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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c07 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of S-Adenosylmethionine synthetase (MetK/Mat) from Cryptosporidium parvum | ||||||
![]() | S-adenosylmethionine synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / S-Adenosylmethionine synthetase / Enzyme metabolism / Anti-infective target / Anti-cancer target | ||||||
機能・相同性 | ![]() methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ohren, J.F. / Viola, R.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a critical metabolic enzyme: S-adenosylmethionine synthetase from Cryptosporidium parvum. 著者: Ohren, J. / Parungao, G.G. / Viola, R.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 562.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 464.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 457.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 467.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 64.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 95.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4odjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44896.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Iowa II / 遺伝子: cgd7_2650 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-K / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月20日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03315 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→59.05 Å / Num. obs: 185005 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 25.34 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.05477 / Rpim(I) all: 0.05477 / Rrim(I) all: 0.07745 / Net I/av σ(I): 8.15 / Net I/σ(I): 8.15 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.916 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5238 / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / Num. unique obs: 12821 / CC1/2: 0.532 / Rpim(I) all: 0.5238 / Rrim(I) all: 0.7408 / % possible all: 94.92 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.627
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4ODJ 解像度: 1.85→19.988 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.99
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.988 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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