PDB-6c0k: Crystal structure of HIV-1 K103N mutant reverse transcriptase in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c0k

タイトル

Crystal structure of HIV-1 K103N mutant reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor K-5a2

要素

Reverse transcriptase p51 subunit
Reverse transcriptase/ribonuclease H

キーワード

REPLICATION / non-nucleoside inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.958 Å

データ登録者

Yang, Y. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Steitz, T.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural basis for potent and broad inhibition of HIV-1 RT by thiophene[3,2-d]pyrimidine non-nucleoside inhibitors.
著者: Yang, Y. / Kang, D. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Pannecouque, C. / Zhan, P. / Liu, X. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2018年1月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c0k.cif.gz	447.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c0k.ent.gz	363.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6c0k_validation.pdf.gz	853.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c0k_full_validation.pdf.gz	881.5 KB	表示
XML形式データ	6c0k_validation.xml.gz	48 KB	表示
CIF形式データ	6c0k_validation.cif.gz	70.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c0jC 6c0lC 6c0nC 6c0oC 6c0pC 6c0rC 6cgfC 6dufC 6dugC 6duhC 4g1qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6x4e-d 4ig3-d 6duf-d 6c0n-d 6x4c-d 4id5-d 1sv5-d 4kfb-d 5cyq-d 6c0o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: Reverse transcriptase p51 subunit

ヘテロ分子

118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.612, 73.046, 109.438
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.47, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1096- HOH

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / Pr160Gag-Pol 分子量: 63974.160 Da / 分子数: 1 / 変異: K103N, K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質	Reverse transcriptase p51 subunit / Pr160Gag-Pol 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / Pr160Gag-Pol

分子量: 63974.160 Da / 分子数: 1 / 変異: K103N, K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#2: タンパク質

Reverse transcriptase p51 subunit / Pr160Gag-Pol

分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 6種, 796分子

#3: 化合物	ChemComp-K5A / 4-[(4-{[4-(4-cyano-2,6-dimethylphenoxy)thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]benzene-1-sulfonamide / 4-[[4-[[4-(4-シアノ-2,6-ジメチルフェノキシ)チエノ[3,2-d]ピリミジン-2-イル]アミノ]-1-(以下略) 分子量: 548.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₈N₆O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 752 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.12 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine PH範囲: 6.0-6.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.958→50 Å / Num. obs: 88875 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06189 / R_rim(I) all: 0.07338 / Net I/σ(I): 12.26
反射シェル	解像度: 1.96→2.08 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 1.235 / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 13984 / CC_1/2: 0.403 / R_rim(I) all: 1.466 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 1.958→48.949 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.33

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2191	4440	5 %	Random selection
R_work	0.1817	-	-	-
obs	0.1836	88875	97.63 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.958→48.949 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7923	0	217	752	8892

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8496
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.873	11521
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.263	5058
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1224
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1440

