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- PDB-6bzy: Structure of the Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 antig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bzy
タイトルStructure of the Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 antigenic region 412-423 bound to the 22D11 broadly neutralizing antibody
要素
  • 22D11 Heavy Chain
  • 22D11 Light Chain
  • E2 AS412 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Hepatitis C virus / antibodies / broadly neutralizing antibodies / rational vaccine design / AS412 / E2 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase, plant / Lipoxygenase, domain 3 / Plant lipoxygenase, PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily ...Lipoxygenase, plant / Lipoxygenase, domain 3 / Plant lipoxygenase, PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Hepacivirus C (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Tzarum, N. / Aleman, F. / Wilson, I.A. / Law, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI106005 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI123365 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Immunogenetic and structural analysis of a class of HCV broadly neutralizing antibodies and their precursors.
著者: Aleman, F. / Tzarum, N. / Kong, L. / Nagy, K. / Zhu, J. / Wilson, I.A. / Law, M.
履歴
登録2017年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52022年2月2日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / database_2
Item: _audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 22D11 Heavy Chain
L: 22D11 Light Chain
B: E2 AS412 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0773
ポリマ－49,0773
非ポリマー00
水8,305461
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.429, 79.850, 126.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 22D11 Heavy Chain


分子量: 23612.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 22D11 Light Chain


分子量: 23909.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド E2 AS412 peptide


分子量: 1554.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepacivirus C (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27958*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG 8000, 0.1 M sodium chloride, 0.1 M CAPS pH 10.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 62992 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 41.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BZU

6bzu


解像度: 1.6→40.137 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2184 3046 4.84 %
Rwork0.1883 --
obs0.1898 62911 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.137 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3364 0 0 461 3825
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063455
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.864716
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1832051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006599
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.6250.31911230.2652639X-RAY DIFFRACTION99
1.625-1.65170.25161240.25892718X-RAY DIFFRACTION100
1.6517-1.68010.27811450.23722669X-RAY DIFFRACTION100
1.6801-1.71070.23651510.22812706X-RAY DIFFRACTION100
1.7107-1.74360.25461360.21282690X-RAY DIFFRACTION100
1.7436-1.77920.25121370.20692685X-RAY DIFFRACTION100
1.7792-1.81790.22451410.19952635X-RAY DIFFRACTION98
1.8179-1.86020.22791330.20212705X-RAY DIFFRACTION100
1.8602-1.90670.2481260.20562701X-RAY DIFFRACTION100
1.9067-1.95820.22551450.20862703X-RAY DIFFRACTION100
1.9582-2.01590.21831690.19642687X-RAY DIFFRACTION100
2.0159-2.08090.23431450.19692681X-RAY DIFFRACTION100
2.0809-2.15530.21491330.18482713X-RAY DIFFRACTION100
2.1553-2.24160.20181280.18952710X-RAY DIFFRACTION99
2.2416-2.34360.23331270.20212737X-RAY DIFFRACTION100
2.3436-2.46710.23591440.20222722X-RAY DIFFRACTION100
2.4671-2.62170.24281220.19822759X-RAY DIFFRACTION100
2.6217-2.8240.21881260.21032732X-RAY DIFFRACTION99
2.824-3.10810.24131470.1982762X-RAY DIFFRACTION100
3.1081-3.55770.24651510.18262776X-RAY DIFFRACTION100
3.5577-4.48130.17161300.15852800X-RAY DIFFRACTION100
4.4813-40.14980.18391630.16232935X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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