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- PDB-6c0f: Yeast nucleolar pre-60S ribosomal subunit (state 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c0f
タイトルYeast nucleolar pre-60S ribosomal subunit (state 2)
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 19
  • (Ribosomal RNA-processing protein ...) x 3
  • (Ribosome biogenesis protein ...) x 7
  • 5.8S rRNA
  • ATP-dependent RNA helicase HAS1
  • Brx1-associated peptide
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • ITS2
  • Nucleolar GTP-binding protein 1
  • Nucleolar protein 16
  • Pescadillo homolog
  • Proteasome-interacting protein CIC1
  • Protein MAK11
  • Protein MAK16
  • Ribosome production factor 1
  • Saccharomyces cerevisiae S288c 35S pre-ribosomal RNA miscRNA
  • rRNA-processing protein EBP2
キーワードRIBOSOME / Pre-60S / ribosome biogenesis / LSU processome
機能・相同性
機能・相同性情報


snoRNA release from pre-rRNA / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / rRNA primary transcript binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / maturation of 5.8S rRNA ...snoRNA release from pre-rRNA / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / rRNA primary transcript binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / maturation of 5.8S rRNA / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of cell size / proteasome binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / ATPase activator activity / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / 90S preribosome / ribosomal subunit export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / maturation of LSU-rRNA / translation initiation factor activity / proteasome complex / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / macroautophagy / protein catabolic process / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / nuclear envelope / ATPase binding / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / RNA helicase activity / negative regulation of translation / rRNA binding / RNA helicase / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L36 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4280 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3450 / Brix domain / translation elongation factor selb, chain A, domain 4 / Enolase-like; domain 1 - #110 / Ribosomal RNA-processing protein 14, N-terminal / 60S ribosome biogenesis protein Rrp14 / Ribosomal RNA-processing protein 15 / Protein Peter Pan-like ...Ribosomal protein L36 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4280 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3450 / Brix domain / translation elongation factor selb, chain A, domain 4 / Enolase-like; domain 1 - #110 / Ribosomal RNA-processing protein 14, N-terminal / 60S ribosome biogenesis protein Rrp14 / Ribosomal RNA-processing protein 15 / Protein Peter Pan-like / Rrp15p / Surfeit locus 6 / Ribosomal RNA-processing protein 14/surfeit locus protein 6, C-terminal domain / Surfeit locus protein 6 / WDR74/Nsa1 / Ribosomal RNA processing protein 1-like / Nucleolar protein,Nop52 / Mak16 protein / Mak16 protein C-terminal region / Ribosome biogenesis protein 15, RNA recognition motif / Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2, / Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2, - #10 / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15 / Ribosomal Protein L13p; Chain: A; / Ribosomal protein L13 / Ribosome biogenesis protein BRX1 / DDX18/Has1, DEAD-box helicase domain / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Domain of unknown function DUF4217 / ATP-dependent rRNA helicase SPB4-like, C-terminal extension / DUF4217 / BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain / BOP1NT (NUC169) domain / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / U3 snoRNP protein/Ribosome production factor 1 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 - #10 / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Pescadillo / Pescadillo N-terminus / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / SH3 type barrels. - #30 / Ribosomal protein L30/S12 / BRCT domain / NOG, C-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 1 / NOGCT (NUC087) domain / Nucleolar GTP-binding protein 1, Rossman-fold domain / NOG1, N-terminal helical domain / Nucleolar GTP-binding protein 1 (NOG1) / NOG1 N-terminal helical domain / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / GTP binding domain / Translation factors / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / breast cancer carboxy-terminal domain / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Enolase-like; domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / : / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / BRCT domain profile. / BRCT domain / : / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L36e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Protein MAK16 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Large ribosomal subunit protein uL13A / Ribosomal RNA-processing protein 1 / Ribosomal RNA-processing protein 14 / Large ribosomal subunit protein eL14A / Large ribosomal subunit protein eL32 / Proteasome-interacting protein CIC1 / Ribosome biogenesis protein SSF1 / Ribosome production factor 1 / Nucleolar protein 16 / Ribosome biogenesis protein RLP7 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Ribosome biogenesis protein NSA1 / Pescadillo homolog / Ribosome biogenesis protein 15 / Large ribosomal subunit protein eL6A / Nucleolar GTP-binding protein 1 / ATP-dependent RNA helicase HAS1 / Ribosome biogenesis protein ERB1 / Ribosomal RNA-processing protein 15 / Ribosome biogenesis protein RLP24 / Ribosome biogenesis protein BRX1 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein eL13A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Sanghai, Z.A. / Miller, L. / Barandun, J. / Hunziker, M. / Chaker-Margot, M. / Klinge, S.
