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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bzi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of halogenase PltM in complex with ethyl mercury and mercury | ||||||
要素 | Halogenase PltM | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN / Halogenase / Chlorinase / Brominase / Iodinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alkylhalidase / monooxygenase activity / hydrolase activity / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Pang, A.H. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Unusual substrate and halide versatility of phenolic halogenase PltM. 著者: Mori, S. / Pang, A.H. / Thamban Chandrika, N. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bzi.cif.gz | 402.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bzi.ent.gz | 326.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bzi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6bzi_validation.pdf.gz | 485 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6bzi_full_validation.pdf.gz | 493.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6bzi_validation.xml.gz | 68.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6bzi_validation.cif.gz | 96.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/6bzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/6bzi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 58349.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The N terminal sequence is the cloning tag. 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア) 株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: pltM, PFL_2784 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q4KCZ3, alkylhalidase |
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-非ポリマー , 5種, 491分子
#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-HG / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EMC / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris pH 8, 0.2 M NaCl, 0.1 M CaCl2 and 12-17% PEG 8000, crystals soaked in the same solution with 1 mM ethylmercury phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 82751 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Num. unique obs: 3922 / % possible all: 92.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 9.346 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.56 / ESU R Free: 0.287 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.704 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→45 Å
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拘束条件 |
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