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- PDB-6bzi: Crystal structure of halogenase PltM in complex with ethyl mercur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bzi
タイトルCrystal structure of halogenase PltM in complex with ethyl mercury and mercury
要素Halogenase PltM
キーワードFLAVOPROTEIN / Halogenase / Chlorinase / Brominase / Iodinase
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylhalidase / monooxygenase activity / hydrolase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / : / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHYL MERCURY ION / : / Halogenase PltM
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pang, A.H. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1149427 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Unusual substrate and halide versatility of phenolic halogenase PltM.
著者: Mori, S. / Pang, A.H. / Thamban Chandrika, N. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V.
履歴
登録2017年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年4月10日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Halogenase PltM
B: Halogenase PltM
C: Halogenase PltM
D: Halogenase PltM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,68544
ポリマ－233,3964
非ポリマー7,28940
水8,125451
1
A: Halogenase PltM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,11511
ポリマ－58,3491
非ポリマー1,76610
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Halogenase PltM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,54513
ポリマ－58,3491
非ポリマー2,19612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Halogenase PltM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8819
ポリマ－58,3491
非ポリマー1,5318
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Halogenase PltM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,14411
ポリマ－58,3491
非ポリマー1,79510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.722, 156.338, 216.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Halogenase PltM


分子量: 58349.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The N terminal sequence is the cloning tag.
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: pltM, PFL_2784 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q4KCZ3, alkylhalidase

-
非ポリマー , 5種, 491分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物...
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EMC / ETHYL MERCURY ION


分子量: 229.651 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5Hg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris pH 8, 0.2 M NaCl, 0.1 M CaCl2 and 12-17% PEG 8000, crystals soaked in the same solution with 1 mM ethylmercury phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 82751 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Num. unique obs: 3922 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 9.346 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.56 / ESU R Free: 0.287 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25603 4092 5 %RANDOM
Rwork0.20933 ---
obs0.21165 78214 96.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.704 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15565 0 71 451 16087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01916073
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0215238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1861.94521738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9053.00234916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.06951972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.32423.546767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.3152595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.43115114
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.22379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02118296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023930
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9852.7127911
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9852.7127899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7544.0619868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7534.0629869
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3162.8488162
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3162.8488162
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7474.21711871
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.44120.99817522
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.44120.99817522
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 263 -
Rwork0.262 5441 -
obs--91.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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