資金援助 米国, スイス, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM123459 米国
Swiss National Science Foundation155515 スイス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115327-Tan 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103314 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM109824 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Modular assembly of the nucleolar pre-60S ribosomal subunit.
著者: Zahra Assur Sanghai / Linamarie Miller / Kelly R Molloy / Jonas Barandun / Mirjam Hunziker / Malik Chaker-Margot / Junjie Wang / Brian T Chait / Sebastian Klinge /
要旨: Early co-transcriptional events during eukaryotic ribosome assembly result in the formation of precursors of the small (40S) and large (60S) ribosomal subunits. A multitude of transient assembly ...Early co-transcriptional events during eukaryotic ribosome assembly result in the formation of precursors of the small (40S) and large (60S) ribosomal subunits. A multitude of transient assembly factors regulate and chaperone the systematic folding of pre-ribosomal RNA subdomains. However, owing to a lack of structural information, the role of these factors during early nucleolar 60S assembly is not fully understood. Here we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstructions of the nucleolar pre-60S ribosomal subunit in different conformational states at resolutions of up to 3.4 Å. These reconstructions reveal how steric hindrance and molecular mimicry are used to prevent both premature folding states and binding of later factors. This is accomplished by the concerted activity of 21 ribosome assembly factors that stabilize and remodel pre-ribosomal RNA and ribosomal proteins. Among these factors, three Brix-domain proteins and their binding partners form a ring-like structure at ribosomal RNA (rRNA) domain boundaries to support the architecture of the maturing particle. The existence of mutually exclusive conformations of these pre-60S particles suggests that the formation of the polypeptide exit tunnel is achieved through different folding pathways during subsequent stages of ribosome assembly. These structures rationalize previous genetic and biochemical data and highlight the mechanisms that drive eukaryotic ribosome assembly in a unidirectional manner.
履歴
登録2017年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
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  • マップデータ: EMDB-7324
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Saccharomyces cerevisiae S288c 35S pre-ribosomal RNA miscRNA
2: 5.8S rRNA
6: ITS2
A: Ribosome biogenesis protein NSA1
B: 60S ribosomal protein L3
C: 60S ribosomal protein L4-A
D: Protein MAK16
E: 60S ribosomal protein L6-A
F: 60S ribosomal protein L7-A
G: 60S ribosomal protein L8-A
I: Ribosome production factor 1
K: Proteasome-interacting protein CIC1
L: 60S ribosomal protein L13-A
M: 60S ribosomal protein L14-A
N: 60S ribosomal protein L15-A
O: 60S ribosomal protein L16-A
P: 60S ribosomal protein L17-A
Q: 60S ribosomal protein L18-A
S: 60S ribosomal protein L20-A
V: 60S ribosomal protein L23-A
W: Nucleolar GTP-binding protein 1
Y: 60S ribosomal protein L26-A
7: Nucleolar protein 16
8: Ribosomal RNA-processing protein 14
b: Ribosome biogenesis protein BRX1
e: 60S ribosomal protein L32
f: 60S ribosomal protein L33-A
h: 60S ribosomal protein L35-A
i: 60S ribosomal protein L36-A
j: 60S ribosomal protein L37-A
x: Brx1-associated peptide
m: rRNA-processing protein EBP2
n: Pescadillo homolog
o: Ribosome biogenesis protein 15
p: ATP-dependent RNA helicase HAS1
q: Protein MAK11
s: Ribosome biogenesis protein ERB1
t: Ribosome biogenesis protein RLP7
u: Ribosome biogenesis protein RLP24
v: Ribosome biogenesis protein SSF1
w: Ribosomal RNA-processing protein 15
y: Eukaryotic translation initiation factor 6
z: Ribosomal RNA-processing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,443,79446
ポリマ－2,443,59843
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 126

#1: RNA鎖 Saccharomyces cerevisiae S288c 35S pre-ribosomal RNA miscRNA


分子量: 1097172.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: GenBank: 259147931
#2: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: GenBank: 1267176496
#3: RNA鎖 ITS2


分子量: 74308.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: GenBank: 1104417410

-
Ribosome biogenesis protein ... , 7種, 7分子 Abostuv

#4: タンパク質 Ribosome biogenesis protein NSA1 / NOP7-associated protein 1


分子量: 51982.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P53136
#25: タンパク質 Ribosome biogenesis protein BRX1