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9575-1.9798	0.3964	121	0.3382	2353	X-RAY DIFFRACTION	81
1.9798-2.0031	0.385	145	0.3222	2761	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0031-2.0275	0.315	150	0.3084	2866	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0275-2.0532	0.3518	145	0.2982	2745	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0532-2.0802	0.3127	149	0.2722	2861	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0802-2.1087	0.3332	145	0.2683	2748	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1087-2.1388	0.284	149	0.2558	2832	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1388-2.1707	0.25	149	0.2488	2825	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1707-2.2047	0.2972	147	0.2503	2804	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2047-2.2408	0.3226	148	0.2495	2798	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2408-2.2794	0.2574	147	0.24	2801	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2794-2.3209	0.302	145	0.2371	2755	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3209-2.3655	0.2567	148	0.2259	2803	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3655-2.4138	0.2553	148	0.2217	2820	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4138-2.4663	0.2832	147	0.2125	2800	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4663-2.5237	0.2686	150	0.2053	2847	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5237-2.5868	0.2505	148	0.2027	2803	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5868-2.6567	0.2412	148	0.1937	2820	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6567-2.7349	0.2387	151	0.1794	2858	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7349-2.8231	0.2087	150	0.1827	2855	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8231-2.924	0.2202	151	0.1737	2876	X-RAY DIFFRACTION	99
2.924-3.0411	0.2133	150	0.1785	2849	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0411-3.1795	0.2273	152	0.1739	2883	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1795-3.3471	0.2079	147	0.1739	2803	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3471-3.5567	0.2039	152	0.1664	2873	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5567-3.8312	0.2173	149	0.1556	2845	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8312-4.2166	0.1778	152	0.148	2888	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2166-4.8263	0.1741	152	0.1442	2870	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8263-6.0788	0.2049	152	0.173	2893	X-RAY DIFFRACTION	98
6.0788-48.9641	0.1896	153	0.1741	2900	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9725	-1.0235	0.5246	3.5984	-0.9962	3.6208	-0.1699	0.0876	0.1334	0.2033	-0.0395	-0.2973	-0.0349	0.4382	0.2087	0.215	-0.0344	0.0054	0.3106	0.0299	0.2517	30.4603	25.92	2.6736
2	2.6119	-0.2563	2.153	3.0422	-0.5563	3.9718	-0.3302	0.0273	0.4585	0.3794	0.0734	-0.0851	-0.5858	-0.0829	0.2652	0.3377	-0.0384	0.065	0.2684	0.0108	0.2877	33.2811	25.3388	9.3125
3	3.2518	-0.383	1.7196	4.039	-0.4362	3.0822	-0.0218	0.0285	0.222	0.1336	-0.0833	-0.098	-0.2014	0.0562	0.1157	0.3276	-0.0137	0.0378	0.2511	-0.0127	0.2851	42.7437	10.8721	20.1513
4	0.6111	-0.0794	-0.8811	1.0328	1.1396	3.4492	0.076	-0.116	-0.1023	0.2922	0.0051	0.1544	0.3229	-0.1336	-0.0478	0.4677	-0.013	-0.008	0.3938	0.0552	0.3217	49.4156	-19.9913	58.5829
5	3.2937	0.9294	0.0923	2.4824	-0.3024	2.4752	0.2723	-0.5665	-0.624	0.4	0.0431	0.5521	0.1694	-0.5548	-0.1976	0.423	-0.0772	-0.0009	0.4504	0.1263	0.5574	30.4446	-21.1802	26.4905
6	2.9166	-1.0503	1.2799	0.7412	-0.3346	1.2782	-0.0367	-0.0949	-0.1153	0.0323	0.1106	0.1493	0.011	-0.1925	-0.0594	0.2504	-0.0266	0.0438	0.305	0.0232	0.3317	19.7075	4.7398	6.932
7	4.4129	-0.7239	0.9131	4.8615	0.3052	4.6284	-0.0387	0.0081	0.3652	0.2601	-0.068	-0.2054	-0.3002	0.2551	-0.0076	0.2915	-0.0364	-0.0183	0.2634	0.0432	0.2179	56.1896	2.0072	36.8956
8	1.9806	2.2339	-1.2707	8.793	-5.3542	3.4758	0.0359	-0.2112	0.5982	1.3531	-0.2305	0.2911	-1.8319	1.1059	0.3121	1.0165	-0.1967	-0.1327	0.599	0.0819	0.7061	55.1859	27.1046	33.6334
9	1.8109	0.08	0.4789	5.3548	-0.939	2.5809	-0.0674	0.1688	0.4257	0.1985	-0.1021	-0.9547	-0.5498	0.7338	0.0611	0.4283	-0.1942	-0.0609	0.5492	0.0396	0.5678	63.922	15.0128	31.0127

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 239 through 269 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 270 through 363 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 364 through 428 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid -1 through 226 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 227 through 383 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 384 through 554 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 104 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 105 through 238 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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