0.0276	0.6153	-0.2419	-0.1005	0.5776	0.0298	0.5441	61.9804	13.1567	34.4469
10	4.0937	-0.1316	3.5775	0.6393	0.2864	2.7467	-0.0548	0.5696	-0.2115	0.1705	0.0472	-0.5487	-0.2173	0.9789	-0.0055	0.577	-0.1889	-0.0575	1.2841	0.185	0.8851	58.3392	22.1987	14.0066
11	2.3216	-0.4607	1.8327	2.0521	-1.2467	3.1702	-0.2488	0.0882	0.2658	0.2906	-0.0179	-0.1146	-0.4037	0.0186	0.2768	0.4171	-0.0501	0.0643	0.3805	-0.0183	0.3996	36.4694	19.5515	13.1509

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 96 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 97 through 226 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 227 through 383 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 384 through 473 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 474 through 554 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 104 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 105 through 194 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 195 through 253 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 254 through 428 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 725分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 2種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 725分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 725分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)