分子量: 33079.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q08235*PLUS
#34: タンパク質 Ribosome biogenesis protein 15 / Nucleolar protein 15


分子量: 25499.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P53927
#37: タンパク質 Ribosome biogenesis protein ERB1 / Eukaryotic ribosome biogenesis protein 1


分子量: 89176.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q04660*PLUS
#38: タンパク質 Ribosome biogenesis protein RLP7 / Ribosomal protein L7-like


分子量: 36621.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P40693
#39: タンパク質 Ribosome biogenesis protein RLP24 / Ribosomal protein L24-like


分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q07915
#40: タンパク質 Ribosome biogenesis protein SSF1


分子量: 51861.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P38789

-
60S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 BCEFGLMNOPQSVYefhij

#5: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin ...Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P14126
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A / L2 / Large ribosomal subunit protein uL4-A / RP2 / YL2


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P10664
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L6-A / L17 / Large ribosomal subunit protein eL6-A / RP18 / YL16


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q02326
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / L6 / Large ribosomal subunit protein uL30-A / RP11 / YL8


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P05737
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / L4 / L4-2 / L7a-1 / Large ribosomal subunit protein eL8-A / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P17076
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L13-A / Large ribosomal subunit protein eL13-A


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q12690
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / Large ribosomal subunit protein eL14-A


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P36105
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / L13 / Large ribosomal subunit protein eL15-A / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P05748
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / L13a / L21 / Large ribosomal subunit protein uL13-A / RP22 / YL15


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P26784
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / L20A / Large ribosomal subunit protein uL22-A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P05740
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A / Large ribosomal subunit protein eL18-A / RP28


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX49
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / L18a / Large ribosomal subunit protein eL20-A


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX23
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A / L17a / Large ribosomal subunit protein uL14-A / YL32


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX41
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / L33 / Large ribosomal subunit protein uL24-A / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P05743
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P38061
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / L37 / Large ribosomal subunit protein eL33-A / RP47 / YL37


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P05744
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L35-A / Large ribosomal subunit protein uL29-A


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX84
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / L39 / Large ribosomal subunit protein eL36-A / YL39


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P05745
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / L43 / Large ribosomal subunit protein eL37-A / YL35 / YP55


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P49166

-
タンパク質 , 10種, 10分子 DIKW7mnpqy

#7: タンパク質 Protein MAK16 / Maintenance of killer protein 16


分子量: 35754.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P10962
#11: タンパク質 Ribosome production factor 1 / Ribosome biogenesis protein RPF1


分子量: 35184.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P38805
#12: タンパク質 Proteasome-interacting protein CIC1 / Core interacting component 1


分子量: 42596.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P38779
#21: タンパク質 Nucleolar GTP-binding protein 1


分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q02892
#23: タンパク質 Nucleolar protein 16


分子量: 26954.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P40007
#32: タンパク質 rRNA-processing protein EBP2 / EBNA1-binding protein homolog


分子量: 6315.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
#33: タンパク質 Pescadillo homolog / Nucleolar protein 7 / Ribosomal RNA-processing protein 13


分子量: 69984.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P53261
#35: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase HAS1 / Helicase associated with SET1 protein 1


分子量: 56798.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q03532, RNA helicase
#36: タンパク質 Protein MAK11 / Maintenance of killer protein 11


分子量: 24272.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
#42: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6


分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q12522

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Ribosomal RNA-processing protein ... , 3種, 3分子 8wz

#24: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 14 / Ribosome biogenesis protein RRP14


分子量: 50599.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P36080
#41: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 15


分子量: 28268.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q06511
#43: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 1


