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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bzg | ||||||
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タイトル | Structure of S. cerevisiae Zip2:Spo16 complex, P212121 form | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / XPF-ERCC1 / Meiosis / Recombination | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of synaptonemal complex assembly / synapsis initiation complex / regulation of reciprocal meiotic recombination / DNA secondary structure binding / ascospore formation / synaptonemal complex assembly / homologous chromosome pairing at meiosis / synaptonemal complex / positive regulation of protein sumoylation / homologous recombination ...regulation of synaptonemal complex assembly / synapsis initiation complex / regulation of reciprocal meiotic recombination / DNA secondary structure binding / ascospore formation / synaptonemal complex assembly / homologous chromosome pairing at meiosis / synaptonemal complex / positive regulation of protein sumoylation / homologous recombination / reciprocal meiotic recombination / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / nucleotide binding / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Arora, K. / Corbett, K.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The conserved XPF:ERCC1-like Zip2:Spo16 complex controls meiotic crossover formation through structure-specific DNA binding. 著者: Arora, K. / Corbett, K.D. #1: ![]() タイトル: Structure of Zip2:Spo16, a conserved XPF:ERCC1-like complex critical for meiotic crossover formation 著者: Arora, K. / Corbett, K.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 686.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 690.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6bzfC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
実験データセット #2 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24345.135 Da / 分子数: 1 / 変異: K641A, E642A, K643A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ZIP2 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 23023.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SPO16 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-P6G / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM Bis Tris pH 5.5, 200 mM Ammonium sulfate, 15% PEG-3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.13→100 Å / Num. obs: 28219 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.987 / Rsym value: 0.207 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.13→2.19 Å / Num. unique obs: 15501 / CC1/2: 0.484 / Rsym value: 2.074 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.13→69.809 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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