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- PDB-6bys: Structures of the PKA RI alpha holoenzyme with the FLHCC driver J... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bys
タイトルStructures of the PKA RI alpha holoenzyme with the FLHCC driver J-PKAc alpha or native PRKAc alpha
要素
  • cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
  • cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / sperm head-tail coupling apparatus / ROBO receptors bind AKAP5 / channel activator activity / HDL assembly / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling ...PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / sperm head-tail coupling apparatus / ROBO receptors bind AKAP5 / channel activator activity / HDL assembly / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / mitochondrial protein catabolic process / PKA activation / nucleotide-activated protein kinase complex / Hedgehog 'off' state / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / high-density lipoprotein particle assembly / Rap1 signalling / intracellular potassium ion homeostasis / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / sarcomere organization / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / cardiac muscle cell proliferation / cAMP-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / protein localization to lipid droplet / PKA activation / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of interleukin-2 production / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / Triglyceride catabolism / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / negative regulation of activated T cell proliferation / mesoderm formation / cAMP/PKA signal transduction / RET signaling / Regulation of MECP2 expression and activity / sperm flagellum / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PKA activation in glucagon signalling / plasma membrane raft / immunological synapse / DARPP-32 events / axoneme / regulation of cardiac conduction / regulation of macroautophagy / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / Hedgehog 'off' state / cAMP binding / positive regulation of phagocytosis / Ion homeostasis / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of proteasomal protein catabolic process / cellular response to epinephrine stimulus / sperm midpiece / multivesicular body / calcium channel complex / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of gluconeogenesis / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / CD209 (DC-SIGN) signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / positive regulation of calcium-mediated signaling / regulation of heart rate / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / Regulation of insulin secretion / neural tube closure / Degradation of GLI1 by the proteasome / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular response to glucose stimulus / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain ...cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.75 Å
データ登録者Cao, B. / Lu, T.W. / Martinez Fiesco, J.A. / Tomasini, M. / Fan, L. / Simon, S.M. / Taylor, S.S. / Zhang, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structures of the PKA RI alpha Holoenzyme with the FLHCC Driver J-PKAc alpha or Wild-Type PKAc alpha.
著者: Cao, B. / Lu, T.W. / Martinez Fiesco, J.A. / Tomasini, M. / Fan, L. / Simon, S.M. / Taylor, S.S. / Zhang, P.
履歴
登録2017年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
B: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
C: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
D: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
E: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
F: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
G: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
H: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,2958
ポリマ－334,2958
非ポリマー00
水00
1
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
B: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
G: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
H: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,1484
ポリマ－167,1484
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
D: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
E: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
F: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,1484
ポリマ－167,1484
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
B: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5742
ポリマ－83,5742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area29310 Å2
手法PISA
4
C: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
D: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5742
ポリマ－83,5742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area29170 Å2
手法PISA
5
E: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
F: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5742
ポリマ－83,5742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area29210 Å2
手法PISA
6
G: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
H: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5742
ポリマ－83,5742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area29310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.495, 186.161, 186.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha


分子量: 40757.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKACA, PKACA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17612, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質
cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit


分子量: 42816.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PRKAR1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00514
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES sodium-MOPS (acid) pH 7.5, 90 mM NPS (30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate dibasic, 30 mM ammonium sulfate), 40-42% Precipitant Mix 2 (40% ethylene glycol; 20% PEG 8000), ...詳細: 100 mM HEPES sodium-MOPS (acid) pH 7.5, 90 mM NPS (30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate dibasic, 30 mM ammonium sulfate), 40-42% Precipitant Mix 2 (40% ethylene glycol; 20% PEG 8000), 3% D-(+)-Glucose monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.75→50 Å / Num. obs: 24440 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 4.75→4.92 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1975 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 80.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BYR

6byr


解像度: 4.75→45.158 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2554 1983 8.18 %
Rwork0.212 --
obs0.2156 24239 95.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.75→45.158 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20336 0 0 0 20336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01420792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5728060
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.2987820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0792992
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083624
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.7461-4.86460.36031010.29471095X-RAY DIFFRACTION67
4.8646-4.9960.34341200.28951380X-RAY DIFFRACTION85
4.996-5.14280.31121320.25631526X-RAY DIFFRACTION93
5.1428-5.30860.3331460.25551625X-RAY DIFFRACTION99
5.3086-5.4980.27781410.24271630X-RAY DIFFRACTION99
5.498-5.71770.28571450.26261627X-RAY DIFFRACTION99
5.7177-5.97740.29421490.25131636X-RAY DIFFRACTION99
5.9774-6.29170.31531440.241627X-RAY DIFFRACTION99
6.2917-6.68480.27351480.22021670X-RAY DIFFRACTION100
6.6848-7.1990.31941490.21371651X-RAY DIFFRACTION100
7.199-7.920.23991460.20231647X-RAY DIFFRACTION100
7.92-9.05790.2041510.18791700X-RAY DIFFRACTION100
9.0579-11.38180.20651500.16251690X-RAY DIFFRACTION100
11.3818-45.15990.2481610.21261752X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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