分子量: 33250.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P35178

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 4分子 x

#31: タンパク質・ペプチド Brx1-associated peptide


分子量: 2400.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
#44: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細The full sample sequence of entity 22, chain m is ...The full sample sequence of entity 22, chain m is MAKGFKLKELLSHQKEIEKAEKLENDLKKKKSQELKKEEPTIVTASNLKKLEKKEKKADV KKEVAADTEEYQSQALSKKEKRKLKKELKKMQEQDATEAQKHMSGDEDESGDDREEEEEE EEEEEGRLDLEKLAKSDSESEDDSESENDSEEDEDVVAKEESEEKEEQEEEQDVPLSDVE FDSDADVVPHHKLTVNNTKAMKHALERVQLPWKKHSFQEHQSVTSETNTDEHIKDIYDDT ERELAFYKQSLDAVLVARDELKRLKVPFKRPLDYFAEMVKSDEHMDKIKGKLIEEASDKK AREEARRQRQLKKFGKQVQNATLQKRQLEKRETLEKIKSLKNKRKHNEIDHSEFNVGVEE EVEGKRFDRGRPNGKRAAKNAKYGQGGMKRFKRKNDATSSADVSGFSSRKMKGKTNRPGK SRRARRF The full sample sequence of entity 25, chain b is MSSIYKALAGKSKDNKSEKKQGNVKQFMNKQRTLLISSRGVNYRHRHLIQDLSGLLPHSR KEPKLDTKKDLQQLNEIAELYNCNNVLFFEARKHQDLYLWLSKPPNGPTIKFYIQNLHTM DELNFTGNCLKGSRPVLSFDQRFESSPHYQLIKELLVHNFGVPPNARKSKPFIDHVMSFS IVDDKIWVRTYEISHSTKNKEEYEDGEEDISLVEIGPRFVMTVILILEGSFGGPKIYENK QYVSPNVVRAQIKQQAAEEAKSRAEAAVERKIKRRENVLAADPLSNDALFK The full sample sequence of entity 35, chain q is MSAIGDKNQFRIIVGSYEHNILCLSLDIPNQKENDAAKTPHFMPIFHFQAHSLSIKCLAV SRRYLVSGSNDEHIRIYDLQKRKELGTLLSHQGSITALQFSHPASSSEDAAVSKGSKNSK WLLSASEDHKIMVWRVKDWETVGTLKGHTARVNDVDIHPTNRIAISVSDDHSIRLWNLMT LRNAAVLKLRKYNTNGTCVRWLGAKGDYFAVGLRDRVLIYETGSAKVFKEIVFQRKTLMH IETHILPFDNKEYLSVGISDGNVHFYPCEELFEKVEENEKQEDDDDKEDISPAFSLLGHT NRIKDFKFYTNEFGTYLVTIGSDGKIVVWDMSTKEQVAVYDCGERLNCLTLCDESIEKYN TMKKRDAETADIGDQSEVESDTEELKKIMFGEKKKLNKKKRKQLKKSKVSVELE The full sample sequence of entity 37, chain s is MMAKNNKTTEAKMSKKRAASEESDVEEDEDKLLSVDGLIDAEASESDEDDDEYESAVEEK ESSSDKEAQDDSDDDSDAELNKLLAEEEGDGEEDYDSSEFSDDTTSLTDRLSGVKLQTIV DPNIYSKYADGSDRIIKPEINPVYDSDDSDAETQNTIGNIPLSAYDEMPHIGYDINGKRI MRPAKGSALDQLLDSIELPEGWTGLLDKNSGSSLNLTKEELELISKIQRNEQTDDSINPY EPLIDWFTRHEEVMPLTAVPEPKRRFVPSKNEAKRVMKIVRAIREGRIIPPKKLKEMKEK EKIENYQYDLWGDSTETNDHVMHLRAPKLPPPTNEESYNPPEEYLLSPEEKEAWENTEYS ERERNFIPQKYSALRKVPGYGESIRERFERSLDLYLAPRVRKNKLNIDPNSLIPELPSPK DLRPFPIRCSTIYAGHKGKVRTLSIDPSGLWLATGSDDGTVRVWEILTGREVYRTTLIDD EENPDYHIECIEWNPDANNGILAVAVGENIHLIVPPIFGYDIENNGKTKIEDGFGYDTFG TVKKSNLEVNENGDGDEDGENESAKNAVKKQVAQWNKPSQKQLEKDICITISCKKTVKKL SWHRKGDYFVTVQPDSGNTSVLIHQVSKHLTQSPFKKSKGIIMDAKFHPFKPQLFVCSQR YVRIYDLSQQILVKKLLPGARWLSKIDIHPRGDNLIASSFDKRVLWHDLDLASTPYKTLR YHEKAVRSVNFHKKLPLFSSAADDGTIHVFHATVYDDMMKNPMIVPLKKLTGHKVINSLG VLDAIWHPREAWLFSAGADNTARLWTT

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yeast large subunit processome / タイプ: COMPLEX
Entity ID: #4, #6-#15, #18-#19, #22-#23, #25-#30, #33-#35, #37-#38, #43, #5, #16-#17, #20-#21, #24, #36, #39-#42, #1-#3
由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1.56 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Coot0.8.8モデルフィッティング
12RELION2.1３次元再構成
19PHENIX1.13rc1-2961モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 201114 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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